gitextract_7z1tql5y/

├── .clang-format
├── .github/
│   ├── PULL_REQUEST_TEMPLATE.md
│   └── workflows/
│       ├── docs.yml
│       ├── lint.yml
│       ├── release-c.yml
│       ├── tests.yml
│       └── wheels.yml
├── .gitignore
├── CONTRIBUTING.md
├── LICENSE
├── README.md
├── c/
│   ├── .gitignore
│   ├── CHANGELOG.rst
│   ├── VERSION.txt
│   ├── examples/
│   │   ├── Makefile
│   │   ├── api_structure.c
│   │   ├── cpp_sorting_example.cpp
│   │   ├── error_handling.c
│   │   ├── haploid_wright_fisher.c
│   │   ├── json_struct_metadata.c
│   │   ├── multichrom_wright_fisher.c
│   │   ├── multichrom_wright_fisher_singlethreaded.c
│   │   ├── streaming.c
│   │   ├── take_ownership.c
│   │   ├── tree_iteration.c
│   │   └── tree_traversal.c
│   ├── meson.build
│   ├── meson_options.txt
│   ├── subprojects/
│   │   └── kastore/
│   │       ├── README.md
│   │       ├── VERSION.txt
│   │       ├── kastore.c
│   │       ├── kastore.h
│   │       └── meson.build
│   ├── tests/
│   │   ├── meson-subproject/
│   │   │   ├── example.c
│   │   │   └── meson.build
│   │   ├── test_convert.c
│   │   ├── test_core.c
│   │   ├── test_file_format.c
│   │   ├── test_genotypes.c
│   │   ├── test_haplotype_matching.c
│   │   ├── test_minimal_cpp.cpp
│   │   ├── test_stats.c
│   │   ├── test_tables.c
│   │   ├── test_trees.c
│   │   ├── testlib.c
│   │   └── testlib.h
│   ├── tskit/
│   │   ├── convert.c
│   │   ├── convert.h
│   │   ├── core.c
│   │   ├── core.h
│   │   ├── genotypes.c
│   │   ├── genotypes.h
│   │   ├── haplotype_matching.c
│   │   ├── haplotype_matching.h
│   │   ├── stats.c
│   │   ├── stats.h
│   │   ├── tables.c
│   │   ├── tables.h
│   │   ├── trees.c
│   │   └── trees.h
│   └── tskit.h
├── codecov.yml
├── docs/
│   ├── .gitignore
│   ├── Makefile
│   ├── _config.yml
│   ├── _static/
│   │   ├── README
│   │   └── bespoke.css
│   ├── _toc.yml
│   ├── build.sh
│   ├── c-api.rst
│   ├── changelogs.rst
│   ├── citation.md
│   ├── cli.md
│   ├── data/
│   │   └── basic_tree_seq.trees
│   ├── data-model.md
│   ├── development.md
│   ├── doxygen/
│   │   └── Doxyfile
│   ├── export.md
│   ├── file-formats.md
│   ├── glossary.md
│   ├── ibd.md
│   ├── installation.md
│   ├── introduction.md
│   ├── metadata.md
│   ├── numba.md
│   ├── provenance.md
│   ├── python-api.md
│   ├── quickstart.md
│   ├── stats.md
│   ├── substitutions/
│   │   ├── linear_traversal_warning.rst
│   │   ├── table_edit_warning.rst
│   │   ├── table_keep_rows_main.rst
│   │   ├── tree_array_warning.rst
│   │   └── virtual_root_array_note.rst
│   └── topological-analysis.md
├── prek.toml
└── python/
    ├── .gitignore
    ├── CHANGELOG.rst
    ├── MANIFEST.in
    ├── Makefile
    ├── README.rst
    ├── _tskitmodule.c
    ├── benchmark/
    │   ├── config.yaml
    │   ├── run-for-all-releases.py
    │   └── run.py
    ├── lwt_interface/
    │   ├── CHANGELOG.rst
    │   ├── Makefile
    │   ├── README.md
    │   ├── cython_example/
    │   │   ├── Makefile
    │   │   ├── _lwtc.c
    │   │   ├── example.pyx
    │   │   ├── pyproject.toml
    │   │   └── setup.py
    │   ├── dict_encoding_testlib.py
    │   ├── example_c_module.c
    │   ├── setup.py
    │   ├── test_example_c_module.py
    │   └── tskit_lwt_interface.h
    ├── pyproject.toml
    ├── setup.py
    ├── stress_lowlevel.py
    ├── tests/
    │   ├── __init__.py
    │   ├── conftest.py
    │   ├── data/
    │   │   ├── SLiM/
    │   │   │   ├── README
    │   │   │   ├── minimal-example.trees
    │   │   │   ├── minimal-example.txt
    │   │   │   ├── single-locus-example.trees
    │   │   │   └── single-locus-example.txt
    │   │   ├── dict-encodings/
    │   │   │   ├── generate_msprime.py
    │   │   │   └── msprime-0.7.4.pkl
    │   │   ├── hdf5-formats/
    │   │   │   ├── msprime-0.3.0_v2.0.hdf5
    │   │   │   ├── msprime-0.4.0_v3.1.hdf5
    │   │   │   └── msprime-0.5.0_v10.0.hdf5
    │   │   ├── old-formats/
    │   │   │   └── tskit-0.3.3.trees
    │   │   └── simplify-bugs/
    │   │       ├── 01-edges.txt
    │   │       ├── 01-mutations.txt
    │   │       ├── 01-nodes.txt
    │   │       ├── 01-sites.txt
    │   │       ├── 02-edges.txt
    │   │       ├── 02-mutations.txt
    │   │       ├── 02-nodes.txt
    │   │       ├── 02-sites.txt
    │   │       ├── 03-edges.txt
    │   │       ├── 03-mutations.txt
    │   │       ├── 03-nodes.txt
    │   │       ├── 03-sites.txt
    │   │       ├── 04-edges.txt
    │   │       ├── 04-mutations.txt
    │   │       ├── 04-nodes.txt
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    │   │       ├── 05-edges.txt
    │   │       ├── 05-mutations.txt
    │   │       ├── 05-nodes.txt
    │   │       └── 05-sites.txt
    │   ├── ibd.py
    │   ├── simplify.py
    │   ├── test_avl_tree.py
    │   ├── test_balance_metrics.py
    │   ├── test_cli.py
    │   ├── test_coalrate.py
    │   ├── test_combinatorics.py
    │   ├── test_dict_encoding.py
    │   ├── test_distance_metrics.py
    │   ├── test_divmat.py
    │   ├── test_drawing.py
    │   ├── test_extend_haplotypes.py
    │   ├── test_file_format.py
    │   ├── test_fileobj.py
    │   ├── test_genotype_matching.py
    │   ├── test_genotypes.py
    │   ├── test_haplotype_matching.py
    │   ├── test_highlevel.py
    │   ├── test_ibd.py
    │   ├── test_immutable_table_collection.py
    │   ├── test_intervals.py
    │   ├── test_jit.py
    │   ├── test_ld_matrix.py
    │   ├── test_metadata.py
    │   ├── test_ms.py
    │   ├── test_parsimony.py
    │   ├── test_phylo_formats.py
    │   ├── test_provenance.py
    │   ├── test_python_c.py
    │   ├── test_reference_sequence.py
    │   ├── test_relatedness_vector.py
    │   ├── test_stats.py
    │   ├── test_table_transforms.py
    │   ├── test_tables.py
    │   ├── test_text_formats.py
    │   ├── test_threads.py
    │   ├── test_topology.py
    │   ├── test_tree_positioning.py
    │   ├── test_tree_stats.py
    │   ├── test_util.py
    │   ├── test_utilities.py
    │   ├── test_vcf.py
    │   ├── test_version.py
    │   ├── test_wright_fisher.py
    │   └── tsutil.py
    └── tskit/
        ├── __init__.py
        ├── __main__.py
        ├── _version.py
        ├── cli.py
        ├── combinatorics.py
        ├── drawing.py
        ├── exceptions.py
        ├── genotypes.py
        ├── intervals.py
        ├── jit/
        │   ├── __init__.py
        │   └── numba.py
        ├── metadata.py
        ├── metadata_schema.schema.json
        ├── provenance.py
        ├── provenance.schema.json
        ├── stats.py
        ├── tables.py
        ├── text_formats.py
        ├── trees.py
        ├── util.py
        └── vcf.py