gitextract_op0f7t9l/ ├── .github/ │ └── workflows/ │ └── ci.yaml ├── CMakeLists.txt ├── CONTRIBUTING.md ├── LICENSE ├── OUTPUT_TERMS_OF_USE.md ├── README.md ├── WEIGHTS_PROHIBITED_USE_POLICY.md ├── WEIGHTS_TERMS_OF_USE.md ├── docker/ │ ├── Dockerfile │ ├── dockerignore │ └── jackhmmer_seq_limit.patch ├── docs/ │ ├── community_tools.md │ ├── contributing.md │ ├── input.md │ ├── installation.md │ ├── known_issues.md │ ├── metadata_antibody_antigen.csv │ ├── metadata_antibody_antigen.md │ ├── model_parameters.md │ ├── output.md │ └── performance.md ├── fetch_databases.sh ├── legal/ │ ├── WEIGHTS_PROHIBITED_USE_POLICY-Bahasa-Indonesia.md │ ├── WEIGHTS_PROHIBITED_USE_POLICY-Espanol-Latinoamerica.md │ ├── WEIGHTS_PROHIBITED_USE_POLICY-Francais-Canada.md │ ├── WEIGHTS_PROHIBITED_USE_POLICY-Portugues-Brazil.md │ ├── WEIGHTS_TERMS_OF_USE-Bahasa-Indonesia.md │ ├── WEIGHTS_TERMS_OF_USE-Espanol-Latinoamerica.md │ ├── WEIGHTS_TERMS_OF_USE-Francais-Canada.md │ └── WEIGHTS_TERMS_OF_USE-Portugues-Brazil.md ├── pyproject.toml ├── run_alphafold.py ├── run_alphafold_data_test.py ├── run_alphafold_test.py └── src/ └── alphafold3/ ├── __init__.py ├── build_data.py ├── common/ │ ├── base_config.py │ ├── folding_input.py │ ├── resources.py │ ├── safe_pickle.py │ └── testing/ │ └── data.py ├── constants/ │ ├── atom_types.py │ ├── chemical_component_sets.py │ ├── chemical_components.py │ ├── converters/ │ │ ├── ccd_pickle_gen.py │ │ └── chemical_component_sets_gen.py │ ├── mmcif_names.py │ ├── periodic_table.py │ ├── residue_names.py │ └── side_chains.py ├── cpp.cc ├── data/ │ ├── cpp/ │ │ ├── msa_profile_pybind.cc │ │ └── msa_profile_pybind.h │ ├── featurisation.py │ ├── msa.py │ ├── msa_config.py │ ├── msa_features.py │ ├── msa_identifiers.py │ ├── parsers.py │ ├── pipeline.py │ ├── structure_stores.py │ ├── template_realign.py │ ├── templates.py │ └── tools/ │ ├── hmmalign.py │ ├── hmmbuild.py │ ├── hmmsearch.py │ ├── jackhmmer.py │ ├── msa_tool.py │ ├── nhmmer.py │ ├── rdkit_utils.py │ ├── shards.py │ └── subprocess_utils.py ├── jax/ │ └── geometry/ │ ├── __init__.py │ ├── rigid_matrix_vector.py │ ├── rotation_matrix.py │ ├── struct_of_array.py │ ├── utils.py │ └── vector.py ├── model/ │ ├── atom_layout/ │ │ └── atom_layout.py │ ├── components/ │ │ ├── haiku_modules.py │ │ ├── mapping.py │ │ └── utils.py │ ├── confidence_types.py │ ├── confidences.py │ ├── data3.py │ ├── data_constants.py │ ├── feat_batch.py │ ├── features.py │ ├── merging_features.py │ ├── mkdssp_pybind.cc │ ├── mkdssp_pybind.h │ ├── mmcif_metadata.py │ ├── model.py │ ├── model_config.py │ ├── msa_pairing.py │ ├── network/ │ │ ├── atom_cross_attention.py │ │ ├── confidence_head.py │ │ ├── diffusion_head.py │ │ ├── diffusion_transformer.py │ │ ├── distogram_head.py │ │ ├── evoformer.py │ │ ├── featurization.py │ │ ├── modules.py │ │ ├── noise_level_embeddings.py │ │ └── template_modules.py │ ├── params.py │ ├── pipeline/ │ │ ├── inter_chain_bonds.py │ │ ├── pipeline.py │ │ └── structure_cleaning.py │ ├── post_processing.py │ ├── protein_data_processing.py │ └── scoring/ │ ├── alignment.py │ ├── chirality.py │ ├── covalent_bond_cleaning.py │ └── scoring.py ├── parsers/ │ └── cpp/ │ ├── cif_dict.pyi │ ├── cif_dict_lib.cc │ ├── cif_dict_lib.h │ ├── cif_dict_pybind.cc │ ├── cif_dict_pybind.h │ ├── fasta_iterator.pyi │ ├── fasta_iterator_lib.cc │ ├── fasta_iterator_lib.h │ ├── fasta_iterator_pybind.cc │ ├── fasta_iterator_pybind.h │ ├── msa_conversion.pyi │ ├── msa_conversion_pybind.cc │ └── msa_conversion_pybind.h ├── scripts/ │ ├── copy_to_ssd.sh │ └── gcp_mount_ssd.sh ├── structure/ │ ├── __init__.py │ ├── bioassemblies.py │ ├── bonds.py │ ├── chemical_components.py │ ├── cpp/ │ │ ├── aggregation.pyi │ │ ├── aggregation_pybind.cc │ │ ├── aggregation_pybind.h │ │ ├── membership.pyi │ │ ├── membership_pybind.cc │ │ ├── membership_pybind.h │ │ ├── mmcif_altlocs.cc │ │ ├── mmcif_altlocs.h │ │ ├── mmcif_atom_site.pyi │ │ ├── mmcif_atom_site_pybind.cc │ │ ├── mmcif_atom_site_pybind.h │ │ ├── mmcif_layout.h │ │ ├── mmcif_layout.pyi │ │ ├── mmcif_layout_lib.cc │ │ ├── mmcif_layout_pybind.cc │ │ ├── mmcif_layout_pybind.h │ │ ├── mmcif_struct_conn.h │ │ ├── mmcif_struct_conn.pyi │ │ ├── mmcif_struct_conn_lib.cc │ │ ├── mmcif_struct_conn_pybind.cc │ │ ├── mmcif_struct_conn_pybind.h │ │ ├── mmcif_utils.pyi │ │ ├── mmcif_utils_pybind.cc │ │ ├── mmcif_utils_pybind.h │ │ ├── string_array.pyi │ │ ├── string_array_pybind.cc │ │ └── string_array_pybind.h │ ├── mmcif.py │ ├── parsing.py │ ├── sterics.py │ ├── structure.py │ ├── structure_tables.py │ ├── table.py │ └── test_utils.py ├── test_data/ │ ├── alphafold_run_outputs/ │ │ ├── run_alphafold_test_output_bucket_1024.pkl │ │ └── run_alphafold_test_output_bucket_default.pkl │ ├── featurised_example.json │ ├── featurised_example.pkl │ ├── miniature_databases/ │ │ ├── bfd-first_non_consensus_sequences__subsampled_1000.fasta │ │ ├── mgy_clusters__subsampled_1000.fa │ │ ├── nt_rna_2023_02_23_clust_seq_id_90_cov_80_rep_seq__subsampled_1000.fasta │ │ ├── pdb_mmcif/ │ │ │ ├── 5y2e.cif │ │ │ ├── 6s61.cif │ │ │ ├── 6ydw.cif │ │ │ └── 7rye.cif │ │ ├── pdb_seqres_2022_09_28__subsampled_1000.fasta │ │ ├── rfam_14_4_clustered_rep_seq__subsampled_1000.fasta │ │ ├── rnacentral_active_seq_id_90_cov_80_linclust__subsampled_1000.fasta │ │ ├── uniprot_all__subsampled_1000.fasta │ │ └── uniref90__subsampled_1000.fasta │ └── model_config.json └── version.py