gitextract_qa42dgor/

├── .github/
│   ├── ISSUE_TEMPLATE/
│   │   ├── bug_report.md
│   │   └── feature_request.md
│   └── workflows/
│       ├── cache.yml
│       └── perl_ci.yml
├── .gitignore
├── .travis.yml.bak
├── CHANGES
├── CONTRIBUTING.md
├── LICENSE
├── MANIFEST
├── MANIFEST.SKIP
├── Makefile.PL
├── README.md
├── bin/
│   ├── mashtree
│   ├── mashtree_bootstrap.pl
│   ├── mashtree_cluster.pl
│   ├── mashtree_init.pl
│   ├── mashtree_jackknife.pl
│   ├── mashtree_wrapper_deprecated.pl
│   └── min_abundance_finder.pl
├── docs/
│   ├── ALGORITHM.md
│   ├── INSTALL.md
│   ├── TIPS.md
│   └── TROUBLESHOOTING.md
├── lib/
│   ├── Mashtree/
│   │   ├── Db.pm
│   │   └── Mash.pm
│   └── Mashtree.pm
├── misc/
│   ├── .dummy
│   └── mashtree ASM NGS.pptx
├── paper/
│   ├── paper.bib
│   └── paper.md
├── plugins/
│   ├── README.md
│   └── mashtree_optimize.pl
└── t/
    ├── 00_env.t
    ├── 01_filetypes.t
    ├── 02_lambda.t
    ├── 03_subsample.t
    ├── 04_fileoffiles.t
    ├── 06_jackknifingHashes.t
    ├── 08_bootstrap.t
    ├── 11_tsv-db.t
    ├── 51_benchmark_mashtree.t
    ├── 55_benchmark_db.t
    ├── archive/
    │   └── 10_sqlite.t
    ├── file-of-files.txt
    ├── filetypes/
    │   └── CFSAN001115.ref.fasta.bz2
    └── lambda/
        └── mashtree.dnd