gitextract_wtn3z40k/

├── .gitignore
├── .pre-commit-config.yaml
├── .readthedocs.yml
├── .vscode/
│   ├── launch.json
│   └── settings.json
├── LICENSE
├── Makefile
├── README.rst
├── _static/
│   └── css/
│       └── warning.css
├── basic-scrna-tutorial.ipynb
├── biome.jsonc
├── conf.py
├── dask.ipynb
├── how-to/
│   ├── cell-cycle.ipynb
│   ├── knn-transformers.ipynb
│   └── plotting-with-marsilea.ipynb
├── index.rst
├── integrating-data-using-ingest.ipynb
├── paga-paul15.ipynb
├── pbmc3k.ipynb
├── plotting/
│   ├── advanced.ipynb
│   └── core.ipynb
├── pyproject.toml
├── scanpy_workshop/
│   ├── README.md
│   ├── day1_01.ipynb
│   ├── day1_01_GColab.ipynb
│   ├── day1_01_GColabs_solutions.ipynb
│   ├── day1_01_solutions.ipynb
│   ├── day2_01_DE_Colabs.ipynb
│   ├── day2_01_DifferentialExpression.ipynb
│   ├── day2_02_GSEA_Colabs.ipynb
│   ├── day2_02_GeneSetEnrichmentAnalysis.ipynb
│   └── day2_03_RNAvelocity.ipynb
├── spatial/
│   ├── basic-analysis.ipynb
│   └── integration-scanorama.ipynb
├── tutorial_pearson_residuals.ipynb
└── visualizing-marker-genes.rst