gitextract_rkx8168q/

├── .gitattributes
├── .gitignore
├── .gitlab-ci.yml
├── .gitmodules
├── LICENSE
├── MANIFEST.in
├── README.md
├── data/
│   └── templates/
│       ├── LICENSE
│       ├── README
│       └── templates_info.json
├── doc/
│   └── doxyfile
├── docker/
│   ├── docker-compose.yml
│   ├── itk_niftymic/
│   │   ├── .dockerignore
│   │   └── Dockerfile
│   ├── niftymic/
│   │   ├── .dockerignore
│   │   └── Dockerfile
│   └── simplereg_dependencies/
│       ├── .dockerignore
│       └── Dockerfile
├── niftymic/
│   ├── __about__.py
│   ├── __init__.py
│   ├── application/
│   │   ├── __init__.py
│   │   ├── correct_bias_field.py
│   │   ├── correct_intensities.py
│   │   ├── multiply.py
│   │   ├── nifti2dicom.py
│   │   ├── propagate_mask.py
│   │   ├── reconstruct_volume.py
│   │   ├── reconstruct_volume_from_slices.py
│   │   ├── register_image.py
│   │   ├── rsfmri_estimate_motion.py
│   │   ├── rsfmri_reconstruct_volume_from_slices.py
│   │   ├── run_reconstruction_parameter_study.py
│   │   ├── run_reconstruction_pipeline.py
│   │   ├── segment_fetal_brains.py
│   │   └── show_slice_coverage.py
│   ├── base/
│   │   ├── __init__.py
│   │   ├── data_reader.py
│   │   ├── data_writer.py
│   │   ├── exceptions.py
│   │   ├── psf.py
│   │   ├── slice.py
│   │   └── stack.py
│   ├── definitions.py
│   ├── reconstruction/
│   │   ├── __init__.py
│   │   ├── admm_solver.py
│   │   ├── linear_operators.py
│   │   ├── primal_dual_solver.py
│   │   ├── scattered_data_approximation.py
│   │   ├── solver.py
│   │   └── tikhonov_solver.py
│   ├── registration/
│   │   ├── __init__.py
│   │   ├── flirt.py
│   │   ├── intra_stack_registration.py
│   │   ├── niftyreg.py
│   │   ├── registration_method.py
│   │   ├── simple_itk_registration.py
│   │   ├── stack_registration_base.py
│   │   ├── transform_initializer.py
│   │   └── wrap_itk_registration.py
│   ├── utilities/
│   │   ├── __init__.py
│   │   ├── binary_mask_from_mask_srr_estimator.py
│   │   ├── brain_stripping.py
│   │   ├── data_preprocessing.py
│   │   ├── input_arparser.py
│   │   ├── intensity_correction.py
│   │   ├── joint_image_mask_builder.py
│   │   ├── motion_updater.py
│   │   ├── n4_bias_field_correction.py
│   │   ├── outlier_rejector.py
│   │   ├── parameter_normalization.py
│   │   ├── segmentation_propagation.py
│   │   ├── siena.py
│   │   ├── stack_mask_morphological_operations.py
│   │   ├── target_stack_estimator.py
│   │   ├── template_stack_estimator.py
│   │   ├── toolkit_executor.py
│   │   └── volumetric_reconstruction_pipeline.py
│   └── validation/
│       ├── __init__.py
│       ├── evaluate_image_similarity.py
│       ├── evaluate_simulated_stack_similarity.py
│       ├── evaluate_slice_residual_similarity.py
│       ├── export_side_by_side_simulated_vs_original_slice_comparison.py
│       ├── image_similarity_evaluator.py
│       ├── motion_evaluator.py
│       ├── motion_simulator.py
│       ├── residual_evaluator.py
│       ├── show_evaluated_simulated_stack_similarity.py
│       ├── simulate_stacks_from_reconstruction.py
│       ├── slice_acquisition.py
│       ├── slice_coverage.py
│       └── write_random_motion_transforms.py
├── niftymic_correct_bias_field.py
├── niftymic_multiply.py
├── niftymic_nifti2dicom.py
├── niftymic_reconstruct_volume.py
├── niftymic_reconstruct_volume_from_slices.py
├── niftymic_register_image.py
├── niftymic_rsfmri_estimate_motion.py
├── niftymic_rsfmri_reconstruct_volume_from_slices.py
├── niftymic_run_reconstruction_parameter_study.py
├── niftymic_run_reconstruction_pipeline.py
├── niftymic_segment_fetal_brains.py
├── niftymic_show_reconstruction_parameter_study.py
├── requirements-monaifbs.txt
├── requirements.txt
├── setup.py
└── tests/
    ├── __init__.py
    ├── brain_stripping_test.py
    ├── case_study_fetal_brain_test.py
    ├── case_study_rsfmri_test.py
    ├── data_reader_test.py
    ├── image_similarity_evaluator_test.py
    ├── installation_test.py
    ├── installation_test_fetal_brain_seg.py
    ├── installation_test_monaifbs.py
    ├── intensity_correction_test.py
    ├── intra_stack_registration_test.py
    ├── linear_image_quality_transfer_test.py
    ├── linear_operators_test.py
    ├── niftyreg_test.py
    ├── parameter_normalization_test.py
    ├── registration_test.py
    ├── residual_evaluator_test.py
    ├── run_tests.py
    ├── segmentation_propagation_test.py
    ├── simulator_slice_acquisition_test.py
    └── stack_test.py