gitextract_0onxtofe/

├── LICENSE
├── README.md
├── bedtools/
│   ├── binder/
│   │   └── environment.yml
│   ├── data/
│   │   ├── H1-hESC-H3K27Ac_chr22.bed
│   │   ├── hg38.genome
│   │   ├── human_enhancers_chr22.bed
│   │   └── ucscGenes_chr22.bed
│   └── index.ipynb
├── differential-expression-analysis/
│   ├── binder/
│   │   └── Dockerfile
│   ├── data/
│   │   ├── dme_elev_samples.tab
│   │   └── dme_elevgrad_rsem_bt2_gene_counts.matrix.bz2
│   └── index.Rmd
├── enrichment-analysis/
│   ├── binder/
│   │   └── Dockerfile
│   ├── data/
│   │   ├── dme_mapk_ensembl_geneids.txt
│   │   └── heatshockprotein_ensembl_gene_ids.txt
│   └── index.Rmd
├── ggplot-basics/
│   ├── binder/
│   │   └── Dockerfile
│   └── index.Rmd
├── intro-to-awk/
│   ├── binder/
│   │   └── environment.yml
│   ├── data/
│   │   ├── Homo_sapiens.GRCh38.subset.gff3
│   │   ├── Homo_sapiens_ucscGenes.subset.bed
│   │   ├── enhancers.csv
│   │   ├── example.fastq
│   │   └── hg38.genome
│   └── index.ipynb
├── intro-to-r/
│   ├── binder/
│   │   └── Dockerfile
│   ├── data/
│   │   └── mbta_bus.tsv
│   ├── index.Rmd
│   └── instructor_copy.Rmd
├── intro_awk_spring2021/
│   ├── .ipynb_checkpoints/
│   │   └── index-checkpoint.ipynb
│   ├── binder/
│   │   ├── .ipynb_checkpoints/
│   │   │   └── environment-checkpoint.yml
│   │   └── environment.yml
│   ├── data/
│   │   ├── .ipynb_checkpoints/
│   │   │   ├── Homo_sapiens.GRCh38.subset-checkpoint.gff3
│   │   │   ├── Homo_sapiens_ucscGenes.subset-checkpoint.bed
│   │   │   ├── example-checkpoint.fastq
│   │   │   └── hg38-checkpoint.genome
│   │   ├── Homo_sapiens.GRCh38.subset.gff3
│   │   ├── Homo_sapiens_ucscGenes.subset.bed
│   │   ├── dmel-subset-chromosomes.fasta
│   │   ├── enhancers.csv
│   │   ├── example.fastq
│   │   ├── hg38.genome
│   │   └── sample.txt
│   └── index.ipynb
├── intro_data_science/
│   ├── part_1/
│   │   ├── binder/
│   │   │   └── requirements.txt
│   │   ├── ds_part_1.ipynb
│   │   └── ds_part_1_complete.ipynb
│   ├── part_2/
│   │   ├── binder/
│   │   │   └── requirements.txt
│   │   ├── ds_part_2.ipynb
│   │   └── ds_part_2_complete.ipynb
│   ├── part_3/
│   │   ├── binder/
│   │   │   └── requirements.txt
│   │   ├── data/
│   │   │   ├── complete/
│   │   │   │   └── eur_data_final.csv
│   │   │   ├── gdp_2016.csv
│   │   │   ├── misc_data.xlsx
│   │   │   ├── out/
│   │   │   │   ├── eur_data_sorted.csv
│   │   │   │   ├── eur_data_sorted.html
│   │   │   │   ├── eur_data_sorted.json
│   │   │   │   └── eur_data_sorted.xlsx
│   │   │   ├── unemployment_2016.csv
│   │   │   └── ~$misc_data.xlsx
│   │   ├── ds_part_3.ipynb
│   │   └── ds_part_3_complete.ipynb
│   └── part_4/
│       ├── binder/
│       │   └── requirements.txt
│       ├── data/
│       │   └── complete/
│       │       ├── eur_data_final.csv
│       │       └── un_world_data.csv
│       ├── ds_part_4.ipynb
│       └── ds_part_4_complete.ipynb
├── samtools/
│   ├── binder/
│   │   └── environment.yml
│   ├── data/
│   │   ├── file.sorted.bam
│   │   └── subset.bed
│   ├── index.ipynb
│   └── introduction.md
├── singularity/
│   ├── images/
│   │   ├── singularity_container.drawio
│   │   ├── singularity_image.drawio
│   │   └── trinity.drawio
│   ├── part1.html
│   └── part1.md
├── snakemake/
│   ├── LICENSE
│   ├── README.md
│   ├── Snakefile
│   ├── binder/
│   │   ├── README.md
│   │   └── environment.yml
│   ├── data/
│   │   └── .gitignore
│   └── index.ipynb
├── taste-of-conda/
│   ├── binder/
│   │   └── environment.yml
│   └── index.ipynb
├── tidyverse/
│   ├── part1/
│   │   ├── binder/
│   │   │   └── Dockerfile
│   │   └── index.Rmd
│   ├── part1_winter2021/
│   │   ├── binder/
│   │   │   └── Dockerfile
│   │   └── index.Rmd
│   ├── part2/
│   │   ├── binder/
│   │   │   └── Dockerfile
│   │   └── index.Rmd
│   └── part2_winter2021/
│       ├── binder/
│       │   └── Dockerfile
│       ├── co-est2019-annres.csv.xz
│       ├── mask-use-by-county.csv
│       ├── tidyverse_part2_winter2021.Rmd
│       └── tidyverse_part2_winter2021.nb.html
├── tidyverse_covid_data/
│   ├── part1/
│   │   ├── binder/
│   │   │   └── Dockerfile
│   │   ├── tidyverse_1.R
│   │   └── tidyverse_1.Rmd
│   └── part2/
│       ├── binder/
│       │   └── Dockerfile
│       ├── co-est2019-annres.csv.xz
│       ├── mask-use-by-county.csv
│       ├── tidyverse_2.R
│       └── tidyverse_2.Rmd
└── unix-pipes/
    ├── binder/
    │   └── environment.yml
    └── index.ipynb