gitextract_3p0tp7nj/

├── .gitignore
├── .travis.yml
├── CHANGELOG.md
├── DESCRIPTION
├── NAMESPACE
├── R/
│   └── functions.R
├── README.md
├── data/
│   ├── es.mef.small.rda
│   ├── knn.rda
│   ├── o.ifm.rda
│   ├── pollen.rda
│   └── scde.edff.rda
├── inst/
│   ├── NEWS
│   ├── diffexp.Rmd
│   ├── diffexp.md
│   ├── experimental.Rmd
│   ├── experimental.md
│   ├── genesets.Rmd
│   ├── genesets.md
│   ├── pagoda.Rmd
│   └── pagoda.md
├── license.txt
├── man/
│   ├── ViewPagodaApp-class.Rd
│   ├── bwpca.Rd
│   ├── clean.counts.Rd
│   ├── clean.gos.Rd
│   ├── es.mef.small.Rd
│   ├── knn.Rd
│   ├── knn.error.models.Rd
│   ├── make.pagoda.app.Rd
│   ├── o.ifm.Rd
│   ├── pagoda.cluster.cells.Rd
│   ├── pagoda.effective.cells.Rd
│   ├── pagoda.gene.clusters.Rd
│   ├── pagoda.pathway.wPCA.Rd
│   ├── pagoda.reduce.loading.redundancy.Rd
│   ├── pagoda.reduce.redundancy.Rd
│   ├── pagoda.show.pathways.Rd
│   ├── pagoda.subtract.aspect.Rd
│   ├── pagoda.top.aspects.Rd
│   ├── pagoda.varnorm.Rd
│   ├── pagoda.view.aspects.Rd
│   ├── papply.Rd
│   ├── pollen.Rd
│   ├── scde.Rd
│   ├── scde.browse.diffexp.Rd
│   ├── scde.edff.Rd
│   ├── scde.error.models.Rd
│   ├── scde.expression.difference.Rd
│   ├── scde.expression.magnitude.Rd
│   ├── scde.expression.prior.Rd
│   ├── scde.failure.probability.Rd
│   ├── scde.fit.models.to.reference.Rd
│   ├── scde.posteriors.Rd
│   ├── scde.test.gene.expression.difference.Rd
│   ├── show.app.Rd
│   ├── view.aspects.Rd
│   └── winsorize.matrix.Rd
├── src/
│   ├── Makevars
│   ├── Makevars.win
│   ├── bwpca.cpp
│   ├── bwpca.h
│   ├── jpmatLogBoot.cpp
│   ├── jpmatLogBoot.h
│   ├── matSlideMult.cpp
│   ├── matSlideMult.h
│   ├── pagoda.cpp
│   └── pagoda.h
├── tests/
│   └── tests.R
├── vignettes/
│   ├── diffexp.Rmd
│   └── pagoda.Rmd
└── web/
    ├── additional.css
    ├── pathcl.css
    ├── pathcl.js
    ├── pathcl_canvas.js
    └── pathcl_canvas_1.1.js