gitextract_rf093ld_/

├── .coveragerc
├── .editorconfig
├── .gitattributes
├── .github/
│   ├── FUNDING.yml
│   ├── ISSUE_TEMPLATE/
│   │   ├── bug_report.md
│   │   └── feature_request.md
│   ├── ISSUE_TEMPLATE.md
│   ├── dependabot.yml
│   └── workflows/
│       ├── codeql-analysis.yml
│       ├── publish.yml
│       ├── pull_request.yml
│       └── push.yml
├── .gitignore
├── AUTHORS.md
├── CITATION.cff
├── CODE_OF_CONDUCT.md
├── CONTRIBUTING.md
├── HISTORY.md
├── LICENSE
├── MANIFEST.in
├── Makefile
├── README.md
├── docs/
│   ├── Makefile
│   ├── _static/
│   │   ├── copy-button.js
│   │   └── custom.css
│   ├── authors.md
│   ├── case_studies.md
│   ├── cmdline.md
│   ├── commands.rst
│   ├── conf.py
│   ├── contributing.md
│   ├── history.md
│   ├── index.rst
│   ├── installation.md
│   ├── make.bat
│   ├── modules.rst
│   ├── notebooks.rst
│   ├── pysradb.rst
│   ├── python-api-usage.md
│   └── quickstart.md
├── notebooks/
│   ├── 01.Python-API_demo.ipynb
│   ├── 02.Commandline_download.ipynb
│   ├── 03.ParallelDownload.ipynb
│   ├── 04.SRA_to_fastq_conda.ipynb
│   ├── 05.Downloading_subsets_of_a_project.ipynb
│   ├── 06.Multiple_SRPs.ipynb
│   ├── 07.Query_Search.ipynb
│   ├── 08.PMC_DOI_Identifiers.ipynb
│   ├── 09.Metadata_enrichment.ipynb
│   ├── 11.Parse_Bioscience_Search.ipynb
│   └── README.md
├── pyproject.toml
├── pysradb/
│   ├── __init__.py
│   ├── __main__.py
│   ├── cli.py
│   ├── download.py
│   ├── exceptions.py
│   ├── filter_attrs.py
│   ├── geoweb.py
│   ├── metadata_enrichment.py
│   ├── ontology_reference.json
│   ├── search.py
│   ├── sraweb.py
│   ├── taxid2name.py
│   └── utils.py
├── requirements.txt
├── setup.cfg
└── tests/
    ├── conftest.py
    ├── data/
    │   └── test_search/
    │       ├── ena_search_test1.txt
    │       ├── ena_test_verbosity_0.csv
    │       ├── ena_test_verbosity_0.json
    │       ├── ena_test_verbosity_1.csv
    │       ├── ena_test_verbosity_1.json
    │       ├── ena_test_verbosity_2.csv
    │       ├── ena_test_verbosity_2.json
    │       ├── ena_test_verbosity_3.csv
    │       ├── ena_test_verbosity_3.json
    │       ├── geo_search_test1.txt
    │       ├── sra_search_test1.txt
    │       ├── sra_test.xml
    │       ├── sra_test_2_verbosity_0.csv
    │       ├── sra_test_2_verbosity_1.csv
    │       ├── sra_test_2_verbosity_2.csv
    │       ├── sra_test_2_verbosity_3.csv
    │       ├── sra_test_ERS3331676.xml
    │       ├── sra_test_verbosity_0.csv
    │       ├── sra_test_verbosity_1.csv
    │       ├── sra_test_verbosity_2.csv
    │       ├── sra_test_verbosity_3.csv
    │       └── sra_uids.txt
    ├── test_geoweb.py
    ├── test_search.py
    ├── test_sraweb.py
    └── test_utils.py