gitextract_rzjf5t_w/

├── .gitattributes
├── .github/
│   ├── .dockstore.yml
│   ├── CONTRIBUTING.md
│   ├── ISSUE_TEMPLATE/
│   │   ├── bug_report.md
│   │   ├── config.yml
│   │   └── feature_request.md
│   ├── PULL_REQUEST_TEMPLATE/
│   │   └── pull_request_template.md
│   ├── PULL_REQUEST_TEMPLATE.md
│   ├── markdownlint.yml
│   ├── workflows/
│   │   ├── awsfulltest.yml
│   │   ├── awstest.yml
│   │   ├── branch.yml
│   │   ├── ci.yml
│   │   ├── linting.yml
│   │   ├── linting_comment.yml
│   │   ├── push_dockerhub_dev.yml
│   │   └── push_dockerhub_release.yml
│   └── yamllint.yml
├── .gitignore
├── .gitpod.yml
├── .nf-core-lint.yml
├── CHANGELOG.md
├── CODE_OF_CONDUCT.md
├── Dockerfile
├── LICENSE
├── README.md
├── assets/
│   ├── angsd_resources/
│   │   ├── README
│   │   └── getALL.txt
│   ├── email_template.html
│   ├── email_template.txt
│   ├── multiqc_config.yaml
│   ├── nf-core_eager_dummy.txt
│   ├── nf-core_eager_dummy2.txt
│   ├── sendmail_template.txt
│   └── where_are_my_files.txt
├── bin/
│   ├── endorS.py
│   ├── extract_map_reads.py
│   ├── filter_bam_fragment_length.py
│   ├── kraken_parse.py
│   ├── markdown_to_html.py
│   ├── merge_kraken_res.py
│   ├── parse_snp_cov.py
│   ├── print_x_contamination.py
│   └── scrape_software_versions.py
├── conf/
│   ├── base.config
│   ├── benchmarking_human.config
│   ├── benchmarking_vikingfish.config
│   ├── igenomes.config
│   ├── test.config
│   ├── test_direct.config
│   ├── test_full.config
│   ├── test_resources.config
│   ├── test_stresstest_human.config
│   ├── test_tsv_bam.config
│   ├── test_tsv_complex.config
│   ├── test_tsv_fna.config
│   ├── test_tsv_humanbam.config
│   ├── test_tsv_kraken.config
│   └── test_tsv_pretrim.config
├── docs/
│   ├── README.md
│   ├── images/
│   │   ├── README.md
│   │   └── usage/
│   │       └── nfcore-eager_tsv_template.tsv
│   ├── output.md
│   └── usage.md
├── environment.yml
├── lib/
│   ├── Checks.groovy
│   ├── Completion.groovy
│   ├── Headers.groovy
│   ├── NfcoreSchema.groovy
│   └── nfcore_external_java_deps.jar
├── main.nf
├── nextflow.config
└── nextflow_schema.json