gitextract_sa6zefk6/

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├── aligner_bt.cpp
├── aligner_bt.h
├── aligner_cache.cpp
├── aligner_cache.h
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├── aligner_seed.cpp
├── aligner_seed.h
├── aligner_seed_policy.cpp
├── aligner_seed_policy.h
├── aligner_sw.cpp
├── aligner_sw.h
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├── aligner_sw_nuc.h
├── aligner_swsse.cpp
├── aligner_swsse.h
├── aligner_swsse_ee_i16.cpp
├── aligner_swsse_ee_u8.cpp
├── aligner_swsse_loc_i16.cpp
├── aligner_swsse_loc_u8.cpp
├── aln_sink.h
├── alphabet.cpp
├── alphabet.h
├── assert_helpers.h
├── binary_sa_search.h
├── bitpack.h
├── blockwise_sa.h
├── bt2_idx.cpp
├── bt2_idx.h
├── bt2_io.h
├── bt2_util.h
├── btypes.h
├── ccnt_lut.cpp
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├── centrifuge.cpp
├── centrifuge.xcodeproj/
│   └── project.pbxproj
├── centrifuge_build.cpp
├── centrifuge_build_main.cpp
├── centrifuge_compress.cpp
├── centrifuge_inspect.cpp
├── centrifuge_main.cpp
├── centrifuge_report.cpp
├── classifier.h
├── diff_sample.cpp
├── diff_sample.h
├── doc/
│   ├── README
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│   ├── faq.shtml
│   ├── footer.inc.html
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│   ├── manual.shtml
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│   ├── strip_markdown.pl
│   └── style.css
├── dp_framer.cpp
├── dp_framer.h
├── ds.cpp
├── ds.h
├── edit.cpp
├── edit.h
├── endian_swap.h
├── evaluation/
│   ├── centrifuge_evaluate.py
│   ├── centrifuge_simulate_reads.py
│   └── test/
│       ├── abundance.Rmd
│       └── centrifuge_evaluate_mason.py
├── example/
│   ├── index/
│   │   ├── test.1.cf
│   │   ├── test.2.cf
│   │   ├── test.3.cf
│   │   └── test.4.cf
│   ├── reads/
│   │   └── input.fa
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│       ├── gi_to_tid.dmp
│       ├── names.dmp
│       ├── nodes.dmp
│       └── test.fa
├── fast_mutex.h
├── filebuf.h
├── formats.h
├── functions.sh
├── group_walk.cpp
├── group_walk.h
├── hi_aligner.h
├── hier_idx.h
├── hier_idx_common.h
├── hyperloglogbias.h
├── hyperloglogplus.h
├── indices/
│   └── Makefile
├── limit.cpp
├── limit.h
├── ls.cpp
├── ls.h
├── mask.cpp
├── mask.h
├── mem_ids.h
├── mm.h
├── multikey_qsort.h
├── opts.h
├── outq.cpp
├── outq.h
├── pat.cpp
├── pat.h
├── pe.cpp
├── pe.h
├── presets.cpp
├── presets.h
├── processor_support.h
├── qual.cpp
├── qual.h
├── random_source.cpp
├── random_source.h
├── random_util.cpp
├── random_util.h
├── read.h
├── read_qseq.cpp
├── ref_coord.cpp
├── ref_coord.h
├── ref_read.cpp
├── ref_read.h
├── reference.cpp
├── reference.h
├── scoring.cpp
├── scoring.h
├── search_globals.h
├── sequence_io.h
├── shmem.cpp
├── shmem.h
├── simple_func.cpp
├── simple_func.h
├── sse_util.cpp
├── sse_util.h
├── sstring.cpp
├── sstring.h
├── str_util.h
├── taxonomy.h
├── third_party/
│   ├── MurmurHash3.cpp
│   ├── MurmurHash3.h
│   └── cpuid.h
├── threading.h
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├── tinythread.cpp
├── tinythread.h
├── tokenize.h
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