gitextract_afeqwh9l/ ├── .github/ │ ├── ISSUE_TEMPLATE/ │ │ ├── bug-report.yml │ │ ├── config.yml │ │ ├── new-feature.yml │ │ └── question-discussion.yml │ ├── PULL_REQUEST_TEMPLATE.md │ └── workflows/ │ └── stale.yml ├── .gitignore ├── .gitmodules ├── .zenodo.json ├── APM/ │ ├── .gitignore │ ├── CMakeLists.txt │ ├── apm_ATHN_mod.F │ ├── apm_TIMN_mod.F │ ├── apm_albd_mod.F │ ├── apm_coag_mod.F90 │ ├── apm_grow_mod.F │ ├── apm_icen_mod.F90 │ ├── apm_init_mod.F │ ├── apm_mixactivate.F90 │ ├── apm_nucl_mod.F │ ├── apm_opti_mod.F │ ├── apm_phys_mod.F │ ├── apm_radf_mod.F │ ├── apm_rrtmg_mods.F90 │ ├── apm_rrtmg_src.F90 │ ├── apm_rrtmg_sw.F90 │ ├── module_data_mosaic_asect.F90 │ ├── module_data_mosaic_other.F90 │ ├── module_data_mosaic_therm.F90 │ └── module_mosaic_therm.F90 ├── AUTHORS.txt ├── CHANGELOG.md ├── CMakeLists.txt ├── CMakeScripts/ │ └── GC-Helpers.cmake ├── GTMM/ │ ├── .gitignore │ ├── CMakeLists.txt │ ├── CasaRegridModule.F90 │ ├── CleanupCASAarrays.F90 │ ├── GTMM.F90 │ ├── GTMM_coupled.F90 │ ├── HgOutForGEOS.F90 │ ├── assignAgeClassToRunningPool.F90 │ ├── assignRanPoolToAgeClass.F90 │ ├── defineArrays.F90 │ ├── defineConstants.F90 │ ├── doFPARandLAI.F90 │ ├── doHerbCarbon.F90 │ ├── doHerbCarbonHg.F90 │ ├── doHerbivory.F90 │ ├── doHgDeposition.F90 │ ├── doLatitude.F90 │ ├── doLeafRootShedding.F90 │ ├── doMaxHg.F90 │ ├── doNPP.F90 │ ├── doOptimumTemperature.F90 │ ├── doPET.F90 │ ├── doSoilMoisture.F90 │ ├── doTreeCarbon.F90 │ ├── doTreeCarbonHg.F90 │ ├── dorestart_mod.F90 │ ├── getAgeClassBF.F90 │ ├── getFireParams.F90 │ ├── getFuelWood.F90 │ ├── getSoilMoistParams.F90 │ ├── getSoilParams.F90 │ ├── input_gtmm_mod.F90 │ ├── loadCASAinput.F90 │ ├── loadHgDeposition.F90 │ ├── load_GC_data.F90 │ ├── organizeAgeClasses.F90 │ ├── processData.F90 │ └── sort_pick_veg.F90 ├── GeosCore/ │ ├── .cvsignore │ ├── .gitignore │ ├── CMakeLists.txt │ ├── RnPbBe_mod.F90 │ ├── YuIMN_Code.F90 │ ├── aero_drydep.F90 │ ├── aerosol_mod.F90 │ ├── aerosol_thermodynamics_mod.F90 │ ├── airs_ch4_mod.F90 │ ├── apm_driv_mod.F90 │ ├── calc_met_mod.F90 │ ├── carbon_gases_mod.F90 │ ├── carbon_mod.F90 │ ├── chemistry_mod.F90 │ ├── cldice_HBrHOBr_rxn.F90 │ ├── cldj_interface_mod.F90 │ ├── cleanup.F90 │ ├── convection_mod.F90 │ ├── depo_mercury_mod.F90 │ ├── diagnostics_mod.F90 │ ├── drydep_mod.F90 │ ├── dust_mod.F90 │ ├── emissions_mod.F90 │ ├── exchange_mod.F90 │ ├── fast_jx_mod.F90 │ ├── fjx_interface_mod.F90 │ ├── flexgrid_read_mod.F90 │ ├── fullchem_mod.F90 │ ├── gc_environment_mod.F90 │ ├── get_met_mod.F90 │ ├── get_ndep_mod.F90 │ ├── global_br_mod.F90 │ ├── gosat_ch4_mod.F90 │ ├── hco_interface_gc_mod.F90 │ ├── hco_state_gc_mod.F90 │ ├── hco_utilities_gc_mod.F90 │ ├── hcoi_gc_diagn_include.H │ ├── hcoi_gc_diagn_mod.F90 │ ├── input_mod.F90 │ ├── kppsa_interface_mod.F90 │ ├── land_mercury_mod.F90 │ ├── linear_chem_mod.F90 │ ├── linoz_mod.F90 │ ├── mapping_mod.F90 │ ├── mercury_mod.F90 │ ├── mixing_mod.F90 │ ├── modis_lai_mod.F90 │ ├── ocean_mercury_mod.F90 │ ├── olson_landmap_mod.F90 │ ├── pbl_mix_mod.F90 │ ├── photolysis_mod.F90 │ ├── pjc_pfix_mod.F90 │ ├── pjc_pfix_window_mod.F90 │ ├── planeflight_mod.F90 │ ├── pops_mod.F90 │ ├── rpmares_mod.F90 │ ├── rrtmg_rad_transfer_mod.F90 │ ├── seasalt_mod.F90 │ ├── set_boundary_conditions_mod.F90 │ ├── set_global_ch4_mod.F90 │ ├── sfcvmr_mod.F90 │ ├── sulfate_mod.F90 │ ├── tagged_o3_mod.F90 │ ├── tccon_ch4_mod.F90 │ ├── tomas_mod.F90 │ ├── toms_mod.F90 │ ├── tpcore_fvdas_mod.F90 │ ├── tpcore_window_mod.F90 │ ├── tracer_mod.F90 │ ├── transport_mod.F90 │ ├── ucx_mod.F90 │ ├── uvalbedo_mod.F90 │ ├── vdiff_mod.F90 │ └── wetscav_mod.F90 ├── GeosRad/ │ ├── .gitignore │ ├── CMakeLists.txt │ ├── Makefile.nomcica │ ├── mcica_random_numbers.F90 │ ├── mcica_subcol_gen_lw.F90 │ ├── mcica_subcol_gen_sw.F90 │ ├── parkind.F90 │ ├── parrrsw.F90 │ ├── parrrtm.F90 │ ├── rad_driver.F90.safe │ ├── rrlw_cld.F90 │ ├── rrlw_con.F90 │ ├── rrlw_kg01.F90 │ ├── rrlw_kg02.F90 │ ├── rrlw_kg03.F90 │ ├── rrlw_kg04.F90 │ ├── rrlw_kg05.F90 │ ├── rrlw_kg06.F90 │ ├── rrlw_kg07.F90 │ ├── rrlw_kg08.F90 │ ├── rrlw_kg09.F90 │ ├── rrlw_kg10.F90 │ ├── rrlw_kg11.F90 │ ├── rrlw_kg12.F90 │ ├── rrlw_kg13.F90 │ ├── rrlw_kg14.F90 │ ├── rrlw_kg15.F90 │ ├── rrlw_kg16.F90 │ ├── rrlw_ncpar.F90 │ ├── rrlw_ref.F90 │ ├── rrlw_tbl.F90 │ ├── rrlw_vsn.F90 │ ├── rrlw_wvn.F90 │ ├── rrsw_aer.F90 │ ├── rrsw_cld.F90 │ ├── rrsw_con.F90 │ ├── rrsw_kg16.F90 │ ├── rrsw_kg17.F90 │ ├── rrsw_kg18.F90 │ ├── rrsw_kg19.F90 │ ├── rrsw_kg20.F90 │ ├── rrsw_kg21.F90 │ ├── rrsw_kg22.F90 │ ├── rrsw_kg23.F90 │ ├── rrsw_kg24.F90 │ ├── rrsw_kg25.F90 │ ├── rrsw_kg26.F90 │ ├── rrsw_kg27.F90 │ ├── rrsw_kg28.F90 │ ├── rrsw_kg29.F90 │ ├── rrsw_ref.F90 │ ├── rrsw_tbl.F90 │ ├── rrsw_vsn.F90 │ ├── rrsw_wvn.F90 │ ├── rrtmg_lw_cldprmc.F90 │ ├── rrtmg_lw_cldprop.F90.safe │ ├── rrtmg_lw_init.F90 │ ├── rrtmg_lw_k_g.F90 │ ├── rrtmg_lw_rad.F90 │ ├── rrtmg_lw_rad.F90.safe │ ├── rrtmg_lw_rad.nomcica.F90.safe │ ├── rrtmg_lw_rtrnmc.F90 │ ├── rrtmg_lw_rtrnmr.F90.safe │ ├── rrtmg_lw_setcoef.F90 │ ├── rrtmg_lw_taumol.F90 │ ├── rrtmg_sw_cldprmc.F90 │ ├── rrtmg_sw_cldprop.F90.safe │ ├── rrtmg_sw_init.F90 │ ├── rrtmg_sw_k_g.F90 │ ├── rrtmg_sw_rad.F90 │ ├── rrtmg_sw_reftra.F90 │ ├── rrtmg_sw_setcoef.F90 │ ├── rrtmg_sw_spcvmc.F90 │ ├── rrtmg_sw_taumol.F90 │ ├── rrtmg_sw_vrtqdr.F90 │ ├── test_aero_init │ ├── test_aero_init.F │ ├── test_arr_mult │ └── test_arr_mult.F90 ├── GeosUtil/ │ ├── CMakeLists.txt │ ├── error_mod.F90 │ ├── file_mod.F90 │ ├── gc_grid_mod.F90 │ ├── henry_mod.F90 │ ├── ifort_errmsg.F90 │ ├── julday_mod.F90 │ ├── pressure_mod.F90 │ ├── print_mod.F90 │ ├── regrid_a2a_mod.F90 │ ├── time_mod.F90 │ ├── timers_mod.F90 │ ├── transfer_mod.F90 │ └── unitconv_mod.F90 ├── Headers/ │ ├── .cvsignore │ ├── .gitignore │ ├── CMN_FJX_MOD.F90 │ ├── CMN_SIZE_mod.F90 │ ├── CMakeLists.txt │ ├── aermass_container_mod.F90 │ ├── charpak_mod.F90 │ ├── diaglist_mod.F90 │ ├── dictionary_m.F90 │ ├── errcode_mod.F90 │ ├── input_opt_mod.F90 │ ├── inquireMod.F90 │ ├── phot_container_mod.F90 │ ├── physconstants.F90 │ ├── precision_mod.F90 │ ├── qfyaml_mod.F90 │ ├── registry_mod.F90 │ ├── registry_params_mod.F90 │ ├── roundoff_mod.F90 │ ├── species_database_mod.F90 │ ├── species_mod.F90 │ ├── state_chm_mod.F90 │ ├── state_diag_mod.F90 │ ├── state_grid_mod.F90 │ ├── state_met_mod.F90 │ └── taggeddiaglist_mod.F90 ├── History/ │ ├── .gitignore │ ├── CMakeLists.txt │ ├── histcontainer_mod.F90 │ ├── histitem_mod.F90 │ ├── history_mod.F90 │ ├── history_netcdf_mod.F90 │ ├── history_util_mod.F90 │ ├── metahistcontainer_mod.F90 │ └── metahistitem_mod.F90 ├── Interfaces/ │ ├── GCClassic/ │ │ ├── .gitignore │ │ ├── CMakeLists.txt │ │ ├── gc_classic_version.H.in │ │ └── main.F90 │ ├── GCHP/ │ │ ├── CMakeLists.txt │ │ ├── Chem_GridCompMod.F90 │ │ ├── Includes_Before_Run.H │ │ ├── Registry/ │ │ │ ├── CMakeLists.txt │ │ │ ├── Chem_Registry.rc │ │ │ └── HEMCO_Registry.rc │ │ ├── gchp_chunk_mod.F90 │ │ └── gchp_historyexports_mod.F90 │ └── GEOS/ │ ├── GEOSCHEMchem_Registry.rc │ ├── Includes_After_Run.H │ ├── Includes_Before_Run.H │ ├── geos_CarbonInterface.F90 │ ├── geos_TaggedSpecies.F90 │ ├── geos_aerocoupler.F90 │ ├── geos_analysis.F90 │ └── geos_interface.F90 ├── KPP/ │ ├── .cvsignore │ ├── .gitignore │ ├── CMakeLists.txt │ ├── Hg/ │ │ ├── CMakeLists.txt │ │ ├── Hg.eqn │ │ ├── Hg.kpp │ │ ├── Hg_HetStateFuncs.F90 │ │ ├── Hg_RateLawFuncs.F90 │ │ ├── Makefile │ │ ├── README.md │ │ ├── gckpp_Function.F90 │ │ ├── gckpp_Global.F90 │ │ ├── gckpp_Initialize.F90 │ │ ├── gckpp_Integrator.F90 │ │ ├── gckpp_Jacobian.F90 │ │ ├── gckpp_JacobianSP.F90 │ │ ├── gckpp_LinearAlgebra.F90 │ │ ├── gckpp_Model.F90 │ │ ├── gckpp_Monitor.F90 │ │ ├── gckpp_Parameters.F90 │ │ ├── gckpp_Precision.F90 │ │ ├── gckpp_Rates.F90 │ │ └── gckpp_Util.F90 │ ├── OHreact_parser.py │ ├── aciduptake/ │ │ ├── CMakeLists.txt │ │ ├── README.md │ │ ├── aciduptake.eqn │ │ ├── aciduptake.kpp │ │ └── aciduptake_DustChemFuncs.F90 │ ├── build_mechanism.sh │ ├── carbon/ │ │ ├── CMakeLists.txt │ │ ├── carbon.eqn │ │ ├── carbon.eqn.default │ │ ├── carbon.eqn.jacobian.5 │ │ ├── carbon.kpp │ │ ├── carbon_Funcs.F90 │ │ ├── gckpp_Function.F90 │ │ ├── gckpp_Global.F90 │ │ ├── gckpp_Initialize.F90 │ │ ├── gckpp_Integrator.F90 │ │ ├── gckpp_Jacobian.F90 │ │ ├── gckpp_LinearAlgebra.F90 │ │ ├── gckpp_Model.F90 │ │ ├── gckpp_Monitor.F90 │ │ ├── gckpp_Parameters.F90 │ │ ├── gckpp_Precision.F90 │ │ ├── gckpp_Rates.F90 │ │ ├── gckpp_Util.F90 │ │ └── util/ │ │ └── expand_carbon_eqn.py │ ├── custom/ │ │ ├── .gitignore │ │ ├── CMakeLists.txt │ │ ├── README.md │ │ ├── custom.eqn │ │ └── custom.kpp │ ├── fullchem/ │ │ ├── CHANGELOG_fullchem.md │ │ ├── CMakeLists.txt │ │ ├── README.md │ │ ├── commonIncludeVars.H │ │ ├── fullchem.eqn │ │ ├── fullchem.kpp │ │ ├── fullchem_AutoReduceFuncs.F90 │ │ ├── fullchem_HetStateFuncs.F90 │ │ ├── fullchem_RateLawFuncs.F90 │ │ ├── fullchem_SulfurChemFuncs.F90 │ │ ├── gckpp_Function.F90 │ │ ├── gckpp_Global.F90 │ │ ├── gckpp_Initialize.F90 │ │ ├── gckpp_Integrator.F90 │ │ ├── gckpp_Jacobian.F90 │ │ ├── gckpp_JacobianSP.F90 │ │ ├── gckpp_LinearAlgebra.F90 │ │ ├── gckpp_Model.F90 │ │ ├── gckpp_Monitor.F90 │ │ ├── gckpp_Parameters.F90 │ │ ├── gckpp_Precision.F90 │ │ ├── gckpp_Rates.F90 │ │ ├── gckpp_Util.F90 │ │ └── rateLawUtilFuncs.F90 │ └── stubs/ │ ├── stub_Hg_HetStateFuncs.F90 │ ├── stub_aciduptake_DustChemFuncs.F90 │ ├── stub_carbon_Funcs.F90 │ ├── stub_fullchem_AutoReduceFuncs.F90 │ ├── stub_fullchem_HetStateFuncs.F90 │ └── stub_fullchem_SulfurChemFuncs.F90 ├── LICENSE.txt ├── NcdfUtil/ │ ├── .gitignore │ ├── CMakeLists.txt │ ├── README.md │ ├── TestNcdfUtil.F90 │ ├── charpak_mod.F90 │ ├── julday_mod.F90 │ ├── m_do_err_out.F90 │ ├── m_netcdf_io_checks.F90 │ ├── m_netcdf_io_close.F90 │ ├── m_netcdf_io_create.F90 │ ├── m_netcdf_io_define.F90 │ ├── m_netcdf_io_get_dimlen.F90 │ ├── m_netcdf_io_handle_err.F90 │ ├── m_netcdf_io_open.F90 │ ├── m_netcdf_io_read.F90 │ ├── m_netcdf_io_readattr.F90 │ ├── m_netcdf_io_write.F90 │ └── ncdf_mod.F90 ├── ObsPack/ │ ├── .gitignore │ ├── CMakeLists.txt │ └── obspack_mod.F90 ├── PKUCPL/ │ ├── .gitignore │ ├── PKUCPL.F90 │ ├── PKUCPL.sh │ ├── README │ ├── Twoway.compile.sh │ └── run_twoway ├── README.md ├── run/ │ ├── .gitignore │ ├── CESM/ │ │ ├── HEMCO_Config.rc │ │ ├── HISTORY.rc │ │ ├── geoschem_config.yml │ │ └── util/ │ │ ├── README │ │ └── dep_data_file.cdl │ ├── GCClassic/ │ │ ├── .gitignore │ │ ├── HEMCO_Config.rc.templates/ │ │ │ ├── HEMCO_Config.rc.Hg │ │ │ ├── HEMCO_Config.rc.POPs │ │ │ ├── HEMCO_Config.rc.TransportTracers │ │ │ ├── HEMCO_Config.rc.aerosol │ │ │ ├── HEMCO_Config.rc.carbon │ │ │ ├── HEMCO_Config.rc.fullchem │ │ │ ├── HEMCO_Config.rc.gcap2_metfields │ │ │ ├── HEMCO_Config.rc.gmao_metfields │ │ │ ├── HEMCO_Config.rc.gmao_metfields_0125 │ │ │ ├── HEMCO_Config.rc.metals │ │ │ └── HEMCO_Config.rc.tagO3 │ │ ├── HEMCO_Diagn.rc.templates/ │ │ │ ├── HEMCO_Diagn.rc.Hg │ │ │ ├── HEMCO_Diagn.rc.POPs │ │ │ ├── HEMCO_Diagn.rc.TransportTracers │ │ │ ├── HEMCO_Diagn.rc.aerosol │ │ │ ├── HEMCO_Diagn.rc.aerosol.onlineE │ │ │ ├── HEMCO_Diagn.rc.carbon │ │ │ ├── HEMCO_Diagn.rc.fullchem │ │ │ ├── HEMCO_Diagn.rc.fullchem.onlineE │ │ │ ├── HEMCO_Diagn.rc.metals │ │ │ └── HEMCO_Diagn.rc.tagO3 │ │ ├── HISTORY.rc.templates/ │ │ │ ├── HISTORY.rc.Hg │ │ │ ├── HISTORY.rc.POPs │ │ │ ├── HISTORY.rc.TransportTracers │ │ │ ├── HISTORY.rc.aerosol │ │ │ ├── HISTORY.rc.carbon │ │ │ ├── HISTORY.rc.fullchem │ │ │ ├── HISTORY.rc.metals │ │ │ └── HISTORY.rc.tagO3 │ │ ├── README.md │ │ ├── archiveRun.sh │ │ ├── createRunDir.sh │ │ ├── geoschem_config.yml.templates/ │ │ │ ├── geoschem_config.yml.Hg │ │ │ ├── geoschem_config.yml.POPs │ │ │ ├── geoschem_config.yml.TransportTracers │ │ │ ├── geoschem_config.yml.aerosol │ │ │ ├── geoschem_config.yml.carbon │ │ │ ├── geoschem_config.yml.fullchem │ │ │ ├── geoschem_config.yml.metals │ │ │ └── geoschem_config.yml.tagO3 │ │ ├── getRunInfo │ │ ├── gitignore │ │ ├── init_rd.sh │ │ ├── runScriptSamples/ │ │ │ └── operational_examples/ │ │ │ ├── harvard_cannon/ │ │ │ │ ├── README │ │ │ │ ├── gcclassic.gcc10_cannon_rocky.env │ │ │ │ ├── gcclassic.gcc12_cannon_rocky.env │ │ │ │ ├── gcclassic.gcc14_cannon_rocky.env │ │ │ │ ├── geoschem.benchmark.run │ │ │ │ ├── geoschem.run │ │ │ │ ├── geoschem.vtune-hotspots.run │ │ │ │ ├── geoschem.vtune-perf-snapshot.run │ │ │ │ ├── geoschem.vtune-threading.run │ │ │ │ ├── geoschem.vtune-uarch-explore.run │ │ │ │ └── parallelTest.sh │ │ │ ├── msu_orion/ │ │ │ │ ├── README │ │ │ │ ├── gcclassic.carbon.build │ │ │ │ ├── gcclassic.intel-2022.2.1.env │ │ │ │ └── gcclassic.run │ │ │ ├── nasa_discover/ │ │ │ │ ├── README │ │ │ │ ├── gcclassic.build │ │ │ │ ├── gcclassic.run │ │ │ │ ├── geoschem.SLES15.stack-gcc-12.3.0.env │ │ │ │ └── geoschem.SLES15.stack-intel-2021.10.0.env │ │ │ ├── ncar_derecho/ │ │ │ │ ├── gcclassic.intel2024.env │ │ │ │ └── geoschem.run │ │ │ └── york_viking/ │ │ │ ├── README │ │ │ ├── gcclassic.intel.2021b.viking.env │ │ │ └── gcclassic.intel.sbatch │ │ └── setupForRestarts.sh │ ├── GCHP/ │ │ ├── .gitignore │ │ ├── CAP.rc.template │ │ ├── ESMF.rc │ │ ├── ExtData.rc.templates/ │ │ │ ├── ExtData.rc.TransportTracers │ │ │ ├── ExtData.rc.carbon │ │ │ ├── ExtData.rc.fullchem │ │ │ └── ExtData.rc.tagO3 │ │ ├── ExtData2G.yaml.templates/ │ │ │ └── extdata.yaml.TransportTracers │ │ ├── GCHP.rc.template │ │ ├── HEMCO_Config.rc.templates/ │ │ │ ├── HEMCO_Config.rc.TransportTracers │ │ │ ├── HEMCO_Config.rc.carbon │ │ │ ├── HEMCO_Config.rc.fullchem │ │ │ └── HEMCO_Config.rc.tagO3 │ │ ├── HEMCO_Diagn.rc.templates/ │ │ │ ├── HEMCO_Diagn.rc.TransportTracers │ │ │ ├── HEMCO_Diagn.rc.carbon │ │ │ ├── HEMCO_Diagn.rc.fullchem │ │ │ └── HEMCO_Diagn.rc.tagO3 │ │ ├── HISTORY.rc.templates/ │ │ │ ├── HISTORY.rc.TransportTracers │ │ │ ├── HISTORY.rc.carbon │ │ │ ├── HISTORY.rc.fullchem │ │ │ └── HISTORY.rc.tagO3 │ │ ├── README.md │ │ ├── archiveRun.sh │ │ ├── checkRunSettings.sh │ │ ├── createRunDir.sh │ │ ├── geoschem_config.yml.templates/ │ │ │ ├── geoschem_config.yml.TransportTracers │ │ │ ├── geoschem_config.yml.carbon │ │ │ ├── geoschem_config.yml.fullchem │ │ │ └── geoschem_config.yml.tagO3 │ │ ├── gitignore │ │ ├── init_rd.sh │ │ ├── input.nml │ │ ├── logging.yml │ │ ├── runScriptSamples/ │ │ │ ├── README │ │ │ ├── gchp.batch_job.sh │ │ │ ├── gchp.local.run │ │ │ └── operational_examples/ │ │ │ ├── README │ │ │ ├── aws_pcluster/ │ │ │ │ ├── README │ │ │ │ ├── execute.sh │ │ │ │ └── gchp.run │ │ │ ├── harvard_cannon/ │ │ │ │ ├── README │ │ │ │ ├── gchp.gcc10_openmpi4_cannon_rocky.env │ │ │ │ ├── gchp.gcc12_openmpi4_cannon_rocky.env │ │ │ │ ├── gchp.run │ │ │ │ └── gchp.submit_consecutive_jobs.sh │ │ │ ├── icl_rcshpc/ │ │ │ │ ├── README │ │ │ │ ├── gchp.env │ │ │ │ └── gchp.run │ │ │ ├── mit_hex/ │ │ │ │ ├── README │ │ │ │ ├── gchp.env_HEX │ │ │ │ └── gchp.run_HEX │ │ │ ├── mit_svante/ │ │ │ │ ├── README │ │ │ │ ├── gchp.env_SVANTE │ │ │ │ └── gchp.run_SVANTE.sh │ │ │ ├── msu_orion/ │ │ │ │ ├── README │ │ │ │ ├── gchp.carbon.build │ │ │ │ ├── gchp.intel-2024.1.0.env │ │ │ │ └── gchp.run │ │ │ ├── nasa_discover/ │ │ │ │ ├── README │ │ │ │ ├── gchp.build │ │ │ │ ├── gchp.run │ │ │ │ ├── geoschem.SLES15.stack-gcc-12.3.0.env │ │ │ │ └── geoschem.SLES15.stack-intel-2021.10.0.env │ │ │ ├── nasa_pleiades/ │ │ │ │ ├── README │ │ │ │ ├── gchp.pleiades.env │ │ │ │ └── gchp.pleiades.run │ │ │ ├── nci_gadi/ │ │ │ │ ├── README │ │ │ │ ├── gchp.pbs.run │ │ │ │ └── gchp_env_nci │ │ │ ├── wustl_compute1/ │ │ │ │ ├── README │ │ │ │ ├── c360_requeuing.sh │ │ │ │ ├── execute.sh │ │ │ │ └── gchp.batch_job.sh │ │ │ ├── wustl_compute2/ │ │ │ │ ├── README │ │ │ │ ├── gchp.run │ │ │ │ └── gchp_202505_hpcx_openmpi4_serial_IO.env │ │ │ └── york_viking/ │ │ │ ├── README │ │ │ ├── gchp.intel.2021b.viking.env │ │ │ └── gchp.intel.sbatch │ │ ├── setCommonRunSettings.sh.template │ │ ├── setEnvironmentLink.sh │ │ ├── setRestartLink.sh │ │ └── utils/ │ │ ├── extra_static_files.txt │ │ ├── extra_templates.txt │ │ ├── listInputDataFiles │ │ └── simulation-status │ ├── GEOS/ │ │ ├── .gitignore │ │ ├── GEOSCHEMchem_ExtData.rc │ │ ├── GEOSCHEMchem_ExtData.yaml │ │ ├── GEOSCHEMchem_GridComp.rc │ │ ├── GEOSChem_TaggedNOx.rc │ │ ├── HEMCO_Config.rc │ │ ├── HEMCO_DiagnFile.rc │ │ ├── HISTORY_CFv2.rc │ │ ├── TransportTracers/ │ │ │ ├── GEOSCHEMchem_ExtData.rc │ │ │ ├── GEOSCHEMchem_ExtData.yaml │ │ │ ├── GEOSCHEMchem_GridComp.rc │ │ │ ├── HEMCO_Config.rc │ │ │ ├── HEMCO_DiagnFile.rc │ │ │ ├── HISTORY.rc │ │ │ └── geoschem_config.yml │ │ ├── geoschem_analysis_cdas.yml │ │ ├── geoschem_analysis_geosit.yml │ │ ├── geoschem_config.yml │ │ └── scripts/ │ │ └── create_ch4_offset_file.py │ ├── WRF/ │ │ └── fullchem/ │ │ ├── HEMCO_Config.rc │ │ ├── HEMCO_Diagn.rc │ │ ├── HISTORY.rc │ │ └── geoschem_config.yml │ └── shared/ │ ├── .gitignore │ ├── cleanRunDir.sh │ ├── download_data.gcap2.40L.yml │ ├── download_data.py │ ├── download_data.yml │ ├── input.apm │ ├── kpp_standalone_interface.yml │ ├── metrics.py │ ├── newUserRegistration.sh │ ├── rtd_species_by_simulation.py │ ├── settings/ │ │ ├── 0125x015625.txt │ │ ├── 025x03125.txt │ │ ├── 05x0625.txt │ │ ├── 2x25.txt │ │ ├── 4x5.txt │ │ ├── POPs_BaP.txt │ │ ├── POPs_PHE.txt │ │ ├── POPs_PYR.txt │ │ ├── gcap2_hemco.txt │ │ ├── geosfp/ │ │ │ ├── README │ │ │ ├── advection_met/ │ │ │ │ ├── geosfp.derived_1hr_c720_wind_PS_SPHU.txt │ │ │ │ ├── geosfp.preprocessed_3hr_0.25x0.625_PS_SPHU.txt │ │ │ │ ├── geosfp.preprocessed_3hr_0.25x0.625_wind.txt │ │ │ │ ├── geosfp.raw_1hr_c720_mass_flux_PS_SPHU_C.txt │ │ │ │ ├── geosfp.raw_3hr_0.25x0.625_PS_SPHU.txt │ │ │ │ └── geosfp.raw_3hr_0.25x0.625_wind.txt │ │ │ ├── geosfp.nonadv_preprocessed_ll.txt │ │ │ └── geosfp.nonadv_raw_ll.txt │ │ ├── geosit/ │ │ │ ├── README │ │ │ ├── advection_met/ │ │ │ │ ├── geosit.preprocessed_1hr_c180_mass_flux.txt │ │ │ │ ├── geosit.preprocessed_3hr_c180_wind.txt │ │ │ │ ├── geosit.raw_1hr_c180_mass_flux.txt │ │ │ │ └── geosit.raw_3hr_c180_wind.txt │ │ │ ├── discover/ │ │ │ │ ├── geosit.nonadv_raw_c180.txt │ │ │ │ ├── geosit.raw_0.5x0.625.txt │ │ │ │ ├── geosit.raw_1hr_c180_mass_flux.txt │ │ │ │ └── geosit.raw_3hr_c180_wind.txt │ │ │ ├── geosit.nonadv_preprocessed_c180.txt │ │ │ ├── geosit.nonadv_raw_c180.txt │ │ │ ├── geosit.preprocessed_0.5x0.625.txt │ │ │ └── geosit.raw_0.5x0.625.txt │ │ ├── global_grid.txt │ │ ├── gmao_hemco.txt │ │ ├── merra2.txt │ │ ├── modele2.1.txt │ │ └── nested_grid.txt │ ├── setupConfigFiles.sh │ ├── singleCarbonSpecies.sh │ ├── species_database.yml │ ├── species_database_apm.yml │ └── species_database_tomas.yml └── test/ ├── .gitignore ├── README.md ├── difference/ │ ├── README.md │ └── diffTest.sh ├── integration/ │ ├── GCClassic/ │ │ ├── README.md │ │ ├── README.testroot.md │ │ ├── integrationTest.sh │ │ ├── integrationTestCompile.sh │ │ ├── integrationTestCreate.sh │ │ └── integrationTestExecute.sh │ ├── GCHP/ │ │ ├── README.md │ │ ├── README.testroot.md │ │ ├── integrationTest.sh │ │ ├── integrationTestCompile.sh │ │ ├── integrationTestCreate.sh │ │ └── integrationTestExecute.sh │ └── README.md ├── parallel/ │ ├── GCClassic/ │ │ ├── README.md │ │ ├── README.testroot.md │ │ ├── parallelTest.sh │ │ ├── parallelTestCompile.sh │ │ ├── parallelTestCreate.sh │ │ └── parallelTestExecute.sh │ └── README.md └── shared/ ├── .gitignore ├── README.md ├── alldiags/ │ └── Planeflight.dat.20190701 ├── commonFunctionsForTests.sh └── utils/ └── cannon/ ├── integrationTest/ │ ├── README.md │ ├── redoIntegrationTestCompile.sh │ └── redoIntegrationTestExecute.sh └── parallelTest/ ├── README.md ├── redoParallelTestCompile.sh └── redoParallelTestExecute.sh