gitextract_qygp9z8u/

├── .github/
│   ├── dependabot.yml
│   └── workflows/
│       ├── conventional-prs.yml
│       ├── release-please.yml
│       └── rust.yml
├── .gitignore
├── .gitmodules
├── CHANGELOG.md
├── Cargo.toml
├── LICENSE.md
├── README.md
├── config.toml
├── src/
│   ├── bam/
│   │   ├── buffer.rs
│   │   ├── ext.rs
│   │   ├── header.rs
│   │   ├── index.rs
│   │   ├── mod.rs
│   │   ├── pileup.rs
│   │   ├── record.rs
│   │   └── record_serde.rs
│   ├── bcf/
│   │   ├── buffer.rs
│   │   ├── header.rs
│   │   ├── index.rs
│   │   ├── mod.rs
│   │   └── record.rs
│   ├── bgzf/
│   │   └── mod.rs
│   ├── errors.rs
│   ├── faidx/
│   │   └── mod.rs
│   ├── htslib.rs
│   ├── lib.rs
│   ├── tbx/
│   │   └── mod.rs
│   ├── tpool.rs
│   └── utils.rs
└── test/
    ├── bam2sam_expected.sam
    ├── bam2sam_out.sam
    ├── bam2sam_test.bam
    ├── base_mods/
    │   ├── MM-double.sam
    │   └── MM-orient.sam
    ├── bgzip/
    │   └── plain.vcf
    ├── obs-cornercase.vcf
    ├── results/
    │   └── .gitignore
    ├── tabix_reader/
    │   ├── bad_header.txt.gz.tbi
    │   ├── genomic_positions_header.txt.gz.tbi
    │   ├── genomic_regions_header.txt.gz.tbi
    │   └── test_bed3.bed.gz.tbi
    ├── test-info-multi-string-number=A.vcf
    ├── test-info-multi-string.vcf
    ├── test.bam
    ├── test.bam.bai
    ├── test.bcf
    ├── test.bcf.csi
    ├── test_cram.bam
    ├── test_cram.bam.bai
    ├── test_cram.cram
    ├── test_cram.cram.crai
    ├── test_cram.fa
    ├── test_cram.fa.fai
    ├── test_cram.sam
    ├── test_different_index_name.bam
    ├── test_headers.out.vcf
    ├── test_headers.vcf
    ├── test_index_build.bam
    ├── test_issue_156_no_text.bam
    ├── test_left.vcf
    ├── test_left.vcf.gz.tbi
    ├── test_missing.vcf
    ├── test_multi.bcf
    ├── test_non_diploid.vcf
    ├── test_nonstandard_orientation.sam
    ├── test_orientation_supplementary.sam
    ├── test_paired.sam
    ├── test_right.vcf
    ├── test_right.vcf.gz.tbi
    ├── test_spliced_reads.bam
    ├── test_spliced_reads.bam.bai
    ├── test_string.vcf
    ├── test_svlen.vcf
    ├── test_trailing_omitted_format.vcf
    ├── test_unmapped.bam
    ├── test_unmapped.bam.bai
    ├── test_unmapped.cram
    ├── test_unmapped.cram.crai
    ├── test_various.out.vcf
    └── test_various.vcf