gitextract_qd67atv0/

├── .circleci/
│   ├── config.yml
│   └── setup.sh
├── .gitignore
├── LICENSE
├── README.md
├── requirements.txt
├── runtests.sh
├── samplot/
│   ├── __init__.py
│   ├── __main__.py
│   ├── samplot.py
│   ├── samplot_vcf.py
│   └── templates/
│       └── samplot_vcf.html
├── setup.py
├── ssshtest
└── test/
    ├── README.md
    ├── data/
    │   ├── 2_59305747-59505747_X_151018513-151218513.BND.bam
    │   ├── 2_59305747-59505747_X_151018513-151218513.BND.bam.bai
    │   ├── Alu.2_X.bed.gz.tbi
    │   ├── Alu.2_X.csionly.bed.gz.csi
    │   ├── HG002_10X.bam
    │   ├── HG002_10X.bam.bai
    │   ├── HG002_1_89475845-89478561_DEL.tenx.bam
    │   ├── HG002_1_89475845-89478561_DEL.tenx.bam.bai
    │   ├── HG002_Illumina.bam
    │   ├── HG002_Illumina.bam.bai
    │   ├── HG002_ONT.cram
    │   ├── HG002_ONT.cram.crai
    │   ├── HG002_PacBio.bam
    │   ├── HG002_PacBio.bam.bai
    │   ├── HG003_Illumina.bam
    │   ├── HG003_Illumina.bam.bai
    │   ├── HG004_Illumina.bam
    │   ├── HG004_Illumina.bam.bai
    │   ├── Homo_sapiens.GRCh37.82.sort.2_X.gff3.gz.tbi
    │   ├── Homo_sapiens.GRCh37.csionly.2_X.gff3.gz.csi
    │   ├── NA12878_restricted.bam
    │   ├── NA12878_restricted.bam.bai
    │   ├── NA12889_restricted.bam
    │   ├── NA12889_restricted.bam.bai
    │   ├── NA12890_restricted.bam
    │   ├── NA12890_restricted.bam.bai
    │   ├── README.md
    │   ├── commands.sh
    │   ├── examples.bed
    │   ├── examples_padded.bed
    │   ├── hg19_chr1_58343117_58343622_deletion.bam
    │   ├── hg19_chr1_58343117_58343622_deletion.bam.bai
    │   ├── hg19_chr21_27373431_27375410_inversion.bam
    │   ├── hg19_chr21_27373431_27375410_inversion.bam.bai
    │   ├── nanopore-NA12878.bam
    │   ├── nanopore-NA12878.bam.bai
    │   ├── subset_alignments.sh
    │   ├── test.ped
    │   ├── test.vcf
    │   ├── test_site/
    │   │   ├── README.md
    │   │   └── index.html
    │   └── test_site_cmds.sh
    ├── func/
    │   ├── samplot_test.sh
    │   └── samplot_vcf_test.sh
    └── unit/
        └── samplot_test.py