gitextract_5xef4m7i/

├── .gitignore
├── LICENSE.txt
├── README.md
├── blue/
│   ├── __init__.py
│   ├── bert/
│   │   ├── __init__.py
│   │   ├── create_cdr_bert.py
│   │   ├── create_chemprot_bert.py
│   │   ├── create_clefe_bert.py
│   │   ├── create_ddi_bert.py
│   │   ├── create_i2b2_bert.py
│   │   └── create_mednli_bert.py
│   ├── create_bert.sh
│   ├── create_gs.sh
│   ├── eval_hoc.py
│   ├── eval_mednli.py
│   ├── eval_ner.py
│   ├── eval_rel.py
│   ├── eval_sts.py
│   ├── ext/
│   │   ├── __init__.py
│   │   ├── data_structure.py
│   │   ├── pmetrics.py
│   │   ├── preprocessing.py
│   │   ├── pstring.py
│   │   └── pubtator.py
│   └── gs/
│       ├── __init__.py
│       ├── create_cdr_test_gs.py
│       ├── create_chemprot_test_gs.py
│       ├── create_clefe_test_gs.py
│       ├── create_ddi_test_gs.py
│       ├── create_hoc.py
│       ├── create_i2b2_test_gs.py
│       └── create_mednli_test_gs.py
├── blue_plus/
│   ├── README.md
│   ├── __init__.py
│   ├── dataset.py
│   └── example_dataset/
│       ├── __init__.py
│       ├── biosses.yml
│       ├── biosses_dataset.py
│       └── requirements.txt
└── requirements.txt