gitextract_erp639ca/

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│   └── example/
│       └── example_data/
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│           ├── 3i5x.cif
│           ├── 4yaz.cif
│           ├── 5kl2.cif
│           ├── 6d1u.cif
│           ├── 6hrg.cif
│           └── 6llw.cif
├── environment.yml
├── pyproject.toml
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│   └── atomica/
│       ├── __init__.py
│       ├── data/
│       │   ├── README.md
│       │   ├── __init__.py
│       │   ├── converter/
│       │   │   ├── __init__.py
│       │   │   ├── atom_blocks_to_frag_blocks.py
│       │   │   ├── ligand_utils.py
│       │   │   ├── mol2_to_blocks.py
│       │   │   ├── pdb_lig_to_blocks.py
│       │   │   ├── pdb_to_list_blocks.py
│       │   │   └── sm_pdb_to_blocks.py
│       │   ├── dataset.py
│       │   ├── dataset_pretrain.py
│       │   ├── distributed_sampler.py
│       │   ├── get_torsion_mask.py
│       │   ├── mmap_dataset.py
│       │   ├── pdb_utils.py
│       │   ├── process_PeSTo_results.py
│       │   ├── process_QBioLiP_parallel.py
│       │   ├── process_csd.py
│       │   ├── process_pdbs.py
│       │   ├── tokenize_CSD.py
│       │   ├── tokenizer/
│       │   │   ├── __init__.py
│       │   │   ├── chem_utils.py
│       │   │   ├── mol_atom_match.py
│       │   │   ├── mol_bpe.py
│       │   │   ├── molecule.py
│       │   │   ├── singleton.py
│       │   │   └── tokenize_3d.py
│       │   └── torsion.py
│       ├── get_embeddings.py
│       ├── interaction_profiler/
│       │   ├── __init__.py
│       │   ├── detection.py
│       │   ├── interact_score.py
│       │   └── preparation.py
│       ├── models/
│       │   ├── __init__.py
│       │   ├── affinity_predictor.py
│       │   ├── atomica/
│       │   │   ├── __init__.py
│       │   │   ├── atomica.py
│       │   │   ├── encoder.py
│       │   │   └── utils.py
│       │   ├── classifier_model.py
│       │   ├── deprecated/
│       │   │   ├── DimeNet/
│       │   │   │   ├── dimenet.py
│       │   │   │   └── encoder.py
│       │   │   ├── EGNN/
│       │   │   │   ├── egnn.py
│       │   │   │   └── encoder.py
│       │   │   ├── GET/
│       │   │   │   ├── encoder.py
│       │   │   │   ├── model.py
│       │   │   │   ├── modules/
│       │   │   │   │   ├── get.py
│       │   │   │   │   ├── radial_basis.py
│       │   │   │   │   └── tools.py
│       │   │   │   └── pool_encoder.py
│       │   │   ├── SchNet/
│       │   │   │   ├── encoder.py
│       │   │   │   └── schnet.py
│       │   │   ├── TorchMD/
│       │   │   │   ├── encoder.py
│       │   │   │   ├── torchmd_et.py
│       │   │   │   └── utils.py
│       │   │   ├── __init__.py
│       │   │   ├── _binary_predictors.py
│       │   │   ├── _ddG_predictor.py
│       │   │   ├── get.py
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│       │   │   ├── graph_multi_binary_classifier.py
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│       │   ├── masking_model.py
│       │   ├── prediction_model.py
│       │   ├── pretrain_model.py
│       │   ├── prot_interface_model.py
│       │   └── tools.py
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│       ├── trainers/
│       │   ├── __init__.py
│       │   ├── abs_trainer.py
│       │   ├── affinity_trainer.py
│       │   ├── deprecated/
│       │   │   ├── EAB_trainer.py
│       │   │   ├── __init__.py
│       │   │   ├── binary_trainer.py
│       │   │   ├── ddG_trainer.py
│       │   │   ├── ec_trainer.py
│       │   │   ├── graph_classification_trainer.py
│       │   │   └── graph_pair_classification_trainer.py
│       │   ├── masking_trainer.py
│       │   ├── pretrain_trainer.py
│       │   └── prot_interface_trainer.py
│       └── utils/
│           ├── __init__.py
│           ├── logger.py
│           ├── losses.py
│           ├── nn_utils.py
│           ├── noise_transforms.py
│           ├── random_seed.py
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│           └── visualize.py
├── tests/
│   ├── README.md
│   ├── __init__.py
│   └── test_import.py
└── tutorials/
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    │   └── README.md
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    │   ├── ATOMICA_ligand_thresholds.json
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    │   └── example_run_atomica_ligand.ipynb
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    │   ├── README.md
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    │   ├── multilabel_metrics.py
    │   └── tutorial.py
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    │   └── tutorial.py
    ├── 5_ppi_and_inhibitors/
    │   ├── README.md
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    │   ├── prepare_data.py
    │   ├── surface_sampler/
    │   │   ├── __init__.py
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    │   │   └── surface_sampler.py
    │   ├── tutorial_protein_peptide_inhibitors.py
    │   └── tutorial_protein_protein_inhibitors.py
    └── 6_interact_score/
        ├── README.md
        └── example_run_interact_score.ipynb