gitextract_kvbrrru9/

├── .gitignore
├── .nojekyll
├── .travis.yml
├── LICENSE
├── Makefile
├── README.md
├── client/
│   ├── app.js
│   ├── assets/
│   │   ├── css/
│   │   │   ├── site.css
│   │   │   └── tetronimos.css
│   │   └── js/
│   │       └── colorbrewer.js
│   ├── heatmapD3.js
│   ├── index.html
│   └── smartview.html
├── data/
│   └── human.hg19.genome
├── docs/
│   ├── app.js
│   ├── assets/
│   │   ├── css/
│   │   │   ├── site.css
│   │   │   └── tetronimos.css
│   │   └── js/
│   │       └── colorbrewer.js
│   ├── doxygen.cfg
│   ├── heatmapD3.js
│   ├── index.html
│   ├── smartview.html
│   └── update_doxygen.sh
├── environment.yml
├── examples/
│   ├── cistrome/
│   │   ├── README.md
│   │   ├── get_qc.sh
│   │   ├── get_top.sh
│   │   └── rename.py
│   ├── fantom/
│   │   ├── README.md
│   │   └── rename.py
│   ├── gtex/
│   │   ├── bp.py
│   │   ├── gtex_to_bp.py
│   │   └── one_per_tissue.py
│   ├── gwas/
│   │   └── README.md
│   ├── myod/
│   │   └── README.md
│   ├── rme/
│   │   ├── EDACC_NAME.txt
│   │   ├── README.md
│   │   ├── Standardized_names.txt
│   │   ├── data_def.json
│   │   ├── get_data.sh
│   │   ├── groups.txt
│   │   ├── new_groups.txt
│   │   ├── new_groups_names.txt
│   │   ├── rename.py
│   │   ├── short_states.txt
│   │   ├── states.txt
│   │   └── web/
│   │       ├── header.txt
│   │       └── track_names.txt
│   ├── segway/
│   │   ├── cell_types.txt
│   │   ├── data_def.json
│   │   ├── get_data.sh
│   │   ├── rename.py
│   │   └── states.txt
│   └── ucsc/
│       ├── README.md
│       ├── data_def.json
│       ├── get_data.sh
│       └── parse_sql.py
├── experiments/
│   ├── cache_compression/
│   │   ├── README.html
│   │   ├── README.md
│   │   ├── comparison.py
│   │   └── roadmap_sort_comparisons/
│   │       ├── index/
│   │       │   ├── fastlz1.csv
│   │       │   ├── fastlz2.csv
│   │       │   ├── uncompressed.csv
│   │       │   ├── zlib0.csv
│   │       │   ├── zlib1.csv
│   │       │   ├── zlib3.csv
│   │       │   ├── zlib6.csv
│   │       │   └── zlib9.csv
│   │       ├── index.csv
│   │       ├── search1/
│   │       │   ├── fastlz1.csv
│   │       │   ├── fastlz2.csv
│   │       │   ├── uncompressed.csv
│   │       │   ├── zlib0.csv
│   │       │   ├── zlib1.csv
│   │       │   ├── zlib3.csv
│   │       │   ├── zlib6.csv
│   │       │   └── zlib9.csv
│   │       ├── search1.csv
│   │       ├── search2/
│   │       │   ├── fastlz1.csv
│   │       │   ├── fastlz2.csv
│   │       │   ├── uncompressed.csv
│   │       │   ├── zlib0.csv
│   │       │   ├── zlib1.csv
│   │       │   ├── zlib3.csv
│   │       │   ├── zlib6.csv
│   │       │   └── zlib9.csv
│   │       ├── search2.csv
│   │       └── space.csv
│   ├── chipseq/
│   │   └── README.md
│   ├── cistrome/
│   │   └── README.md
│   ├── fantom/
│   │   └── README.md
│   ├── gwas/
│   │   └── README.md
│   ├── mc_vs_table/
│   │   └── README.md
│   ├── metadata_index_query_filter/
│   │   ├── README.md
│   │   └── metadata_comparisons/
│   │       ├── combined.csv
│   │       ├── i1.csv
│   │       ├── i2.csv
│   │       ├── q1.csv
│   │       ├── q2.csv
│   │       ├── q3.csv
│   │       ├── q4.csv
│   │       ├── s1.csv
│   │       ├── s2.csv
│   │       ├── s3.csv
│   │       └── s4.csv
│   └── speed_test/
│       ├── README.md
│       └── speed_test.sh
├── flake.nix
├── scripts/
│   ├── cross.py
│   ├── get_overlaps.html
│   ├── get_ucsc_url.html
│   ├── giggle_gwas_heatmap.py
│   ├── giggle_heat_map.py
│   ├── lines.py
│   ├── scatter.py
│   ├── sort_bed
│   └── volcano.py
├── sharding/
│   ├── README.md
│   └── multi_giggle.py
├── src/
│   ├── Makefile
│   ├── api_test.c
│   ├── bpt.c
│   ├── bpt.h
│   ├── cache.c
│   ├── cache.h
│   ├── data_reg.c
│   ├── data_reg.h
│   ├── disk_file_header.c
│   ├── disk_file_header.h
│   ├── disk_store.c
│   ├── disk_store.h
│   ├── fastlz.c
│   ├── fastlz.h
│   ├── fastlz_wrapper.c
│   ├── fastlz_wrapper.h
│   ├── file_read.c
│   ├── file_read.h
│   ├── giggle.c
│   ├── giggle_index.c
│   ├── giggle_index.h
│   ├── index.c
│   ├── index_search.c
│   ├── jsw_avltree.c
│   ├── jsw_avltree.h
│   ├── kfunc.c
│   ├── kfunc.h
│   ├── leaf.c
│   ├── leaf.h
│   ├── lists.c
│   ├── lists.h
│   ├── ll.c
│   ├── ll.h
│   ├── metadata/
│   │   ├── Makefile
│   │   ├── intervals1.tsv
│   │   ├── intervals2.tsv
│   │   ├── metadata.conf
│   │   └── metadata_test.c
│   ├── metadata_index.c
│   ├── metadata_index.h
│   ├── offset_idx_lookup.c
│   ├── offset_index.c
│   ├── offset_index.h
│   ├── pq.c
│   ├── pq.h
│   ├── query_filter.c
│   ├── query_filter.h
│   ├── search.c
│   ├── search_file.c
│   ├── server_enrichment.c
│   ├── server_overlap.c
│   ├── sig_test.c
│   ├── speed_tests.c
│   ├── test.c
│   ├── timer.c
│   ├── timer.h
│   ├── util.c
│   ├── util.h
│   ├── wah.c
│   ├── wah.h
│   ├── zlib_wrapper.c
│   └── zlib_wrapper.h
└── test/
    ├── data/
    │   ├── 1k.sort.bed.gz.tbi
    │   └── many/
    │       ├── 0.1.bed.gz.tbi
    │       ├── 0.2.bed.gz.tbi
    │       ├── 0.bed.gz.tbi
    │       ├── 1.1.bed.gz.tbi
    │       ├── 1.2.bed.gz.tbi
    │       ├── 1.bed.gz.tbi
    │       ├── 10.bed.gz.tbi
    │       ├── 2.1.bed.gz.tbi
    │       ├── 2.2.bed.gz.tbi
    │       ├── 2.bed.gz.tbi
    │       ├── 3.1.bed.gz.tbi
    │       ├── 3.2.bed.gz.tbi
    │       ├── 3.bed.gz.tbi
    │       ├── 4.1.bed.gz.tbi
    │       ├── 4.bed.gz.tbi
    │       ├── 5.1.bed.gz.tbi
    │       ├── 5.bed.gz.tbi
    │       ├── 6.bed.gz.tbi
    │       ├── 7.bed.gz.tbi
    │       ├── 8.bed.gz.tbi
    │       ├── 9.bed.gz.tbi
    │       └── full_span.bed.gz.tbi
    ├── func/
    │   └── giggle_tests.sh
    └── unit/
        ├── Makefile
        ├── test_bpt.c
        ├── test_bulk_insert.c
        ├── test_cache.c
        ├── test_disk_store.c
        ├── test_file_read.c
        ├── test_genetic_offset_index.c
        ├── test_giggle.c
        ├── test_hash_list.c
        ├── test_kfunc.c
        ├── test_leaf_data.c
        ├── test_lists.c
        ├── test_ll.c
        ├── test_offset_index.c
        ├── test_util.c
        ├── test_zlib_wrapper.c
        └── unity/
            ├── generate_test_runner.rb
            ├── type_sanitizer.rb
            ├── unity.c
            ├── unity.h
            └── unity_internals.h