gitextract_8r8o36c7/

├── .coverage
├── .gitignore
├── .travis.yml
├── LICENSE.txt
├── README.md
├── causaldag/
│   ├── __init__.py
│   ├── datasets/
│   │   ├── __init__.py
│   │   ├── data/
│   │   │   ├── apoptosis_1.csv
│   │   │   └── apoptosis_2.csv
│   │   └── networks.py
│   └── loaders.py
├── dev_setup.sh
├── docs/
│   ├── .gitignore
│   ├── 404.html
│   ├── Gemfile
│   ├── _config.yml
│   ├── _layouts/
│   │   └── default.html
│   ├── dci.markdown
│   ├── dci_tutorial.markdown
│   ├── gspo.markdown
│   ├── gspo_tutorial.markdown
│   ├── index.markdown
│   ├── utigsp.markdown
│   └── utigsp_tutorial.markdown
├── profiling/
│   ├── __init__.py
│   ├── compare_all_dags.py
│   ├── profile_cpdag.py
│   ├── profile_gsp.py
│   ├── profile_hsic.py
│   ├── profile_igsp.py
│   ├── profile_init.py
│   ├── profile_pc.py
│   ├── profile_perm2dag.py
│   ├── time_create_graph.py
│   └── time_dec.py
├── release.sh
├── requirements/
│   └── default.txt
├── requirements.txt
├── setup.py
├── sphinx_docs/
│   ├── Makefile
│   ├── _build/
│   │   ├── doctrees/
│   │   │   ├── environment.pickle
│   │   │   └── index.doctree
│   │   └── html/
│   │       ├── .buildinfo
│   │       ├── _sources/
│   │       │   └── index.rst.txt
│   │       ├── _static/
│   │       │   ├── basic.css
│   │       │   ├── css/
│   │       │   │   ├── badge_only.css
│   │       │   │   └── theme.css
│   │       │   ├── doctools.js
│   │       │   ├── documentation_options.js
│   │       │   ├── jquery.js
│   │       │   ├── js/
│   │       │   │   ├── badge_only.js
│   │       │   │   └── theme.js
│   │       │   ├── language_data.js
│   │       │   ├── pygments.css
│   │       │   ├── searchtools.js
│   │       │   └── underscore.js
│   │       ├── genindex.html
│   │       ├── index.html
│   │       ├── objects.inv
│   │       ├── search.html
│   │       └── searchindex.js
│   ├── conf.py
│   ├── index.rst
│   └── requirements.txt
└── tests/
    ├── R_scripts/
    │   ├── config.R
    │   ├── evaluate_bge_score.R
    │   ├── fadcor.R
    │   ├── test_dag2cpdag.R
    │   ├── test_dag2icpdag.R
    │   └── test_msep.R
    ├── __init__.py
    ├── create_test_data/
    │   └── create_bge_data.py
    ├── data/
    │   ├── bge_data/
    │   │   ├── dag_amat
    │   │   ├── dag_amat.npy
    │   │   ├── r_bge.npy
    │   │   └── samples.npy
    │   ├── cpdag1.txt
    │   ├── dag1.txt
    │   ├── icpdag1.txt
    │   ├── interventions.txt
    │   └── random_mag.txt
    ├── test_ci_tests.py
    ├── test_classes/
    │   ├── __init__.py
    │   ├── test_ancestral_graph.py
    │   ├── test_dag.py
    │   ├── test_dag_basics.py
    │   └── test_pdag.py
    ├── test_gaussdag.py
    ├── test_id_formula.py
    ├── test_interventions.py
    ├── test_scores/
    │   ├── test_bge_score.py
    │   └── test_max_likelihood.py
    └── test_structure_learning/
        ├── __init__.py
        ├── test_gsp.py
        └── test_pcalg.py