gitextract_i521fsdf/

├── .gitmodules
├── README.md
├── allhic.v0.9.8
├── bin/
│   ├── ALLHiC_build
│   ├── ALLHiC_corrector
│   ├── ALLHiC_partition
│   ├── ALLHiC_pip.sh
│   ├── ALLHiC_plot
│   ├── ALLHiC_prune
│   ├── ALLHiC_rescue
│   └── allhic
└── scripts/
    ├── ALLHiC2ALLMAPS.pl
    ├── PreprocessSAMs.pl
    ├── agp2tour.pl
    ├── bam2CLM.pl
    ├── bam2CLM_simple.pl
    ├── bam2net.pl
    ├── bam_HiCplotter.py
    ├── blastn_parse.pl
    ├── classify.pl
    ├── filterBAM_forHiC.pl
    ├── gmap2AlleleTable.pl
    ├── gmap2AlleleTableBED.pl
    ├── link_superscaffold.pl
    ├── make_bed_around_RE_site.pl
    ├── mc_bam.pl
    ├── odering2tour.pl
    ├── partition.pl
    ├── partition_gmap.pl
    ├── partition_gmap.py
    ├── prune.pl
    ├── ragoo2ALLHiC.pl
    ├── release3DDNA.pl
    ├── remove_reads.pl
    ├── remove_small_contigs.py
    ├── simuCTG.pl
    └── statAGP.pl