gitextract_n9lck0re/ ├── .clang-format ├── .codespellrc ├── .flake8 ├── .gitattributes ├── .github/ │ └── ISSUE_TEMPLATE/ │ └── bug_report.md ├── .gitignore ├── .gitlab-ci.yml ├── .gitmodules ├── .pre-commit-config.yaml ├── .readthedocs.yaml ├── CHANGELOG.md ├── CMakeLists.txt ├── CMakePresets.json ├── DEV.md ├── LICENSE.md ├── README.md ├── benchmarks/ │ ├── .gitignore │ ├── README.md │ ├── build.sh │ ├── convert/ │ │ ├── run_blow5.sh │ │ └── run_pod5.sh │ ├── find_all_read_ids/ │ │ ├── run_blow5.sh │ │ ├── run_fast5.sh │ │ └── run_pod5.sh │ ├── find_all_samples/ │ │ ├── run_blow5.sh │ │ ├── run_fast5.sh │ │ └── run_pod5.sh │ ├── find_selected_read_ids_read_number/ │ │ ├── run_blow5.sh │ │ ├── run_fast5.sh │ │ └── run_pod5.sh │ ├── find_selected_read_ids_sample_count/ │ │ ├── run_blow5.sh │ │ ├── run_fast5.sh │ │ └── run_pod5.sh │ ├── find_selected_read_ids_samples/ │ │ ├── run_blow5.sh │ │ ├── run_fast5.sh │ │ └── run_pod5.sh │ ├── image/ │ │ ├── Dockerfile.base │ │ ├── install_slow5.sh │ │ └── requirements-benchmarks.txt │ ├── run_benchmarks.py │ ├── run_benchmarks_in_docker.sh │ └── tools/ │ ├── check_csvs_consistent.py │ ├── fast5_to_single_blow5.sh │ ├── find_and_get_fast5.py │ ├── find_and_get_pod5.py │ ├── pyslow5_tests.py │ ├── run_benchmarks_docker_entry.sh │ └── select-random-ids.py ├── c++/ │ ├── CMakeLists.txt │ ├── examples/ │ │ ├── CMakeLists.txt │ │ ├── README.md │ │ ├── find_all_read_data.cpp │ │ ├── find_all_read_ids.cpp │ │ ├── find_specific_read_ids.cpp │ │ └── find_specific_read_ids_with_signal.cpp │ ├── pod5_format/ │ │ ├── async_signal_loader.cpp │ │ ├── async_signal_loader.h │ │ ├── c_api.cpp │ │ ├── c_api.h │ │ ├── dictionary_writer.h │ │ ├── expandable_buffer.h │ │ ├── file_output_stream.h │ │ ├── file_reader.cpp │ │ ├── file_reader.h │ │ ├── file_recovery.h │ │ ├── file_updater.cpp │ │ ├── file_updater.h │ │ ├── file_writer.cpp │ │ ├── file_writer.h │ │ ├── flatbuffers/ │ │ │ └── footer.fbs │ │ ├── internal/ │ │ │ ├── async_output_stream.h │ │ │ ├── combined_file_utils.h │ │ │ ├── linux_output_stream.h │ │ │ └── tracing/ │ │ │ └── tracing.h │ │ ├── io_manager.cpp │ │ ├── io_manager.h │ │ ├── memory_pool.cpp │ │ ├── memory_pool.h │ │ ├── migration/ │ │ │ ├── migration.cpp │ │ │ ├── migration.h │ │ │ ├── migration_utils.h │ │ │ ├── v0_to_v1.cpp │ │ │ ├── v1_to_v2.cpp │ │ │ ├── v2_to_v3.cpp │ │ │ └── v3_to_v4.cpp │ │ ├── read_table_reader.cpp │ │ ├── read_table_reader.h │ │ ├── read_table_schema.cpp │ │ ├── read_table_schema.h │ │ ├── read_table_utils.cpp │ │ ├── read_table_utils.h │ │ ├── read_table_writer.cpp │ │ ├── read_table_writer.h │ │ ├── read_table_writer_utils.cpp │ │ ├── read_table_writer_utils.h │ │ ├── result.h │ │ ├── run_info_table_reader.cpp │ │ ├── run_info_table_reader.h │ │ ├── run_info_table_schema.cpp │ │ ├── run_info_table_schema.h │ │ ├── run_info_table_writer.cpp │ │ ├── run_info_table_writer.h │ │ ├── schema_field_builder.h │ │ ├── schema_metadata.cpp │ │ ├── schema_metadata.h │ │ ├── schema_utils.cpp │ │ ├── schema_utils.h │ │ ├── signal_builder.h │ │ ├── signal_compression.cpp │ │ ├── signal_compression.h │ │ ├── signal_table_reader.cpp │ │ ├── signal_table_reader.h │ │ ├── signal_table_schema.cpp │ │ ├── signal_table_schema.h │ │ ├── signal_table_utils.h │ │ ├── signal_table_writer.cpp │ │ ├── signal_table_writer.h │ │ ├── svb16/ │ │ │ ├── common.hpp │ │ │ ├── decode.hpp │ │ │ ├── decode_scalar.hpp │ │ │ ├── decode_x64.hpp │ │ │ ├── encode.hpp │ │ │ ├── encode_scalar.hpp │ │ │ ├── encode_x64.hpp │ │ │ ├── generate_shuffle_tables.py │ │ │ ├── intrinsics.hpp │ │ │ ├── shuffle_tables.hpp │ │ │ ├── simd_detect_x64.hpp │ │ │ ├── streamvbytedelta_decode_16.c │ │ │ ├── streamvbytedelta_encode_16.c │ │ │ ├── streamvbytedelta_x64_decode_16.c │ │ │ ├── streamvbytedelta_x64_encode_16.c │ │ │ ├── svb16.c │ │ │ └── svb16.h │ │ ├── table_reader.cpp │ │ ├── table_reader.h │ │ ├── thread_pool.cpp │ │ ├── thread_pool.h │ │ ├── tuple_utils.h │ │ ├── types.cpp │ │ ├── types.h │ │ ├── uuid.h │ │ └── version.h.in │ ├── pod5_format_pybind/ │ │ ├── CMakeLists.txt │ │ ├── _version.py.in │ │ ├── api.h │ │ ├── bindings.cpp │ │ ├── build_wheel.cmake │ │ ├── repack/ │ │ │ ├── repack_functions.h │ │ │ ├── repack_output.cpp │ │ │ ├── repack_output.h │ │ │ ├── repack_states.h │ │ │ ├── repack_utils.h │ │ │ ├── repacker.cpp │ │ │ └── repacker.h │ │ ├── subset.cpp │ │ ├── subset.h │ │ └── utils.h │ └── test/ │ ├── CMakeLists.txt │ ├── TemporaryDirectory.h │ ├── c_api_build_test.c │ ├── c_api_null_input.cpp │ ├── c_api_test_utils.h │ ├── c_api_tests.cpp │ ├── file_reader_writer_tests.cpp │ ├── main.cpp │ ├── output_stream_tests.cpp │ ├── read_table_tests.cpp │ ├── read_table_writer_utils_tests.cpp │ ├── run_info_table_tests.cpp │ ├── schema_tests.cpp │ ├── signal_compression_tests.cpp │ ├── signal_table_tests.cpp │ ├── svb16_scalar_tests.cpp │ ├── svb16_x64_tests.cpp │ ├── test_utils.h │ ├── thread_pool_tests.cpp │ ├── utils.h │ └── uuid_tests.cpp ├── ci/ │ ├── docker/ │ │ ├── Dockerfile.conda │ │ ├── Dockerfile.py39.arm64 │ │ └── Dockerfile.py39.x64 │ ├── generate_coverage_report.sh │ ├── get_tag_version.cmake │ ├── gitlab-ci-common.yml │ ├── install.sh │ ├── package.sh │ └── unpack_libs_for_python.sh ├── cmake/ │ ├── BuildFlatBuffers.cmake │ ├── Findzstd.cmake │ ├── conan_provider.cmake │ ├── pod5_fuzz.cmake │ ├── pod5_packaging.cmake │ └── presets/ │ ├── conan-build-options.json │ ├── conan-profiles.json │ └── conan-provider.json ├── conanfile.py ├── docs/ │ ├── DESIGN.md │ ├── README.md │ ├── SPECIFICATION.md │ └── tables/ │ ├── reads.toml │ ├── run_info.toml │ └── signal.toml ├── fuzz/ │ ├── .gitattributes │ ├── CMakeLists.txt │ ├── fuzz_compress.cpp │ ├── fuzz_file.cpp │ └── runner.cpp ├── pod5_make_version.py ├── pyproject.toml ├── pytest.ini ├── python/ │ ├── .gitignore │ ├── lib_pod5/ │ │ ├── Makefile │ │ ├── README.md │ │ ├── pyproject.toml │ │ ├── setup.py │ │ └── src/ │ │ ├── lib_pod5/ │ │ │ ├── __init__.py │ │ │ ├── pod5_format_pybind.pyi │ │ │ └── py.typed │ │ └── test/ │ │ └── test_lib_pod5.py │ └── pod5/ │ ├── Makefile │ ├── README.md │ ├── examples/ │ │ ├── find_all_reads.py │ │ └── find_specific_reads.py │ ├── pyproject.toml │ ├── setup.py │ ├── src/ │ │ ├── pod5/ │ │ │ ├── __init__.py │ │ │ ├── api_utils.py │ │ │ ├── dataset.py │ │ │ ├── pod5_types.py │ │ │ ├── reader.py │ │ │ ├── repack.py │ │ │ ├── signal_tools.py │ │ │ ├── tools/ │ │ │ │ ├── __init__.py │ │ │ │ ├── main.py │ │ │ │ ├── parsers.py │ │ │ │ ├── pod5_convert_from_fast5.py │ │ │ │ ├── pod5_convert_to_fast5.py │ │ │ │ ├── pod5_filter.py │ │ │ │ ├── pod5_inspect.py │ │ │ │ ├── pod5_merge.py │ │ │ │ ├── pod5_recover.py │ │ │ │ ├── pod5_repack.py │ │ │ │ ├── pod5_subset.py │ │ │ │ ├── pod5_update.py │ │ │ │ ├── pod5_view.py │ │ │ │ ├── polars_utils.py │ │ │ │ └── utils.py │ │ │ └── writer.py │ │ └── tests/ │ │ ├── __init__.py │ │ ├── conftest.py │ │ ├── test_api.py │ │ ├── test_convert_from_fast5.py │ │ ├── test_convert_to_fast5.py │ │ ├── test_dataset.py │ │ ├── test_filter.py │ │ ├── test_inspect.py │ │ ├── test_merge.py │ │ ├── test_reader.py │ │ ├── test_recover.py │ │ ├── test_repack.py │ │ ├── test_signal_tools.py │ │ ├── test_subset.py │ │ ├── test_tools.py │ │ ├── test_update.py │ │ ├── test_view.py │ │ └── test_writer.py │ └── test_utils/ │ └── check_pod5_files_equal.py ├── test_data/ │ ├── multi_fast5_zip.fast5 │ ├── multi_fast5_zip_v0.pod5 │ ├── multi_fast5_zip_v1.pod5 │ ├── multi_fast5_zip_v2.pod5 │ ├── multi_fast5_zip_v3.pod5 │ ├── multi_fast5_zip_v4.pod5 │ ├── single_read_fast5/ │ │ └── fe85b517-62ee-4a33-8767-41cab5d5ab39.fast5.single-read │ ├── split_1_v4.pod5 │ ├── split_2_v4.pod5 │ └── subset_mapping_examples/ │ ├── read_ids.txt │ ├── subset.csv │ └── subset.summary ├── test_package/ │ ├── CMakeLists.txt │ ├── conanfile.py │ ├── test_cpp_api.cpp │ └── test_package.cpp └── third_party/ ├── build_instructions.txt ├── gsl-disable-gsl-suppress.patch ├── include/ │ ├── .editorconfig │ ├── catch2/ │ │ └── catch.hpp │ ├── gsl/ │ │ ├── gsl │ │ ├── gsl-lite-vc6.hpp │ │ ├── gsl-lite.h │ │ └── gsl-lite.hpp │ └── gsl.h ├── jsoncons-0.166-icc-fix.patch ├── licenses/ │ ├── catch2.txt │ └── gsl-lite.txt └── software_versions.yaml