gitextract_ikyozzhh/

├── Cross_Validation.R
├── DEgenesMAST.R
├── LICENSE
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├── Scripts/
│   ├── run_ACTINN.py
│   ├── run_CHETAH.R
│   ├── run_CaSTLe.R
│   ├── run_Cell_BLAST.py
│   ├── run_DigitalCellSorter.py
│   ├── run_Garnett_CV.R
│   ├── run_Garnett_Pretrained.R
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│   ├── run_LDA_rejection.py
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│   ├── run_SCINA.R
│   ├── run_SVM.py
│   ├── run_SVM_rejection.py
│   ├── run_SingleR.R
│   ├── run_kNN50.py
│   ├── run_kNN9.py
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│   ├── run_scmap.R
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├── Snakemake/
│   ├── Cross_Validation.R
│   ├── DEgenesMAST.R
│   ├── Dockerfiles/
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│   │   │   └── Dockerfile
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│   │   │   └── install_packages.R
│   │   ├── cross_validation/
│   │   │   ├── Dockerfile
│   │   │   └── install_packages.R
│   │   ├── garnett/
│   │   │   ├── Dockerfile
│   │   │   └── install_packages.R
│   │   ├── scid/
│   │   │   ├── Dockerfile
│   │   │   └── install_packages.R
│   │   ├── scmap/
│   │   │   ├── Dockerfile
│   │   │   └── install_packages.R
│   │   ├── scvi/
│   │   │   └── Dockerfile
│   │   ├── singlecellnet/
│   │   │   ├── Dockerfile
│   │   │   └── install_packages.R
│   │   └── singler/
│   │       ├── Dockerfile
│   │       └── install_packages.R
│   ├── LICENSE
│   ├── README.md
│   ├── Scripts/
│   │   ├── run_ACTINN.py
│   │   ├── run_CHETAH.R
│   │   ├── run_CaSTLe.R
│   │   ├── run_Cell_BLAST.py
│   │   ├── run_DigitalCellSorter.py
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│   │   ├── run_Garnett_Pretrained.R
│   │   ├── run_LAmbDA.py
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│   │   ├── run_SingleR.R
│   │   ├── run_kNN50.py
│   │   ├── run_kNN9.py
│   │   ├── run_moana.py
│   │   ├── run_scID.R
│   │   ├── run_scPred.R
│   │   ├── run_scVI.py
│   │   ├── run_scmap.R
│   │   ├── run_scmapcell.R
│   │   ├── run_scmapcluster.R
│   │   ├── run_scmaptotal.R
│   │   └── run_singleCellNet.R
│   ├── Snakefile
│   ├── evaluate.R
│   ├── example.config.yml
│   └── rank_gene_dropouts.py
├── evaluate.R
└── rank_gene_dropouts.py