gitextract_jfsbcv57/

├── .circleci/
│   ├── circle_T1w.txt
│   ├── circle_bold.txt
│   └── config.yml
├── .codecov.yml
├── .dockerignore
├── .git_archival.txt
├── .gitattributes
├── .github/
│   ├── config.yml
│   ├── dependabot.yml
│   └── workflows/
│       └── pythonpackage.yml
├── .gitignore
├── .mailmap
├── .maint/
│   ├── CONTRIBUTORS.md
│   ├── FORMER.md
│   ├── MAINTAINERS.md
│   ├── PIs.md
│   ├── ROADMAP.md
│   ├── requirements.txt
│   ├── update_authors.py
│   └── update_changes.sh
├── .readthedocs.yaml
├── .zenodo.json
├── AGENTS.md
├── CHANGES.rst
├── Dockerfile
├── Dockerfile_devel
├── LICENSE
├── MANIFEST.in
├── Makefile
├── README.rst
├── docker/
│   └── files/
│       └── neurodebian.gpg
├── docs/
│   ├── Makefile
│   ├── notebooks/
│   │   ├── .gitignore
│   │   ├── MRIQC Web API.ipynb
│   │   ├── Paper-v1.0.ipynb
│   │   ├── Paper-v2.0.ipynb
│   │   ├── SpikesPlotter.ipynb
│   │   ├── Supplemental Materials.ipynb
│   │   └── finding_spikes.ipynb
│   └── source/
│       ├── _static/
│       │   ├── bold-1subject-1task.html
│       │   ├── bold-1subject-8tasks.html
│       │   ├── example_anatreport.html
│       │   └── example_funcreport.html
│       ├── about.rst
│       ├── changes.rst
│       ├── conf.py
│       ├── dsa.rst
│       ├── index.rst
│       ├── install.rst
│       ├── iqms/
│       │   ├── bold.rst
│       │   ├── dwi.rst
│       │   └── t1w.rst
│       ├── license.rst
│       ├── measures.rst
│       ├── reports/
│       │   ├── bold.rst
│       │   ├── group.rst
│       │   └── smri.rst
│       ├── reports.rst
│       ├── resources/
│       │   ├── mriqc.sbatch
│       │   └── sbatch.sh
│       ├── usage.rst
│       └── workflows.rst
├── long_description.rst
├── mriqc/
│   ├── __init__.py
│   ├── __main__.py
│   ├── _warnings.py
│   ├── bin/
│   │   ├── __init__.py
│   │   ├── abide2bids.py
│   │   ├── dfcheck.py
│   │   ├── fs2gif.py
│   │   ├── labeler.py
│   │   ├── messages.py
│   │   ├── mriqcwebapi_test.py
│   │   ├── nib_hash.py
│   │   └── subject_wrangler.py
│   ├── cli/
│   │   ├── __init__.py
│   │   ├── parser.py
│   │   ├── run.py
│   │   ├── version.py
│   │   └── workflow.py
│   ├── config.py
│   ├── conftest.py
│   ├── data/
│   │   ├── NOTICE
│   │   ├── __init__.py
│   │   ├── bootstrap-anat.yml
│   │   ├── bootstrap-dwi.yml
│   │   ├── bootstrap-func.yml
│   │   ├── config-example.toml
│   │   ├── config.py
│   │   ├── fsexport.tcl
│   │   ├── itk_identity.tfm
│   │   ├── reports/
│   │   │   ├── embed_resources/
│   │   │   │   ├── boxplots.css
│   │   │   │   └── boxplots.js
│   │   │   ├── group.html
│   │   │   └── resources/
│   │   │       ├── DO_NOT_REMOVE_OR_MODIFY
│   │   │       ├── boxplots.css
│   │   │       └── boxplots.js
│   │   ├── testdata/
│   │   │   ├── group_T1w.tsv
│   │   │   └── group_bold.tsv
│   │   └── tests/
│   │       ├── ds000005/
│   │       │   ├── CHANGES
│   │       │   ├── README
│   │       │   ├── dataset_description.json
│   │       │   ├── participants.tsv
│   │       │   ├── sub-01/
│   │       │   │   └── func/
│   │       │   │       ├── sub-01_task-mixedgamblestask_run-01_bold.json
│   │       │   │       ├── sub-01_task-mixedgamblestask_run-01_events.tsv
│   │       │   │       ├── sub-01_task-mixedgamblestask_run-02_events.tsv
│   │       │   │       └── sub-01_task-mixedgamblestask_run-03_events.tsv
│   │       │   └── task-mixedgamblestask_bold.json
│   │       ├── ds002785/
│   │       │   ├── dataset_description.json
│   │       │   ├── sub-0017/
│   │       │   │   └── anat/
│   │       │   │       └── sub-0017_T1w.json
│   │       │   └── sub-0042/
│   │       │       └── anat/
│   │       │           └── sub-0042_T1w.json
│   │       ├── gh1086-ds004134.oracle
│   │       ├── gh921-dmd-20220428-0.oracle
│   │       └── gh921-dmd-20230319-0.oracle
│   ├── engine/
│   │   ├── __init__.py
│   │   └── plugin.py
│   ├── instrumentation/
│   │   ├── __init__.py
│   │   ├── __main__.py
│   │   ├── resources.py
│   │   └── viz.py
│   ├── interfaces/
│   │   ├── __init__.py
│   │   ├── anatomical.py
│   │   ├── bids.py
│   │   ├── common/
│   │   │   ├── __init__.py
│   │   │   ├── conform_image.py
│   │   │   └── ensure_size.py
│   │   ├── diffusion.py
│   │   ├── functional.py
│   │   ├── reports.py
│   │   ├── synthstrip.py
│   │   ├── tests/
│   │   │   └── test_interfaces.py
│   │   ├── transitional.py
│   │   └── webapi.py
│   ├── messages.py
│   ├── qc/
│   │   ├── __init__.py
│   │   ├── anatomical.py
│   │   ├── diffusion.py
│   │   ├── functional.py
│   │   └── tests/
│   │       ├── __init__.py
│   │       ├── test_anatomical.py
│   │       └── test_diffusion.py
│   ├── reports/
│   │   ├── __init__.py
│   │   ├── group.py
│   │   └── individual.py
│   ├── synthstrip/
│   │   ├── ORIGINAL_LICENSE
│   │   ├── __init__.py
│   │   ├── __main__.py
│   │   ├── cli.py
│   │   └── model.py
│   ├── testing.py
│   ├── tests/
│   │   ├── test_config.py
│   │   ├── test_main.py
│   │   ├── test_parser.py
│   │   └── test_reports.py
│   ├── utils/
│   │   ├── __init__.py
│   │   ├── bids.py
│   │   ├── debug.py
│   │   ├── misc.py
│   │   └── telemetry.py
│   └── workflows/
│       ├── __init__.py
│       ├── anatomical/
│       │   ├── __init__.py
│       │   ├── base.py
│       │   └── output.py
│       ├── core.py
│       ├── diffusion/
│       │   ├── __init__.py
│       │   ├── base.py
│       │   └── output.py
│       ├── functional/
│       │   ├── __init__.py
│       │   ├── base.py
│       │   └── output.py
│       ├── shared.py
│       └── utils.py
└── pyproject.toml