gitextract_mv8sofvg/

├── .Rbuildignore
├── .Rprofile
├── .github/
│   ├── ISSUE_TEMPLATE/
│   │   ├── bug_report.md
│   │   └── feature_request.md
│   └── workflows/
│       ├── binary-build.yml
│       ├── r-cmd-check.yml
│       └── test-coverage.yml
├── .gitignore
├── BUILD.md
├── CRAN.md
├── DESCRIPTION
├── Doxyfile
├── LICENSE.md
├── Makefile
├── NAMESPACE
├── R/
│   ├── abc.R
│   ├── accumulators.R
│   ├── as_data_frame.R
│   ├── as_pomp.R
│   ├── bake.R
│   ├── basic_components.R
│   ├── basic_probes.R
│   ├── betabinom.R
│   ├── blowflies.R
│   ├── bsflu.R
│   ├── bsmc2.R
│   ├── bsplines.R
│   ├── builder.R
│   ├── childhood.R
│   ├── coef.R
│   ├── conc.R
│   ├── concat.R
│   ├── cond_logLik.R
│   ├── continue.R
│   ├── covariate_table.R
│   ├── covmat.R
│   ├── csnippet.R
│   ├── dacca.R
│   ├── design.R
│   ├── dinit_spec.R
│   ├── dmeasure_spec.R
│   ├── dprocess_spec.R
│   ├── ebola.R
│   ├── eff_sample_size.R
│   ├── elementary_algorithms.R
│   ├── emeasure_spec.R
│   ├── estimation_algorithms.R
│   ├── eulermultinom.R
│   ├── extract.R
│   ├── filter_mean.R
│   ├── filter_traj.R
│   ├── flow.R
│   ├── forecast.R
│   ├── gompertz.R
│   ├── kalman.R
│   ├── kf.R
│   ├── listie.R
│   ├── load.R
│   ├── loglik.R
│   ├── logmeanexp.R
│   ├── lookup.R
│   ├── mcap.R
│   ├── melt.R
│   ├── mif2.R
│   ├── nlf.R
│   ├── objfun.R
│   ├── obs.R
│   ├── ou2.R
│   ├── package.R
│   ├── parameter_trans.R
│   ├── parmat.R
│   ├── parus.R
│   ├── pfilter.R
│   ├── plot.R
│   ├── pmcmc.R
│   ├── pomp.R
│   ├── pomp_class.R
│   ├── pomp_examp.R
│   ├── pomp_fun.R
│   ├── pred_mean.R
│   ├── pred_var.R
│   ├── print.R
│   ├── prior_spec.R
│   ├── probe.R
│   ├── probe_match.R
│   ├── profile_design.R
│   ├── proposals.R
│   ├── pstop.R
│   ├── resample.R
│   ├── ricker.R
│   ├── rinit_spec.R
│   ├── rmeasure_spec.R
│   ├── rprocess_spec.R
│   ├── runif_design.R
│   ├── rw2.R
│   ├── safecall.R
│   ├── sannbox.R
│   ├── saved_states.R
│   ├── show.R
│   ├── simulate.R
│   ├── sir.R
│   ├── skeleton_spec.R
│   ├── slice_design.R
│   ├── sobol_design.R
│   ├── spect.R
│   ├── spect_match.R
│   ├── spy.R
│   ├── states.R
│   ├── summary.R
│   ├── templates.R
│   ├── time.R
│   ├── timezero.R
│   ├── traces.R
│   ├── traj_match.R
│   ├── trajectory.R
│   ├── transformations.R
│   ├── undefined.R
│   ├── userdata.R
│   ├── verhulst.R
│   ├── vmeasure_spec.R
│   ├── window.R
│   ├── workhorses.R
│   ├── wpfilter.R
│   └── wquant.R
├── README.md
├── TODO.md
├── codecov.yml
├── data/
│   ├── LondonYorke.rda
│   ├── blowflies.csv
│   ├── bsflu.rda
│   ├── ebolaWA2014.rda
│   ├── ewcitmeas.rda
│   ├── ewmeas.rda
│   └── parus.csv
├── examples/
│   ├── accumulators.R
│   ├── bake.R
│   ├── bsflu.R
│   ├── concat.R
│   ├── dacca.R
│   ├── design.R
│   ├── dmeasure_spec.R
│   ├── ebola.R
│   ├── eulermultinom.R
│   ├── kf.R
│   ├── logmeanexp.R
│   ├── nlf.R
│   ├── ou2.R
│   ├── parus.R
│   ├── pfilter.R
│   ├── pmcmc.R
│   ├── prior_spec.R
│   ├── probe_match.R
│   ├── ricker-bifdiag.R
│   ├── ricker.R
│   ├── rinit_spec.R
│   ├── rmeasure_spec.R
│   ├── rw2.R
│   ├── sir.R
│   ├── skeleton_spec.R
│   ├── spect_match.R
│   ├── spy.R
│   ├── traj_match.R
│   ├── trajectory.R
│   ├── userdata.R
│   └── verhulst.R
├── inst/
│   ├── CITATION
│   ├── GPL
│   ├── NEWS
│   ├── NEWS.Rd
│   ├── doc/
│   │   ├── Makefile
│   │   ├── index.html
│   │   └── index.md
│   └── include/
│       ├── pomp.h
│       └── pomp_defines.h
├── man/
│   ├── abc.Rd
│   ├── accumvars.Rd
│   ├── as_data_frame.Rd
│   ├── as_pomp.Rd
│   ├── bake.Rd
│   ├── basic_components.Rd
│   ├── basic_probes.Rd
│   ├── betabinom.Rd
│   ├── blowflies.Rd
│   ├── bsflu.Rd
│   ├── bsmc2.Rd
│   ├── bsplines.Rd
│   ├── childhood.Rd
│   ├── coef.Rd
│   ├── conc.Rd
│   ├── concat.Rd
│   ├── cond_logLik.Rd
│   ├── continue.Rd
│   ├── covariate_table.Rd
│   ├── covmat.Rd
│   ├── csnippet.Rd
│   ├── dacca.Rd
│   ├── design.Rd
│   ├── dinit.Rd
│   ├── dinit_spec.Rd
│   ├── dmeasure.Rd
│   ├── dmeasure_spec.Rd
│   ├── dprior.Rd
│   ├── dprocess.Rd
│   ├── dprocess_spec.Rd
│   ├── ebola.Rd
│   ├── eff_sample_size.Rd
│   ├── elementary_algorithms.Rd
│   ├── emeasure.Rd
│   ├── emeasure_spec.Rd
│   ├── estimation_algorithms.Rd
│   ├── eulermultinom.Rd
│   ├── filter_mean.Rd
│   ├── filter_traj.Rd
│   ├── flow.Rd
│   ├── forecast.Rd
│   ├── gompertz.Rd
│   ├── hitch.Rd
│   ├── kalman.Rd
│   ├── kf.Rd
│   ├── listie.Rd
│   ├── load.Rd
│   ├── loglik.Rd
│   ├── logmeanexp.Rd
│   ├── lookup.Rd
│   ├── macros/
│   │   └── citations.Rd
│   ├── mcap.Rd
│   ├── melt.Rd
│   ├── mif2.Rd
│   ├── nlf.Rd
│   ├── objfun.Rd
│   ├── obs.Rd
│   ├── ou2.Rd
│   ├── pStop.Rd
│   ├── parameter_trans.Rd
│   ├── parmat.Rd
│   ├── partrans.Rd
│   ├── parus.Rd
│   ├── pfilter.Rd
│   ├── plot.Rd
│   ├── pmcmc.Rd
│   ├── pomp-package.Rd
│   ├── pomp.Rd
│   ├── pomp_class.Rd
│   ├── pomp_examp.Rd
│   ├── pomp_fun.Rd
│   ├── pred_mean.Rd
│   ├── pred_var.Rd
│   ├── print.Rd
│   ├── prior_spec.Rd
│   ├── probe.Rd
│   ├── probe_match.Rd
│   ├── proposals.Rd
│   ├── resample.Rd
│   ├── ricker.Rd
│   ├── rinit.Rd
│   ├── rinit_spec.Rd
│   ├── rmeasure.Rd
│   ├── rmeasure_spec.Rd
│   ├── roxygen/
│   │   └── meta.R
│   ├── rprior.Rd
│   ├── rprocess.Rd
│   ├── rprocess_spec.Rd
│   ├── rw2.Rd
│   ├── rw_sd.Rd
│   ├── sannbox.Rd
│   ├── saved_states.Rd
│   ├── show.Rd
│   ├── simulate.Rd
│   ├── sir.Rd
│   ├── skeleton.Rd
│   ├── skeleton_spec.Rd
│   ├── spect.Rd
│   ├── spect_match.Rd
│   ├── spy.Rd
│   ├── states.Rd
│   ├── summary.Rd
│   ├── time.Rd
│   ├── timezero.Rd
│   ├── traces.Rd
│   ├── traj_match.Rd
│   ├── trajectory.Rd
│   ├── transformations.Rd
│   ├── undefined.Rd
│   ├── userdata.Rd
│   ├── verhulst.Rd
│   ├── vmeasure.Rd
│   ├── vmeasure_spec.Rd
│   ├── window.Rd
│   ├── workhorses.Rd
│   ├── wpfilter.Rd
│   └── wquant.Rd
├── revdep/
│   ├── .gitignore
│   ├── Makefile
│   └── timings.tab
├── rules.mk
├── src/
│   ├── Makevars
│   ├── backports.h
│   ├── bspline.c
│   ├── decls.h
│   ├── dinit.c
│   ├── distributions.c
│   ├── dmeasure.c
│   ├── dprior.c
│   ├── dprocess.c
│   ├── emeasure.c
│   ├── euler.c
│   ├── gompertz.c
│   ├── init.c
│   ├── internal.h
│   ├── logmeanexp.c
│   ├── lookup_table.c
│   ├── mif2.c
│   ├── ou2.c
│   ├── partrans.c
│   ├── pfilter.c
│   ├── pomp.h
│   ├── pomp_defines.h
│   ├── pomp_fun.c
│   ├── pomp_mat.h
│   ├── probe.c
│   ├── probe_acf.c
│   ├── probe_marginal.c
│   ├── probe_nlar.c
│   ├── resample.c
│   ├── rinit.c
│   ├── rmeasure.c
│   ├── rprior.c
│   ├── rprocess.c
│   ├── simulate.c
│   ├── skeleton.c
│   ├── soboldata.h
│   ├── sobolseq.c
│   ├── ssa.c
│   ├── synth_lik.c
│   ├── trajectory.c
│   ├── transformations.c
│   ├── userdata.c
│   ├── vmeasure.c
│   └── wpfilter.c
├── tests/
│   ├── Makefile
│   ├── R_v_C.R
│   ├── R_v_C.Rout
│   ├── abc.R
│   ├── abc.Rout.save
│   ├── baddm.R
│   ├── baddm.Rout.save
│   ├── bake.R
│   ├── bake.Rout.save
│   ├── basic_probes.R
│   ├── basic_probes.Rout.save
│   ├── betabinom.R
│   ├── betabinom.Rout.save
│   ├── blowflies.R
│   ├── blowflies.Rout.save
│   ├── bsmc2.R
│   ├── bsmc2.Rout.save
│   ├── bsplines1.R
│   ├── bsplines1.Rout.save
│   ├── bsplines2.R
│   ├── bsplines2.Rout.save
│   ├── concat.R
│   ├── concat.Rout.save
│   ├── covmat.R
│   ├── covmat.Rout.save
│   ├── csnippet.R
│   ├── csnippet.Rout.save
│   ├── dacca.R
│   ├── dacca.Rout.save
│   ├── dinit.R
│   ├── dinit.Rout.save
│   ├── dp.R
│   ├── dp.Rout.save
│   ├── dprocess.R
│   ├── dprocess.Rout.save
│   ├── ebola.R
│   ├── ebola.Rout.save
│   ├── emeasure.R
│   ├── emeasure.Rout.save
│   ├── eulermultinom.R
│   ├── eulermultinom.Rout.save
│   ├── flow.R
│   ├── flow.Rout.save
│   ├── gillespie.R
│   ├── gillespie.Rout.save
│   ├── gompertz.R
│   ├── gompertz.Rout.save
│   ├── helpers.R
│   ├── helpers.Rout.save
│   ├── hitch.R
│   ├── hitch.Rout.save
│   ├── issue109.R
│   ├── issue109.Rout.save
│   ├── issue222.R
│   ├── issue222.Rout.save
│   ├── issue56.R
│   ├── issue56.Rout.save
│   ├── kalman.R
│   ├── kalman.Rout.save
│   ├── kalman2.R
│   ├── kalman2.Rout.save
│   ├── link.R
│   ├── link.Rout.save
│   ├── load.R
│   ├── load.Rout.save
│   ├── logmeanexp.R
│   ├── logmeanexp.Rout.save
│   ├── lookup.R
│   ├── lookup.Rout.save
│   ├── map.R
│   ├── map.Rout.save
│   ├── mcap.R
│   ├── mcap.Rout.save
│   ├── measure.R
│   ├── measure.Rout.save
│   ├── mif2.R
│   ├── mif2.Rout.save
│   ├── mif2_index.R
│   ├── mif2_index.Rout.save
│   ├── mif2_kf.R
│   ├── mif2_kf.Rout.save
│   ├── nlf.R
│   ├── nlf.Rout.save
│   ├── nullcases.R
│   ├── nullcases.Rout.save
│   ├── ou2.R
│   ├── ou2.Rout.save
│   ├── parmat.R
│   ├── parmat.Rout.save
│   ├── partrans.R
│   ├── partrans.Rout.save
│   ├── pfilter.R
│   ├── pfilter.Rout.save
│   ├── pfilter2.R
│   ├── pfilter2.Rout.save
│   ├── pmcmc.R
│   ├── pmcmc.Rout.save
│   ├── pomp.R
│   ├── pomp.Rout.save
│   ├── pomp_fun.R
│   ├── pomp_fun.Rout.save
│   ├── pomp_methods.R
│   ├── pomp_methods.Rout.save
│   ├── prior.R
│   ├── prior.Rout.save
│   ├── probe.R
│   ├── probe.Rout.save
│   ├── probe_match.R
│   ├── probe_match.Rout.save
│   ├── process.R
│   ├── process.Rout.save
│   ├── profile_design.R
│   ├── profile_design.Rout.save
│   ├── proposals.R
│   ├── proposals.Rout.save
│   ├── resample.R
│   ├── resample.Rout.save
│   ├── rgammawn.R
│   ├── rgammawn.Rout.save
│   ├── ricker.R
│   ├── ricker.Rout.save
│   ├── rinit.R
│   ├── rinit.Rout.save
│   ├── runif_design.R
│   ├── runif_design.Rout.save
│   ├── rw2.R
│   ├── rw2.Rout.save
│   ├── sannbox.R
│   ├── sannbox.Rout.save
│   ├── save.R
│   ├── save.Rout.save
│   ├── simulate.R
│   ├── simulate.Rout.save
│   ├── simulate_data_frame.R
│   ├── simulate_data_frame.Rout.save
│   ├── sir.R
│   ├── sir.Rout.save
│   ├── sir2.R
│   ├── sir2.Rout.save
│   ├── skeleton.R
│   ├── skeleton.Rout.save
│   ├── slice_design.R
│   ├── slice_design.Rout.save
│   ├── sobol.R
│   ├── sobol.Rout.save
│   ├── spect.R
│   ├── spect.Rout.save
│   ├── spect_match.R
│   ├── spect_match.Rout.save
│   ├── spy.R
│   ├── spy.Rout
│   ├── steps.R
│   ├── steps.Rout.save
│   ├── synlik.R
│   ├── synlik.Rout.save
│   ├── traj_match.R
│   ├── traj_match.Rout.save
│   ├── trajectory.R
│   ├── trajectory.Rout.save
│   ├── transformations.R
│   ├── transformations.Rout.save
│   ├── undefined.R
│   ├── undefined.Rout.save
│   ├── userdata.R
│   ├── userdata.Rout.save
│   ├── verhulst.R
│   ├── verhulst.Rout.save
│   ├── vmeasure.R
│   ├── vmeasure.Rout.save
│   ├── wpfilter.R
│   ├── wpfilter.Rout.save
│   ├── wquant.R
│   └── wquant.Rout.save
└── tools/
    └── check.env