gitextract_f5azyrwd/

├── .Rbuildignore
├── .github/
│   ├── dependabot.yml
│   ├── rattler-build_container.df
│   ├── recipe/
│   │   ├── recipe.yaml
│   │   ├── variant_r44.yaml
│   │   └── variant_r45.yaml
│   └── workflows/
│       ├── ci.yml
│       ├── conda_build.yml
│       ├── dispatch_pkgdown_build.yml
│       └── release.yml
├── .gitignore
├── DESCRIPTION
├── LICENSE
├── LICENSE.md
├── Makefile
├── NAMESPACE
├── R/
│   ├── cpp11.R
│   ├── diagnosis_reports.R
│   ├── example_dataset.R
│   ├── generic_methods.R
│   ├── individual_data_methods.R
│   ├── iterative_bayesian_stepwise_selection.R
│   ├── mixture_prior.R
│   ├── model_methods.R
│   ├── mr.ash.R
│   ├── mr.ash.rss.R
│   ├── predict.susie.R
│   ├── refinement.R
│   ├── rss_lambda_methods.R
│   ├── rss_mismatch.R
│   ├── single_effect_regression.R
│   ├── slot_prior.R
│   ├── sparse_multiplication.R
│   ├── ss_mixture_methods.R
│   ├── sufficient_stats_methods.R
│   ├── summary.susie.R
│   ├── susie.R
│   ├── susieR-package.R
│   ├── susie_auto.R
│   ├── susie_constructors.R
│   ├── susie_get_functions.R
│   ├── susie_plot.R
│   ├── susie_post_outcome_configuration.R
│   ├── susie_rss_utils.R
│   ├── susie_trendfilter.R
│   ├── susie_trendfilter_utils.R
│   ├── susie_utils.R
│   ├── susie_workhorse.R
│   └── univariate_regression.R
├── README.md
├── _pkgdown.yml
├── data/
│   ├── FinemappingConvergence.RData
│   ├── N2finemapping.RData
│   ├── N3finemapping.RData
│   ├── SummaryConsistency.RData
│   ├── data_small.RData
│   └── unmappable_data.RData
├── inst/
│   ├── CITATION
│   ├── analysis/
│   │   ├── optimize.Rmd
│   │   ├── test_susie_auto.Rmd
│   │   └── testing.Rmd
│   ├── code/
│   │   ├── caviar.R
│   │   ├── compute_ss_memory.R
│   │   ├── dap-g.py
│   │   ├── finemap.R
│   │   ├── finemap_1p4.R
│   │   ├── gen_original_results.R
│   │   ├── monitor_memory.py
│   │   ├── python_example/
│   │   │   ├── N3finemapping_python.ipynb
│   │   │   └── environment.yml
│   │   ├── simulate_lambda_pop_ld_bias.R
│   │   ├── small_sim.R
│   │   ├── sparse_matrix_strategy.Rmd
│   │   ├── summarize_small_sim.R
│   │   ├── susie_memory.R
│   │   └── susie_rss_memory.R
│   ├── datafiles/
│   │   ├── FinemappingConvergence1k.RData
│   │   ├── N3finemapping.CAVIAR.RData
│   │   ├── N3finemapping.DAP.RData
│   │   ├── N3finemapping.FINEMAP.RData
│   │   ├── SummaryConsistency1k.RData
│   │   └── small_sim_out_v0.14.48.RData
│   ├── misc/
│   │   ├── README_susie_v2.md
│   │   ├── format_r_code.sh
│   │   ├── post-commit.sh
│   │   ├── pre-commit.sh
│   │   └── uncrustify_default.cfg
│   └── notebooks/
│       ├── benchmark_mix_vs_sp.R
│       ├── small_sample_benchmark.ipynb
│       └── stochastic_ld_benchmark.ipynb
├── man/
│   ├── FinemappingConvergence.Rd
│   ├── N2finemapping.Rd
│   ├── N3finemapping.Rd
│   ├── SummaryConsistency.Rd
│   ├── absolute.order.Rd
│   ├── add_delta_features.Rd
│   ├── block_coordinate_ascent.Rd
│   ├── calculate_posterior_moments_mixture_common.Rd
│   ├── check_alpha_pip_cycle_convergence.Rd
│   ├── cleanup_extra_fields.Rd
│   ├── coef.mr.ash.Rd
│   ├── coef.susie.Rd
│   ├── collect_ash_diag.Rd
│   ├── compare_ash_methods.Rd
│   ├── compute_marginal_bhat_shat.Rd
│   ├── compute_suff_stat.Rd
│   ├── data_small.Rd
│   ├── diagnose_ash_filter_archived_iter.Rd
│   ├── diagnose_bb_ash_iter.Rd
│   ├── estimate_s_rss.Rd
│   ├── extract_bb_ash_features.Rd
│   ├── format_extra_diag.Rd
│   ├── format_sigma2_summary.Rd
│   ├── get.full.posterior.Rd
│   ├── get_alpha_l.Rd
│   ├── get_cs_correlation.Rd
│   ├── get_objective.Rd
│   ├── get_posterior_mean_l.Rd
│   ├── get_posterior_mean_sum.Rd
│   ├── get_posterior_moments_l.Rd
│   ├── get_prior_variance_l.Rd
│   ├── get_slot_weight.Rd
│   ├── ibss_finalize.Rd
│   ├── ibss_initialize.Rd
│   ├── is_symmetric_matrix.Rd
│   ├── kriging_rss.Rd
│   ├── label_diag_truth.Rd
│   ├── loglik_mixture_common.Rd
│   ├── mr.ash.Rd
│   ├── mr.ash.rss.Rd
│   ├── path.order.Rd
│   ├── post_loglik_prior_hook.Rd
│   ├── pre_loglik_prior_hook.Rd
│   ├── predict.mr.ash.Rd
│   ├── predict.susie.Rd
│   ├── print.summary.susie_post_outcome_configuration.Rd
│   ├── resolve_mixture_prior.Rd
│   ├── safe_cor.Rd
│   ├── safe_cov2cor.Rd
│   ├── scale_design_matrix.Rd
│   ├── set_prior_variance_l.Rd
│   ├── slot_prior_betabinom.Rd
│   ├── summary.susie.Rd
│   ├── summary.susie_post_outcome_configuration.Rd
│   ├── susie.Rd
│   ├── susieR-package.Rd
│   ├── susie_auto.Rd
│   ├── susie_get_methods.Rd
│   ├── susie_init_coef.Rd
│   ├── susie_plot_changepoint.Rd
│   ├── susie_plots.Rd
│   ├── susie_post_outcome_configuration.Rd
│   ├── susie_rss.Rd
│   ├── susie_rss_lambda.Rd
│   ├── susie_ss.Rd
│   ├── susie_trendfilter.Rd
│   ├── susie_workhorse.Rd
│   ├── univar.order.Rd
│   ├── univariate_regression.Rd
│   └── unmappable_data.Rd
├── pixi.toml
├── src/
│   ├── Makevars
│   ├── Makevars.win
│   ├── caisa.cpp
│   ├── cpp11.cpp
│   ├── mr_ash.h
│   ├── mr_ash_rss.cpp
│   └── mr_ash_rss.h
├── tests/
│   ├── README.md
│   ├── testthat/
│   │   ├── helper_nig_reference.R
│   │   ├── helper_reference.R
│   │   ├── helper_testthat.R
│   │   ├── reference/
│   │   │   ├── test_susie_auto_reference.R
│   │   │   ├── test_susie_nig_reference.R
│   │   │   ├── test_susie_reference.R
│   │   │   ├── test_susie_rss_lambda_reference.R
│   │   │   ├── test_susie_rss_reference.R
│   │   │   └── test_susie_ss_reference.R
│   │   ├── test_X_centering.R
│   │   ├── test_coef_predict.R
│   │   ├── test_compute_marginal_bhat_shat.R
│   │   ├── test_generic_methods.R
│   │   ├── test_ibss.R
│   │   ├── test_individual_data_methods.R
│   │   ├── test_l_greedy.R
│   │   ├── test_mixture_prior.R
│   │   ├── test_mr_ash_equivalence.R
│   │   ├── test_plotting.R
│   │   ├── test_post_outcome_configuration_summary.R
│   │   ├── test_refinement.R
│   │   ├── test_rss_lambda_methods.R
│   │   ├── test_rss_mismatch.R
│   │   ├── test_rss_utils.R
│   │   ├── test_single_effect_regression.R
│   │   ├── test_slot_prior.R
│   │   ├── test_slot_weights.R
│   │   ├── test_sparse_multiplication.R
│   │   ├── test_sufficient_stats_methods.R
│   │   ├── test_summary_print.R
│   │   ├── test_susie.R
│   │   ├── test_susie_ash_ss_equivalence.R
│   │   ├── test_susie_auto.R
│   │   ├── test_susie_constructors.R
│   │   ├── test_susie_get_functions.R
│   │   ├── test_susie_small.R
│   │   ├── test_susie_utils.R
│   │   ├── test_susie_workhorse.R
│   │   ├── test_trendfilter.R
│   │   └── test_univariate_regression.R
│   └── testthat.R
└── vignettes/
    ├── announcements.Rmd
    ├── finemapping.Rmd
    ├── finemapping_summary_statistics.Rmd
    ├── l0_initialization.Rmd
    ├── mwe.Rmd
    ├── small_sample.Rmd
    ├── sparse_susie_eval.Rmd
    ├── susie_refine.Rmd
    ├── susie_rss.Rmd
    ├── susie_unmappable_effects.Rmd
    ├── susierss_diagnostic.Rmd
    └── trend_filtering.Rmd