gitextract_be3gthnp/

├── .dockerignore
├── .github/
│   └── workflows/
│       ├── build.yml
│       ├── ci.yml
│       ├── release.yml
│       └── release_testpypi.yml
├── .gitignore
├── AGENTS.md
├── CONTRIBUTING.md
├── Dockerfile
├── LICENSE
├── NOTES.md
├── README.md
├── TODO.md
├── code-of-conduct.md
├── compatibility_check/
│   └── figures/
│       └── summary.csv
├── develop.sh
├── docs/
│   ├── Makefile
│   ├── README.md
│   ├── api.rst
│   ├── commandline_tools.rst
│   ├── commandline_tutorial.rst
│   ├── conf.py
│   ├── doctest.sh
│   ├── example.fasta
│   ├── index.rst
│   ├── intro.rst
│   ├── python_tutorial.rst
│   └── requirements.txt
├── downloads-generation/
│   ├── README.md
│   ├── allele_sequences/
│   │   ├── GENERATE.sh
│   │   ├── class1_pseudosequences.csv
│   │   ├── filter_sequences.py
│   │   ├── make_allele_sequences.py
│   │   └── select_alleles_to_disambiguate.py
│   ├── analysis_predictor_info/
│   │   ├── GENERATE.sh
│   │   ├── cluster_submit_script_header.mssm_hpc.lsf
│   │   ├── generate_artifacts.py
│   │   ├── generate_model_selection_with_decoys.py
│   │   ├── predict_on_model_selection_data.py
│   │   └── requirements.txt
│   ├── data_curated/
│   │   ├── GENERATE.sh
│   │   ├── README.md
│   │   ├── curate.py
│   │   ├── curate_ms_by_pmid.py
│   │   └── requirements.txt
│   ├── data_evaluation/
│   │   ├── GENERATE.sh
│   │   ├── cluster_submit_script_header.mssm_hpc.lsf
│   │   ├── join_with_precomputed.py
│   │   ├── make_benchmark.py
│   │   └── split_by_sample.py
│   ├── data_iedb/
│   │   ├── GENERATE.sh
│   │   └── README.md
│   ├── data_mass_spec_annotated/
│   │   ├── GENERATE.sh
│   │   ├── annotate.py
│   │   └── requirements.txt
│   ├── data_predictions/
│   │   ├── GENERATE.WITH_HPC_CLUSTER.sh
│   │   ├── GENERATE.sh
│   │   ├── cluster_submit_script_header.mssm_hpc.gpu.lsf
│   │   ├── cluster_submit_script_header.mssm_hpc.nogpu.lsf
│   │   ├── requirements.txt
│   │   ├── run_predictors.py
│   │   ├── write_allele_list.py
│   │   └── write_proteome_peptides.py
│   ├── data_published/
│   │   ├── GENERATE.sh
│   │   └── README.md
│   ├── data_references/
│   │   ├── GENERATE.sh
│   │   ├── README.md
│   │   ├── process.py
│   │   └── requirements.txt
│   ├── data_systemhcatlas/
│   │   ├── GENERATE.sh
│   │   └── README.md
│   ├── models_class1/
│   │   ├── GENERATE.sh
│   │   ├── README.md
│   │   └── write_validation_data.py
│   ├── models_class1_kim_benchmark/
│   │   ├── GENERATE.sh
│   │   ├── README.md
│   │   ├── class1_pseudosequences.csv
│   │   ├── curate.py
│   │   ├── generate_hyperparameters.py
│   │   └── write_validation_data.py
│   ├── models_class1_minimal/
│   │   ├── GENERATE.sh
│   │   └── README.md
│   ├── models_class1_pan/
│   │   ├── GENERATE.WITH_HPC_CLUSTER.sh
│   │   ├── GENERATE.sh
│   │   ├── README.md
│   │   ├── additional_alleles.txt
│   │   ├── cluster_submit_script_header.mssm_hpc.lsf
│   │   ├── generate_hyperparameters.py
│   │   └── reassign_mass_spec_training_data.py
│   ├── models_class1_pan_variants/
│   │   ├── GENERATE.WITH_HPC_CLUSTER.sh
│   │   ├── GENERATE.sh
│   │   ├── cluster_submit_script_header.mssm_hpc.gpu.lsf
│   │   ├── exclude_data_from_training.py
│   │   └── generate_hyperparameters.py
│   ├── models_class1_presentation/
│   │   ├── GENERATE.sh
│   │   ├── cluster_submit_script_header.mssm_hpc.lsf
│   │   └── make_train_data.py
│   ├── models_class1_processing/
│   │   ├── GENERATE.WITH_HPC_CLUSTER.sh
│   │   ├── GENERATE.sh
│   │   ├── annotate_hits_with_expression.py
│   │   ├── cluster_submit_script_header.mssm_hpc.lsf
│   │   ├── generate_hyperparameters.base.py
│   │   ├── generate_hyperparameters.variants.py
│   │   └── make_train_data.py
│   ├── models_class1_selected_no_mass_spec/
│   │   └── GENERATE.sh
│   ├── models_class1_trained_with_mass_spec/
│   │   └── GENERATE.sh
│   ├── models_class1_unselected/
│   │   ├── GENERATE.sh
│   │   ├── README.md
│   │   ├── class1_pseudosequences.csv
│   │   └── generate_hyperparameters.py
│   ├── models_class1_unselected_with_mass_spec/
│   │   ├── GENERATE.sh
│   │   ├── README.md
│   │   ├── class1_pseudosequences.csv
│   │   └── generate_hyperparameters.py
│   └── random_peptide_predictions/
│       ├── GENERATE.sh
│       └── random_predictions.py
├── lint.sh
├── mhcflurry/
│   ├── __init__.py
│   ├── allele_encoding.py
│   ├── amino_acid.py
│   ├── calibrate_percentile_ranks_command.py
│   ├── class1_affinity_predictor.py
│   ├── class1_neural_network.py
│   ├── class1_presentation_predictor.py
│   ├── class1_processing_neural_network.py
│   ├── class1_processing_predictor.py
│   ├── cluster_parallelism.py
│   ├── cluster_worker_entry_point.py
│   ├── common.py
│   ├── custom_loss.py
│   ├── data_dependent_weights_initialization.py
│   ├── downloads.py
│   ├── downloads.yml
│   ├── downloads_command.py
│   ├── encodable_sequences.py
│   ├── ensemble_centrality.py
│   ├── fasta.py
│   ├── flanking_encoding.py
│   ├── hyperparameters.py
│   ├── local_parallelism.py
│   ├── percent_rank_transform.py
│   ├── predict_command.py
│   ├── predict_scan_command.py
│   ├── pytorch_layers.py
│   ├── pytorch_losses.py
│   ├── random_negative_peptides.py
│   ├── regression_target.py
│   ├── scoring.py
│   ├── select_allele_specific_models_command.py
│   ├── select_pan_allele_models_command.py
│   ├── select_processing_models_command.py
│   ├── testing_utils.py
│   ├── train_allele_specific_models_command.py
│   ├── train_pan_allele_models_command.py
│   ├── train_presentation_models_command.py
│   ├── train_processing_models_command.py
│   └── version.py
├── notebooks/
│   ├── example1.ipynb
│   └── mhcflurry-colab.ipynb
├── pylintrc
├── readthedocs.yml
├── requirements.txt
├── scripts/
│   ├── compare_tf_pytorch_random_outputs.py
│   ├── cross_allele_parity_analysis.py
│   ├── extract_high_presentation_fixture.py
│   ├── generate_fixture_error_report.py
│   ├── modal_train_mhcflurry.py
│   ├── plot_fixture_diffs.py
│   └── validate_allele_sequences.py
├── selected-peptides.csv
├── setup.py
├── setup_local_env.sh
├── test/
│   ├── __init__.py
│   ├── conftest.py
│   ├── data/
│   │   ├── data_10mer.csv
│   │   ├── data_8mer.csv
│   │   ├── data_9mer.csv
│   │   ├── example.fasta
│   │   ├── hpv_predictions.csv
│   │   ├── master_affinity_fixture_config.json
│   │   ├── master_affinity_fixture_predictions.json
│   │   ├── master_affinity_fixture_weights.npz
│   │   ├── master_densenet_fixture_config.json
│   │   ├── master_densenet_fixture_predictions.json
│   │   ├── master_densenet_fixture_weights.npz
│   │   ├── master_multi_output_fixture_config.json
│   │   ├── master_multi_output_fixture_predictions.json
│   │   ├── master_multi_output_fixture_weights.npz
│   │   ├── master_pan_concat_fixture_config.json
│   │   ├── master_pan_concat_fixture_predictions.json
│   │   ├── master_pan_concat_fixture_weights.npz
│   │   ├── master_pan_multiply_fixture_config.json
│   │   ├── master_pan_multiply_fixture_predictions.json
│   │   ├── master_pan_multiply_fixture_weights.npz
│   │   ├── master_released_class1_affinity_predictions.json
│   │   ├── master_released_class1_presentation_highscore_rows_metadata.json
│   │   ├── multiallelic.benchmark.small.csv.bz2
│   │   └── multiallelic_ms.benchmark1.csv.bz2
│   ├── expensive_verify_pretrain_optimizable.py
│   ├── pytest_helpers.py
│   ├── test_allele_encoding.py
│   ├── test_amino_acid.py
│   ├── test_api_compat_shims.py
│   ├── test_calibrate_percentile_ranks_command.py
│   ├── test_changing_allele_representations.py
│   ├── test_class1_affinity_predictor.py
│   ├── test_class1_neural_network.py
│   ├── test_class1_pan.py
│   ├── test_class1_presentation_predictor.py
│   ├── test_class1_processing_neural_network.py
│   ├── test_class1_processing_predictor.py
│   ├── test_custom_loss.py
│   ├── test_doctest.py
│   ├── test_download_models_class1.py
│   ├── test_ensemble_centrality.py
│   ├── test_hyperparameters.py
│   ├── test_local_parallelism.py
│   ├── test_master_compat_predictions.py
│   ├── test_multi_output.py
│   ├── test_network_merging.py
│   ├── test_percent_rank_transform.py
│   ├── test_predict_command.py
│   ├── test_predict_scan_command.py
│   ├── test_pytorch_coverage.py
│   ├── test_pytorch_regressions.py
│   ├── test_random_negative_peptides.py
│   ├── test_regression_target.py
│   ├── test_released_master_predictions.py
│   ├── test_released_predictors_on_hpv_dataset.py
│   ├── test_released_predictors_well_correlated.py
│   ├── test_released_presentation_highscore_rows.py
│   ├── test_selected_peptides_csv.py
│   ├── test_speed.py
│   ├── test_train_and_related_commands.py
│   ├── test_train_pan_allele_models_command.py
│   ├── test_train_processing_models_command.py
│   └── test_training_variants.py
└── test-environment.yml