gitextract_2sm_t59v/

├── .dockerignore
├── .github/
│   ├── ISSUE_TEMPLATE/
│   │   └── bug_report.md
│   └── workflows/
│       ├── dockerpublish.yml
│       ├── python_publish.yml
│       └── test_package.yml
├── .gitignore
├── Dockerfile
├── LICENSE.txt
├── README.md
├── docs/
│   ├── hAMRonization_specification_details.csv
│   ├── interactive_report_demo.html
│   └── subgrant/
│       └── PHA4GE_AMR_SubGrant_Orientation.pptx
├── hAMRonization/
│   ├── AbricateIO.py
│   ├── AmrFinderPlusIO.py
│   ├── AmrPlusPlusIO.py
│   ├── AribaIO.py
│   ├── CSStarIO.py
│   ├── DeepArgIO.py
│   ├── FARGeneIO.py
│   ├── GrootIO.py
│   ├── Interfaces.py
│   ├── KmerResistanceIO.py
│   ├── MykrobeIO.py
│   ├── README.md
│   ├── ResFamsIO.py
│   ├── ResFinderIO.py
│   ├── RgiIO.py
│   ├── SraxIO.py
│   ├── Srst2IO.py
│   ├── StarAmrIO.py
│   ├── TBProfilerIO.py
│   ├── __init__.py
│   ├── constants.py
│   ├── hAMRonizedResult.py
│   ├── hamronize.py
│   └── summarize.py
├── schema/
│   ├── PHA4GE AMR Gene & Variant Specification.csv
│   ├── PHA4GE AMR Gene & Variant Specification.json
│   └── csv2json.py
├── setup.cfg
├── setup.py
└── test/
    ├── .gitignore
    ├── README.md
    ├── __init__.py
    ├── data/
    │   ├── dummy/
    │   │   ├── abricate/
    │   │   │   └── report.tsv
    │   │   ├── amrfinderplus/
    │   │   │   └── report.tsv
    │   │   ├── amrplusplus/
    │   │   │   └── gene.tsv
    │   │   ├── ariba/
    │   │   │   ├── report.tsv
    │   │   │   └── report_var.tsv
    │   │   ├── deepARG/
    │   │   │   ├── output.mapping.ARG.
    │   │   │   └── output.mapping.potential.ARG
    │   │   ├── fargene/
    │   │   │   └── retrieved-genes-class_A-hmmsearched.out
    │   │   ├── groot/
    │   │   │   └── groot_report.tsv
    │   │   ├── kmerresistance/
    │   │   │   └── results.res
    │   │   ├── mykrobe/
    │   │   │   ├── empty.json
    │   │   │   └── mykrobe.json
    │   │   ├── pointfinder/
    │   │   │   └── PointFinder_results.txt
    │   │   ├── resfams/
    │   │   │   └── resfams.tblout
    │   │   ├── resfinder/
    │   │   │   └── data_resfinder.json
    │   │   ├── rgi/
    │   │   │   ├── rgi.txt
    │   │   │   ├── rgi_orf.txt
    │   │   │   └── rgi_var.txt
    │   │   ├── srax/
    │   │   │   └── sraX_detected_ARGs.tsv
    │   │   ├── srst2/
    │   │   │   └── report.tsv
    │   │   ├── sstar/
    │   │   │   └── report.tsv
    │   │   ├── staramr/
    │   │   │   ├── pointfinder.tsv
    │   │   │   └── resfinder.tsv
    │   │   └── tbprofiler/
    │   │       └── tbprofiler.json
    │   └── raw_outputs/
    │       ├── abricate/
    │       │   └── report.tsv
    │       ├── amrfinderplus/
    │       │   ├── afp_non_coding.tsv
    │       │   ├── empty_report_with_header.tsv
    │       │   ├── hamronized_non_coding.tsv
    │       │   ├── non_coding_contig.fasta
    │       │   ├── report_nucleotide.tsv
    │       │   └── report_protein.tsv
    │       ├── amrplusplus/
    │       │   └── gene.tsv
    │       ├── ariba/
    │       │   └── report.tsv
    │       ├── deeparg/
    │       │   ├── output.mapping.ARG
    │       │   └── output.mapping.potential.ARG
    │       ├── fargene/
    │       │   └── retrieved-genes-class_A-hmmsearched.out
    │       ├── groot/
    │       │   └── report.tsv
    │       ├── kmerresistance/
    │       │   └── results.res
    │       ├── mykrobe/
    │       │   └── report.json
    │       ├── pointfinder/
    │       │   └── PointFinder_results.txt
    │       ├── resfams/
    │       │   └── resfams.tblout
    │       ├── resfinder/
    │       │   ├── ResFinder_results_tab.txt
    │       │   └── data_resfinder.json
    │       ├── rgi/
    │       │   └── rgi.txt
    │       ├── rgibwt/
    │       │   └── Kp11_bwtoutput.gene_mapping_data.txt
    │       ├── srax/
    │       │   └── sraX_detected_ARGs.tsv
    │       ├── srst2/
    │       │   └── SAMN13064234_srst2_report.tsv
    │       ├── sstar/
    │       │   └── report.tsv
    │       ├── staramr/
    │       │   ├── pointfinder.tsv
    │       │   └── resfinder.tsv
    │       └── tbprofiler/
    │           └── tbprofiler.json
    ├── run_integration_test.sh
    ├── test_interfaces.py
    └── test_parsing_validity.py