gitextract_tbgkhg71/ ├── .devcontainer/ │ └── devcontainer.json ├── .editorconfig ├── .gitattributes ├── .github/ │ ├── .dockstore.yml │ ├── CONTRIBUTING.md │ ├── ISSUE_TEMPLATE/ │ │ ├── bug_report.yml │ │ ├── config.yml │ │ └── feature_request.yml │ ├── PULL_REQUEST_TEMPLATE.md │ └── workflows/ │ ├── awsfulltest.yml │ ├── awstest.yml │ ├── branch.yml │ ├── ci.yml │ ├── clean-up.yml │ ├── fix-linting.yml │ ├── linting.yml │ └── linting_comment.yml ├── .gitignore ├── .gitpod.yml ├── .nf-core.yml ├── .pre-commit-config.yaml ├── .prettierignore ├── .prettierrc.yml ├── CHANGELOG.md ├── CITATIONS.md ├── CODE_OF_CONDUCT.md ├── LICENSE ├── README.md ├── assets/ │ ├── adaptivecard.json │ ├── bamtools_filter_pe.json │ ├── bamtools_filter_se.json │ ├── blacklists/ │ │ ├── old/ │ │ │ ├── GRCm38-blacklist.bed │ │ │ ├── hg38-blacklist.bed │ │ │ └── mm10-blacklist.bed │ │ ├── v1.0/ │ │ │ ├── GRCh37-blacklist.v1.bed │ │ │ └── hg19-blacklist.v1.bed │ │ ├── v2.0/ │ │ │ ├── GRCm38-blacklist.v2.bed │ │ │ 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