gitextract_5tsxk3xx/

├── .github/
│   ├── ISSUE_TEMPLATE/
│   │   └── bug_report.md
│   └── workflows/
│       └── ci.yml
├── LICENSE
├── Makefile
├── README.md
├── chromap.1
├── docs/
│   ├── _config.yml
│   ├── chromap.html
│   └── index.md
├── src/
│   ├── alignment.cc
│   ├── alignment.h
│   ├── barcode_translator.h
│   ├── bed_mapping.h
│   ├── candidate.h
│   ├── candidate_position_generating_config.h
│   ├── candidate_processor.cc
│   ├── candidate_processor.h
│   ├── chromap.cc
│   ├── chromap.h
│   ├── chromap_driver.cc
│   ├── chromap_driver.h
│   ├── cxxopts.hpp
│   ├── draft_mapping.h
│   ├── draft_mapping_generator.cc
│   ├── draft_mapping_generator.h
│   ├── feature_barcode_matrix.cc
│   ├── feature_barcode_matrix.h
│   ├── feature_barcode_matrix_writer.h
│   ├── hit_utils.h
│   ├── index.cc
│   ├── index.h
│   ├── index_parameters.h
│   ├── index_utils.h
│   ├── khash.h
│   ├── kseq.h
│   ├── ksw.cc
│   ├── ksw.h
│   ├── mapping.h
│   ├── mapping_generator.cc
│   ├── mapping_generator.h
│   ├── mapping_in_memory.h
│   ├── mapping_metadata.h
│   ├── mapping_parameters.h
│   ├── mapping_processor.h
│   ├── mapping_writer.cc
│   ├── mapping_writer.h
│   ├── minimizer.h
│   ├── minimizer_generator.cc
│   ├── minimizer_generator.h
│   ├── mmcache.hpp
│   ├── paf_mapping.h
│   ├── paired_end_mapping_metadata.h
│   ├── pairs_mapping.h
│   ├── sam_mapping.h
│   ├── sequence_batch.cc
│   ├── sequence_batch.h
│   ├── sequence_effective_range.h
│   ├── strand.h
│   ├── summary_metadata.h
│   ├── temp_mapping.h
│   └── utils.h
└── test/
    ├── read1.fq
    ├── read2.fq
    └── ref.fa