gitextract_lqp2x_vj/

├── .Rbuildignore
├── .aspell/
│   ├── batchtools.rds
│   └── defaults.R
├── .editorconfig
├── .github/
│   ├── dependabot.yaml
│   └── workflows/
│       ├── pkgdown.yml
│       └── r-cmd-check.yml
├── .gitignore
├── .ignore
├── .lintr
├── DESCRIPTION
├── LICENSE
├── NAMESPACE
├── NEWS.md
├── R/
│   ├── Algorithm.R
│   ├── ExperimentRegistry.R
│   ├── Export.R
│   ├── Hooks.R
│   ├── Job.R
│   ├── JobCollection.R
│   ├── JobNames.R
│   ├── JobTables.R
│   ├── Joins.R
│   ├── Logs.R
│   ├── Problem.R
│   ├── RDSReader.R
│   ├── Registry.R
│   ├── Tags.R
│   ├── Worker.R
│   ├── addExperiments.R
│   ├── batchMap.R
│   ├── batchMapResults.R
│   ├── batchReduce.R
│   ├── btlapply.R
│   ├── chunkIds.R
│   ├── clearRegistry.R
│   ├── clusterFunctions.R
│   ├── clusterFunctionsDocker.R
│   ├── clusterFunctionsHyperQueue.R
│   ├── clusterFunctionsInteractive.R
│   ├── clusterFunctionsLSF.R
│   ├── clusterFunctionsMulticore.R
│   ├── clusterFunctionsOpenLava.R
│   ├── clusterFunctionsSGE.R
│   ├── clusterFunctionsSSH.R
│   ├── clusterFunctionsSlurm.R
│   ├── clusterFunctionsSocket.R
│   ├── clusterFunctionsTORQUE.R
│   ├── config.R
│   ├── doJobCollection.R
│   ├── estimateRuntimes.R
│   ├── execJob.R
│   ├── files.R
│   ├── findJobs.R
│   ├── getDefaultRegistry.R
│   ├── getErrorMessages.R
│   ├── getStatus.R
│   ├── helpers.R
│   ├── ids.R
│   ├── killJobs.R
│   ├── loadRegistry.R
│   ├── loadResult.R
│   ├── mergeRegistries.R
│   ├── reduceResults.R
│   ├── removeExperiments.R
│   ├── removeRegistry.R
│   ├── resetJobs.R
│   ├── runOSCommand.R
│   ├── saveRegistry.R
│   ├── sleep.R
│   ├── submitJobs.R
│   ├── summarizeExperiments.R
│   ├── sweepRegistry.R
│   ├── syncRegistry.R
│   ├── testJob.R
│   ├── unwrap.R
│   ├── updateRegisty.R
│   ├── waitForFiles.R
│   ├── waitForJobs.R
│   └── zzz.R
├── README.Rmd
├── README.md
├── _pkgdown.yml
├── docs/
│   ├── 404.html
│   ├── CNAME
│   ├── LICENSE-text.html
│   ├── articles/
│   │   ├── batchtools.html
│   │   ├── batchtools_files/
│   │   │   └── header-attrs-2.4/
│   │   │       └── header-attrs.js
│   │   └── index.html
│   ├── authors.html
│   ├── bootstrap-toc.css
│   ├── bootstrap-toc.js
│   ├── docsearch.css
│   ├── docsearch.js
│   ├── index.html
│   ├── news/
│   │   └── index.html
│   ├── pkgdown.css
│   ├── pkgdown.js
│   ├── pkgdown.yml
│   └── reference/
│       ├── JobCollection.html
│       ├── JobExperiment.html
│       ├── JobNames.html
│       ├── JoinTables.html
│       ├── Tags.html
│       ├── Worker.html
│       ├── addAlgorithm.html
│       ├── addExperiments.html
│       ├── addProblem.html
│       ├── assertRegistry.html
│       ├── batchExport.html
│       ├── batchMap.html
│       ├── batchMapResults.html
│       ├── batchReduce.html
│       ├── batchtools-deprecated.html
│       ├── batchtools-package.html
│       ├── btlapply.html
│       ├── cfBrewTemplate.html
│       ├── cfHandleUnknownSubmitError.html
│       ├── cfKillJob.html
│       ├── cfReadBrewTemplate.html
│       ├── chunk.html
│       ├── chunkIds.html
│       ├── clearRegistry.html
│       ├── doJobCollection.html
│       ├── estimateRuntimes.html
│       ├── execJob.html
│       ├── findConfFile.html
│       ├── findJobs.html
│       ├── findTemplateFile.html
│       ├── getDefaultRegistry.html
│       ├── getErrorMessages.html
│       ├── getJobTable.html
│       ├── getStatus.html
│       ├── grepLogs.html
│       ├── index.html
│       ├── killJobs.html
│       ├── loadRegistry.html
│       ├── loadResult.html
│       ├── makeClusterFunctions.html
│       ├── makeClusterFunctionsDocker.html
│       ├── makeClusterFunctionsInteractive.html
│       ├── makeClusterFunctionsLSF.html
│       ├── makeClusterFunctionsMulticore.html
│       ├── makeClusterFunctionsOpenLava.html
│       ├── makeClusterFunctionsSGE.html
│       ├── makeClusterFunctionsSSH.html
│       ├── makeClusterFunctionsSlurm.html
│       ├── makeClusterFunctionsSocket.html
│       ├── makeClusterFunctionsTORQUE.html
│       ├── makeExperimentRegistry.html
│       ├── makeRegistry.html
│       ├── makeSubmitJobResult.html
│       ├── reduceResults.html
│       ├── reduceResultsList.html
│       ├── removeExperiments.html
│       ├── removeRegistry.html
│       ├── resetJobs.html
│       ├── runHook.html
│       ├── runOSCommand.html
│       ├── saveRegistry.html
│       ├── showLog.html
│       ├── submitJobs.html
│       ├── summarizeExperiments.html
│       ├── sweepRegistry.html
│       ├── syncRegistry.html
│       ├── testJob.html
│       ├── unwrap.html
│       └── waitForJobs.html
├── inst/
│   ├── CITATION
│   ├── bin/
│   │   └── linux-helper
│   └── templates/
│       ├── lsf-simple.tmpl
│       ├── openlava-simple.tmpl
│       ├── sge-simple.tmpl
│       ├── slurm-dortmund.tmpl
│       ├── slurm-lido3.tmpl
│       ├── slurm-simple.tmpl
│       ├── testJob.tmpl
│       └── torque-lido.tmpl
├── man/
│   ├── JobCollection.Rd
│   ├── JobExperiment.Rd
│   ├── JobNames.Rd
│   ├── JoinTables.Rd
│   ├── Tags.Rd
│   ├── Worker.Rd
│   ├── addAlgorithm.Rd
│   ├── addExperiments.Rd
│   ├── addProblem.Rd
│   ├── assertRegistry.Rd
│   ├── batchExport.Rd
│   ├── batchMap.Rd
│   ├── batchMapResults.Rd
│   ├── batchReduce.Rd
│   ├── batchtools-package.Rd
│   ├── btlapply.Rd
│   ├── cfBrewTemplate.Rd
│   ├── cfHandleUnknownSubmitError.Rd
│   ├── cfKillJob.Rd
│   ├── cfReadBrewTemplate.Rd
│   ├── chunk.Rd
│   ├── clearRegistry.Rd
│   ├── doJobCollection.Rd
│   ├── estimateRuntimes.Rd
│   ├── execJob.Rd
│   ├── findConfFile.Rd
│   ├── findJobs.Rd
│   ├── findTemplateFile.Rd
│   ├── getDefaultRegistry.Rd
│   ├── getErrorMessages.Rd
│   ├── getJobTable.Rd
│   ├── getStatus.Rd
│   ├── grepLogs.Rd
│   ├── killJobs.Rd
│   ├── loadRegistry.Rd
│   ├── loadResult.Rd
│   ├── makeClusterFunctions.Rd
│   ├── makeClusterFunctionsDocker.Rd
│   ├── makeClusterFunctionsHyperQueue.Rd
│   ├── makeClusterFunctionsInteractive.Rd
│   ├── makeClusterFunctionsLSF.Rd
│   ├── makeClusterFunctionsMulticore.Rd
│   ├── makeClusterFunctionsOpenLava.Rd
│   ├── makeClusterFunctionsSGE.Rd
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│   ├── makeClusterFunctionsSocket.Rd
│   ├── makeClusterFunctionsTORQUE.Rd
│   ├── makeExperimentRegistry.Rd
│   ├── makeRegistry.Rd
│   ├── makeSubmitJobResult.Rd
│   ├── reduceResults.Rd
│   ├── reduceResultsList.Rd
│   ├── removeExperiments.Rd
│   ├── removeRegistry.Rd
│   ├── resetJobs.Rd
│   ├── runHook.Rd
│   ├── runOSCommand.Rd
│   ├── saveRegistry.Rd
│   ├── showLog.Rd
│   ├── submitJobs.Rd
│   ├── summarizeExperiments.Rd
│   ├── sweepRegistry.Rd
│   ├── syncRegistry.Rd
│   ├── testJob.Rd
│   ├── unwrap.Rd
│   └── waitForJobs.Rd
├── man-roxygen/
│   ├── expreg.R
│   ├── id.R
│   ├── ids.R
│   ├── missing.val.R
│   ├── more.args.R
│   ├── ncpus.R
│   ├── nodename.R
│   ├── reg.R
│   └── template.R
├── paper/
│   ├── codemeta.json
│   ├── paper.bib
│   └── paper.md
├── src/
│   ├── Makevars
│   ├── binpack.c
│   ├── count_not_missing.c
│   ├── fill_gaps.c
│   ├── init.c
│   └── lpt.c
├── tests/
│   ├── testthat/
│   │   ├── helper.R
│   │   ├── test_Algorithm.R
│   │   ├── test_ClusterFunctionHyperQueue.R
│   │   ├── test_ClusterFunctions.R
│   │   ├── test_ClusterFunctionsMulticore.R
│   │   ├── test_ClusterFunctionsSSH.R
│   │   ├── test_ClusterFunctionsSocket.R
│   │   ├── test_ExperimentRegistry.R
│   │   ├── test_Job.R
│   │   ├── test_JobCollection.R
│   │   ├── test_JobNames.R
│   │   ├── test_Problem.R
│   │   ├── test_Registry.R
│   │   ├── test_addExperiments.R
│   │   ├── test_batchMap.R
│   │   ├── test_batchReduce.R
│   │   ├── test_btlapply.R
│   │   ├── test_chunk.R
│   │   ├── test_convertIds.R
│   │   ├── test_count.R
│   │   ├── test_doJobCollection.R
│   │   ├── test_estimateRuntimes.R
│   │   ├── test_export.R
│   │   ├── test_findConfFile.R
│   │   ├── test_findJobs.R
│   │   ├── test_foreach.R
│   │   ├── test_future.R
│   │   ├── test_getErrorMessages.R
│   │   ├── test_getJobTable.R
│   │   ├── test_getStatus.R
│   │   ├── test_grepLogs.R
│   │   ├── test_hooks.R
│   │   ├── test_joins.R
│   │   ├── test_killJobs.R
│   │   ├── test_manual.R
│   │   ├── test_memory.R
│   │   ├── test_mergeRegistries.R
│   │   ├── test_parallelMap.R
│   │   ├── test_reduceResults.R
│   │   ├── test_removeExperiments.R
│   │   ├── test_removeRegistry.R
│   │   ├── test_resetJobs.R
│   │   ├── test_runOSCommand.R
│   │   ├── test_seed.R
│   │   ├── test_showLog.R
│   │   ├── test_sleep.R
│   │   ├── test_submitJobs.R
│   │   ├── test_summarizeExperiments.R
│   │   ├── test_sweepRegistry.R
│   │   ├── test_tags.R
│   │   ├── test_testJob.R
│   │   ├── test_unwrap.R
│   │   └── test_waitForJobs.R
│   └── testthat.R
└── vignettes/
    ├── batchtools.Rmd
    ├── function_overview.tex
    └── tikz_prob_algo_simple.tex