gitextract_p0ek25vk/

├── .dockerignore
├── CONTRIBUTING.md
├── LICENSE
├── README.md
├── afdb/
│   └── README.md
├── alphafold/
│   ├── __init__.py
│   ├── common/
│   │   ├── __init__.py
│   │   ├── confidence.py
│   │   ├── confidence_test.py
│   │   ├── mmcif_metadata.py
│   │   ├── protein.py
│   │   ├── protein_test.py
│   │   ├── residue_constants.py
│   │   ├── residue_constants_test.py
│   │   └── testdata/
│   │       ├── 2rbg.pdb
│   │       ├── 5nmu.pdb
│   │       └── glucagon.pdb
│   ├── data/
│   │   ├── __init__.py
│   │   ├── feature_processing.py
│   │   ├── mmcif_parsing.py
│   │   ├── msa_identifiers.py
│   │   ├── msa_pairing.py
│   │   ├── parsers.py
│   │   ├── pipeline.py
│   │   ├── pipeline_multimer.py
│   │   ├── templates.py
│   │   └── tools/
│   │       ├── __init__.py
│   │       ├── hhblits.py
│   │       ├── hhsearch.py
│   │       ├── hmmbuild.py
│   │       ├── hmmsearch.py
│   │       ├── jackhmmer.py
│   │       ├── kalign.py
│   │       └── utils.py
│   ├── model/
│   │   ├── __init__.py
│   │   ├── all_atom.py
│   │   ├── all_atom_multimer.py
│   │   ├── all_atom_test.py
│   │   ├── base_config.py
│   │   ├── base_config_test.py
│   │   ├── common_modules.py
│   │   ├── config.py
│   │   ├── config_test.py
│   │   ├── data.py
│   │   ├── features.py
│   │   ├── folding.py
│   │   ├── folding_multimer.py
│   │   ├── geometry/
│   │   │   ├── __init__.py
│   │   │   ├── rigid_matrix_vector.py
│   │   │   ├── rotation_matrix.py
│   │   │   ├── struct_of_array.py
│   │   │   ├── test_utils.py
│   │   │   ├── utils.py
│   │   │   └── vector.py
│   │   ├── layer_stack.py
│   │   ├── layer_stack_test.py
│   │   ├── lddt.py
│   │   ├── lddt_test.py
│   │   ├── mapping.py
│   │   ├── model.py
│   │   ├── modules.py
│   │   ├── modules_multimer.py
│   │   ├── prng.py
│   │   ├── prng_test.py
│   │   ├── quat_affine.py
│   │   ├── quat_affine_test.py
│   │   ├── r3.py
│   │   ├── tf/
│   │   │   ├── __init__.py
│   │   │   ├── data_transforms.py
│   │   │   ├── input_pipeline.py
│   │   │   ├── protein_features.py
│   │   │   ├── protein_features_test.py
│   │   │   ├── proteins_dataset.py
│   │   │   ├── shape_helpers.py
│   │   │   ├── shape_helpers_test.py
│   │   │   ├── shape_placeholders.py
│   │   │   └── utils.py
│   │   └── utils.py
│   ├── notebooks/
│   │   ├── __init__.py
│   │   ├── notebook_utils.py
│   │   └── notebook_utils_test.py
│   ├── relax/
│   │   ├── __init__.py
│   │   ├── amber_minimize.py
│   │   ├── amber_minimize_test.py
│   │   ├── cleanup.py
│   │   ├── cleanup_test.py
│   │   ├── relax.py
│   │   ├── relax_test.py
│   │   ├── testdata/
│   │   │   ├── model_output.pdb
│   │   │   ├── multiple_disulfides_target.pdb
│   │   │   ├── with_violations.pdb
│   │   │   └── with_violations_casp14.pdb
│   │   ├── utils.py
│   │   └── utils_test.py
│   └── version.py
├── conftest.py
├── docker/
│   ├── Dockerfile
│   ├── requirements.txt
│   └── run_docker.py
├── docs/
│   └── technical_note_v2.3.0.md
├── notebooks/
│   └── AlphaFold.ipynb
├── pyproject.toml
├── requirements.txt
├── run_alphafold.py
├── run_alphafold_test.py
├── scripts/
│   ├── download_all_data.sh
│   ├── download_alphafold_params.sh
│   ├── download_bfd.sh
│   ├── download_mgnify.sh
│   ├── download_pdb70.sh
│   ├── download_pdb_mmcif.sh
│   ├── download_pdb_seqres.sh
│   ├── download_small_bfd.sh
│   ├── download_uniprot.sh
│   ├── download_uniref30.sh
│   └── download_uniref90.sh
└── server/
    ├── README.md
    └── example.json