gitextract_a48sspai/

├── .gitattributes
├── .gitignore
├── .idea/
│   ├── .gitignore
│   ├── inspectionProfiles/
│   │   └── profiles_settings.xml
│   └── umap-nan.iml
├── .pep8speaks.yml
├── .readthedocs.yaml
├── .travis.yml
├── CODE_OF_CONDUCT.md
├── CONTRIBUTING.md
├── LICENSE.txt
├── Makefile
├── README.rst
├── appveyor.yml
├── azure-pipelines.yml
├── ci_scripts/
│   ├── install.sh
│   ├── success.sh
│   └── test.sh
├── doc/
│   ├── .gitignore
│   ├── Makefile
│   ├── _static/
│   │   └── .gitkeep
│   ├── aligned_umap_basic_usage.rst
│   ├── aligned_umap_plotly_plot.html
│   ├── aligned_umap_politics_demo.rst
│   ├── api.rst
│   ├── basic_usage.rst
│   ├── basic_usage_bokeh_example.html
│   ├── benchmarking.rst
│   ├── bokeh_digits_plot.py
│   ├── clustering.rst
│   ├── composing_models.rst
│   ├── conf.py
│   ├── densmap_demo.rst
│   ├── doc_requirements.txt
│   ├── document_embedding.rst
│   ├── embedding_space.rst
│   ├── exploratory_analysis.rst
│   ├── faq.rst
│   ├── how_umap_works.rst
│   ├── index.rst
│   ├── interactive_viz.rst
│   ├── inverse_transform.rst
│   ├── make.bat
│   ├── mutual_nn_umap.rst
│   ├── outliers.rst
│   ├── parameters.rst
│   ├── parametric_umap.rst
│   ├── performance.rst
│   ├── plotting.rst
│   ├── plotting_example_interactive.py
│   ├── plotting_interactive_example.html
│   ├── precomputed_k-nn.rst
│   ├── release_notes.rst
│   ├── reproducibility.rst
│   ├── scientific_papers.rst
│   ├── sparse.rst
│   ├── supervised.rst
│   ├── transform.rst
│   └── transform_landmarked_pumap.rst
├── docs_requirements.txt
├── examples/
│   ├── README.txt
│   ├── digits/
│   │   ├── digits.html
│   │   └── digits.py
│   ├── galaxy10sdss.py
│   ├── inverse_transform_example.py
│   ├── iris/
│   │   ├── iris.html
│   │   └── iris.py
│   ├── mnist_torus_sphere_example.py
│   ├── mnist_transform_new_data.py
│   ├── plot_algorithm_comparison.py
│   ├── plot_fashion-mnist_example.py
│   ├── plot_feature_extraction_classification.py
│   └── plot_mnist_example.py
├── notebooks/
│   ├── AnimatingUMAP.ipynb
│   ├── Document embedding using UMAP.ipynb
│   ├── MNIST_Landmarks.ipynb
│   ├── Parametric_UMAP/
│   │   ├── 01.0-parametric-umap-mnist-embedding-basic.ipynb
│   │   ├── 02.0-parametric-umap-mnist-embedding-convnet.ipynb
│   │   ├── 03.0-parametric-umap-mnist-embedding-convnet-with-reconstruction.ipynb
│   │   ├── 04.0-parametric-umap-mnist-embedding-convnet-with-autoencoder-loss.ipynb
│   │   ├── 05.0-parametric-umap-with-callback.ipynb
│   │   ├── 06.0-nonparametric-umap.ipynb
│   │   └── 07.0-parametric-umap-global-loss.ipynb
│   └── UMAP usage and parameters.ipynb
├── paper.bib
├── paper.md
├── pyproject.toml
├── setup.py
└── umap/
    ├── __init__.py
    ├── aligned_umap.py
    ├── distances.py
    ├── layouts.py
    ├── parametric_umap.py
    ├── plot.py
    ├── sparse.py
    ├── spectral.py
    ├── tests/
    │   ├── __init__.py
    │   ├── conftest.py
    │   ├── digits_embedding_42.npy
    │   ├── test_aligned_umap.py
    │   ├── test_chunked_parallel_spatial_metric.py
    │   ├── test_composite_models.py
    │   ├── test_data_input.py
    │   ├── test_densmap.py
    │   ├── test_parametric_umap.py
    │   ├── test_plot.py
    │   ├── test_spectral.py
    │   ├── test_umap.py
    │   ├── test_umap_get_feature_names_out.py
    │   ├── test_umap_grads.py
    │   ├── test_umap_metrics.py
    │   ├── test_umap_nn.py
    │   ├── test_umap_on_iris.py
    │   ├── test_umap_ops.py
    │   ├── test_umap_repeated_data.py
    │   ├── test_umap_trustworthiness.py
    │   └── test_umap_validation_params.py
    ├── umap_.py
    ├── utils.py
    └── validation.py