gitextract_4pdtb5c6/

├── .Rbuildignore
├── .github/
│   ├── no-response.yml
│   └── workflows/
│       └── test-vignettes.yml
├── .gitignore
├── DESCRIPTION
├── LICENSE
├── NAMESPACE
├── R/
│   ├── alevin.R
│   ├── alra.R
│   ├── banksy.R
│   ├── cellbrowser.R
│   ├── cogaps.R
│   ├── conos.R
│   ├── fast_mnn.R
│   ├── fast_mnn_v5.R
│   ├── glmpca.R
│   ├── internal.R
│   ├── liger.R
│   ├── miqc.R
│   ├── monocle3.R
│   ├── pacmap.R
│   ├── presto.R
│   ├── scVI.R
│   ├── tricycle.R
│   └── velocity.R
├── README.md
├── docs/
│   ├── README.md
│   ├── alevin.Rmd
│   ├── alevin.html
│   ├── alevin.md
│   ├── alra.Rmd
│   ├── alra.html
│   ├── alra.md
│   ├── banksy.Rmd
│   ├── banksy.md
│   ├── cellbrowser.Rmd
│   ├── cellbrowser.html
│   ├── cellbrowser.md
│   ├── cipr.Rmd
│   ├── cipr.html
│   ├── cipr.md
│   ├── cogaps.html
│   ├── cogaps.md
│   ├── cogaps.rmd
│   ├── conos.Rmd
│   ├── conos.html
│   ├── conos.md
│   ├── fast_mnn.Rmd
│   ├── fast_mnn.html
│   ├── fast_mnn.md
│   ├── glmpca.Rmd
│   ├── glmpca.html
│   ├── glmpca.md
│   ├── harmony.Rmd
│   ├── harmony.html
│   ├── harmony.md
│   ├── liger.Rmd
│   ├── liger.html
│   ├── liger.md
│   ├── miQC.Rmd
│   ├── miQC.html
│   ├── miQC.md
│   ├── monocle3.Rmd
│   ├── monocle3.html
│   ├── monocle3.md
│   ├── nebulosa.Rmd
│   ├── nebulosa.html
│   ├── nebulosa.md
│   ├── pacmap.Rmd
│   ├── pacmap.html
│   ├── pacmap.md
│   ├── presto.html
│   ├── presto.md
│   ├── presto.rmd
│   ├── schex.Rmd
│   ├── schex.html
│   ├── schex.md
│   ├── scvelo.Rmd
│   ├── scvelo.html
│   ├── scvelo.md
│   ├── tricycle.Rmd
│   ├── tricycle.html
│   ├── tricycle.md
│   ├── velocity.Rmd
│   ├── velocity.html
│   └── velocity.md
├── man/
│   ├── ALRAChooseKPlot.Rd
│   ├── CellBrowser.Rd
│   ├── FastMNNIntegration.Rd
│   ├── LearnGraph.Rd
│   ├── PlotMiQC.Rd
│   ├── ReadAlevin.Rd
│   ├── ReadVelocity.Rd
│   ├── RunALRA.Rd
│   ├── RunBanksy.Rd
│   ├── RunCoGAPS.Rd
│   ├── RunFastMNN.Rd
│   ├── RunGLMPCA.Rd
│   ├── RunMiQC.Rd
│   ├── RunOptimizeALS.Rd
│   ├── RunPaCMAP.Rd
│   ├── RunPresto.Rd
│   ├── RunPrestoAll.Rd
│   ├── RunQuantileAlignSNF.Rd
│   ├── RunQuantileNorm.Rd
│   ├── RunSNF.Rd
│   ├── RunVelocity.Rd
│   ├── Runtricycle.Rd
│   ├── SeuratWrappers-package.Rd
│   ├── StopCellbrowser.Rd
│   ├── VeloPlot.Rd
│   ├── as.Seurat.extras.Rd
│   ├── as.cell_data_set.Rd
│   ├── findMatrix.Rd
│   ├── scVIIntegration.Rd
│   └── writeSparseTsvChunks.Rd
├── seurat-wrappers.Rproj
└── test-vignettes.sh