gitextract__l45jdix/

├── .context/
│   ├── agents/
│   │   ├── README.md
│   │   ├── bug-fixer.md
│   │   ├── code-reviewer.md
│   │   ├── documentation-writer.md
│   │   ├── feature-developer.md
│   │   ├── performance-optimizer.md
│   │   ├── refactoring-specialist.md
│   │   └── test-writer.md
│   ├── docs/
│   │   ├── README.md
│   │   ├── codebase-map.json
│   │   ├── development-workflow.md
│   │   ├── harness-roadmap.md
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│   │   ├── qa/
│   │   │   ├── README.md
│   │   │   ├── error-handling.md
│   │   │   ├── getting-started.md
│   │   │   └── project-structure.md
│   │   ├── testing-strategy.md
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│   └── skills/
│       ├── README.md
│       ├── api-design/
│       │   └── SKILL.md
│       ├── bug-investigation/
│       │   └── SKILL.md
│       ├── code-review/
│       │   └── SKILL.md
│       ├── commit-message/
│       │   └── SKILL.md
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│       │   └── SKILL.md
│       ├── feature-breakdown/
│       │   └── SKILL.md
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│       ├── refactoring/
│       │   └── SKILL.md
│       ├── security-audit/
│       │   └── SKILL.md
│       └── test-generation/
│           └── SKILL.md
├── .env.example
├── .github/
│   ├── PULL_REQUEST_BODY.md
│   └── workflows/
│       ├── ci.yml
│       └── release.yml
├── .gitignore
├── .npmignore
├── AGENTS.md
├── ARCHITECTURE.md
├── CHANGELOG.md
├── CLAUDE.md
├── CONTRIBUTING.md
├── CONVENTIONS.md
├── LICENSE
├── README.md
├── docs/
│   ├── CONTEXT-WORKFLOW-HARNESS-CLI-PTBR.md
│   └── GUIDE.md
├── example-documentation.ts
├── jest.config.js
├── package.json
├── prompts/
│   ├── update_plan_prompt.md
│   └── update_scaffold_prompt.md
├── scripts/
│   ├── build-package-bundles.js
│   ├── release-packages.js
│   ├── smoke-package-bundles.js
│   └── test-mcp.js
├── src/
│   ├── cli/
│   │   ├── index.test.ts
│   │   └── index.ts
│   ├── cli.test.ts
│   ├── generators/
│   │   ├── agents/
│   │   │   ├── agentConfig.ts
│   │   │   ├── agentGenerator.test.ts
│   │   │   ├── agentGenerator.ts
│   │   │   ├── agentTypes.ts
│   │   │   ├── index.ts
│   │   │   └── templates/
│   │   │       ├── index.ts
│   │   │       ├── indexTemplate.ts
│   │   │       └── types.ts
│   │   ├── documentation/
│   │   │   ├── codebaseMapGenerator.ts
│   │   │   ├── documentationGenerator.test.ts
│   │   │   ├── documentationGenerator.ts
│   │   │   ├── guideRegistry.ts
│   │   │   ├── index.ts
│   │   │   └── templates/
│   │   │       ├── common.ts
│   │   │       ├── index.ts
│   │   │       ├── indexTemplate.ts
│   │   │       └── types.ts
│   │   ├── plans/
│   │   │   ├── index.ts
│   │   │   ├── planGenerator.test.ts
│   │   │   ├── planGenerator.ts
│   │   │   └── templates/
│   │   │       ├── indexTemplate.ts
│   │   │       ├── planTemplate.ts
│   │   │       └── types.ts
│   │   ├── shared/
│   │   │   ├── contextGenerator.ts
│   │   │   ├── directoryTemplateHelpers.ts
│   │   │   ├── generatorUtils.ts
│   │   │   ├── index.ts
│   │   │   ├── scaffoldStructures.ts
│   │   │   └── structures/
│   │   │       ├── agents/
│   │   │       │   ├── definitions.ts
│   │   │       │   ├── factory.ts
│   │   │       │   └── index.ts
│   │   │       ├── documentation/
│   │   │       │   ├── apiReference.ts
│   │   │       │   ├── architecture.ts
│   │   │       │   ├── dataFlow.ts
│   │   │       │   ├── glossary.ts
│   │   │       │   ├── index.ts
│   │   │       │   ├── migration.ts
│   │   │       │   ├── onboarding.ts
│   │   │       │   ├── projectOverview.ts
│   │   │       │   ├── security.ts
│   │   │       │   ├── testing.ts
│   │   │       │   ├── tooling.ts
│   │   │       │   ├── troubleshooting.ts
│   │   │       │   └── workflow.ts
│   │   │       ├── index.ts
│   │   │       ├── plans/
│   │   │       │   ├── index.ts
│   │   │       │   └── planStructure.ts
│   │   │       ├── registry.ts
│   │   │       ├── serialization.ts
│   │   │       ├── skills/
│   │   │       │   ├── definitions.ts
│   │   │       │   ├── factory.ts
│   │   │       │   └── index.ts
│   │   │       ├── types.ts
│   │   │       └── validation.ts
│   │   └── skills/
│   │       ├── index.ts
│   │       ├── skillGenerator.test.ts
│   │       ├── skillGenerator.ts
│   │       └── templates/
│   │           ├── indexTemplate.ts
│   │           └── skillTemplate.ts
│   ├── harness/
│   │   ├── index.test.ts
│   │   └── index.ts
│   ├── index.ts
│   ├── mcp/
│   │   ├── bin.test.ts
│   │   ├── bin.ts
│   │   ├── index.test.ts
│   │   └── index.ts
│   ├── prompts/
│   │   └── defaults.ts
│   ├── services/
│   │   ├── autoFill/
│   │   │   ├── autoFillService.ts
│   │   │   └── index.ts
│   │   ├── cli/
│   │   │   ├── index.ts
│   │   │   ├── mcpInstallService.test.ts
│   │   │   ├── mcpInstallService.ts
│   │   │   └── stateDetector.ts
│   │   ├── export/
│   │   │   ├── contextExportService.ts
│   │   │   ├── exportRulesService.ts
│   │   │   ├── index.ts
│   │   │   ├── skillExportService.test.ts
│   │   │   └── skillExportService.ts
│   │   ├── harness/
│   │   │   ├── agentsService.ts
│   │   │   ├── contextService.ts
│   │   │   ├── contextTools.test.ts
│   │   │   ├── contextTools.ts
│   │   │   ├── datasetService.test.ts
│   │   │   ├── datasetService.ts
│   │   │   ├── executionService.test.ts
│   │   │   ├── executionService.ts
│   │   │   ├── index.ts
│   │   │   ├── plansService.ts
│   │   │   ├── policyService.test.ts
│   │   │   ├── policyService.ts
│   │   │   ├── replayService.test.ts
│   │   │   ├── replayService.ts
│   │   │   ├── runtimeStateService.test.ts
│   │   │   ├── runtimeStateService.ts
│   │   │   ├── sensorCatalogService.ts
│   │   │   ├── sensorsService.test.ts
│   │   │   ├── sensorsService.ts
│   │   │   ├── skillsService.ts
│   │   │   ├── taskContractsService.test.ts
│   │   │   ├── taskContractsService.ts
│   │   │   └── workflowStateService.ts
│   │   ├── import/
│   │   │   ├── agentsDetector.ts
│   │   │   ├── importAgentsService.ts
│   │   │   ├── importRulesService.ts
│   │   │   ├── index.ts
│   │   │   ├── presets.ts
│   │   │   ├── rulesDetector.ts
│   │   │   └── types.ts
│   │   ├── mcp/
│   │   │   ├── README.md
│   │   │   ├── actionLogger.test.ts
│   │   │   ├── actionLogger.ts
│   │   │   ├── gateway/
│   │   │   │   ├── agent.ts
│   │   │   │   ├── context.test.ts
│   │   │   │   ├── context.ts
│   │   │   │   ├── explore.ts
│   │   │   │   ├── harness.test.ts
│   │   │   │   ├── harness.ts
│   │   │   │   ├── index.ts
│   │   │   │   ├── metrics.test.ts
│   │   │   │   ├── metrics.ts
│   │   │   │   ├── plan.ts
│   │   │   │   ├── response.ts
│   │   │   │   ├── shared.ts
│   │   │   │   ├── skill.ts
│   │   │   │   ├── sync.ts
│   │   │   │   ├── types.ts
│   │   │   │   ├── workflowAdvance.ts
│   │   │   │   ├── workflowInit.ts
│   │   │   │   ├── workflowManage.test.ts
│   │   │   │   ├── workflowManage.ts
│   │   │   │   ├── workflowStatus.test.ts
│   │   │   │   └── workflowStatus.ts
│   │   │   ├── gatewayTools.ts
│   │   │   ├── index.ts
│   │   │   ├── mcpInstallService.ts
│   │   │   ├── mcpServer.test.ts
│   │   │   └── mcpServer.ts
│   │   ├── qa/
│   │   │   ├── index.ts
│   │   │   ├── patternInferer.ts
│   │   │   ├── qaService.ts
│   │   │   └── topicDetector.ts
│   │   ├── quickSync/
│   │   │   ├── index.ts
│   │   │   └── quickSyncService.ts
│   │   ├── report/
│   │   │   ├── index.ts
│   │   │   └── reportService.ts
│   │   ├── reverseSync/
│   │   │   ├── importSkillsService.ts
│   │   │   ├── index.ts
│   │   │   ├── presets.ts
│   │   │   ├── reverseQuickSyncService.ts
│   │   │   ├── skillsDetector.ts
│   │   │   ├── toolDetector.ts
│   │   │   └── types.ts
│   │   ├── semantic/
│   │   │   ├── codebaseAnalyzer.test.ts
│   │   │   ├── codebaseAnalyzer.ts
│   │   │   ├── contextBuilder.ts
│   │   │   ├── contextCache.test.ts
│   │   │   ├── contextCache.ts
│   │   │   ├── index.ts
│   │   │   ├── lsp/
│   │   │   │   ├── index.ts
│   │   │   │   └── lspLayer.ts
│   │   │   ├── semanticSnapshotService.test.ts
│   │   │   ├── semanticSnapshotService.ts
│   │   │   ├── treeSitter/
│   │   │   │   ├── index.ts
│   │   │   │   └── treeSitterLayer.ts
│   │   │   └── types.ts
│   │   ├── shared/
│   │   │   ├── __tests__/
│   │   │   │   └── contextRootResolver.test.ts
│   │   │   ├── contentTypeRegistry.ts
│   │   │   ├── contextLayout.ts
│   │   │   ├── contextRootResolver.ts
│   │   │   ├── executionContext.ts
│   │   │   ├── globPatterns.ts
│   │   │   ├── index.ts
│   │   │   ├── pathHelpers.ts
│   │   │   ├── toolRegistry.ts
│   │   │   ├── types.ts
│   │   │   └── uiHelpers.ts
│   │   ├── stack/
│   │   │   ├── index.ts
│   │   │   ├── projectTypeClassifier.ts
│   │   │   ├── scaffoldFilter.ts
│   │   │   └── stackDetector.ts
│   │   ├── state/
│   │   │   ├── index.ts
│   │   │   ├── stateDetector.test.ts
│   │   │   └── stateDetector.ts
│   │   ├── sync/
│   │   │   ├── index.ts
│   │   │   ├── markdownReferenceHandler.ts
│   │   │   ├── presets.ts
│   │   │   ├── symlinkHandler.ts
│   │   │   ├── syncService.ts
│   │   │   └── types.ts
│   │   └── workflow/
│   │       ├── autoAdvance.ts
│   │       ├── index.ts
│   │       ├── workflowService.test.ts
│   │       └── workflowService.ts
│   ├── tests/
│   │   └── integrity/
│   │       └── postRefactoringIntegrity.test.ts
│   ├── types/
│   │   └── scaffoldFrontmatter.ts
│   ├── types.ts
│   ├── utils/
│   │   ├── cliUI.ts
│   │   ├── fileMapper.ts
│   │   ├── frontMatter.test.ts
│   │   ├── frontMatter.ts
│   │   ├── gitService.ts
│   │   ├── gitignoreManager.test.ts
│   │   ├── gitignoreManager.ts
│   │   ├── i18n.test.ts
│   │   ├── i18n.ts
│   │   ├── pathSecurity.test.ts
│   │   ├── pathSecurity.ts
│   │   ├── processShutdown.ts
│   │   ├── prompts/
│   │   │   ├── configSummary.ts
│   │   │   ├── index.ts
│   │   │   ├── smartDefaults.ts
│   │   │   └── types.ts
│   │   ├── splashScreen.test.ts
│   │   ├── splashScreen.ts
│   │   ├── theme.ts
│   │   ├── themedPrompt.ts
│   │   ├── versionChecker.test.ts
│   │   └── versionChecker.ts
│   ├── version.ts
│   └── workflow/
│       ├── agents/
│       │   ├── agentRegistry.ts
│       │   └── index.ts
│       ├── collaboration.ts
│       ├── errors.ts
│       ├── gates/
│       │   ├── gateChecker.test.ts
│       │   ├── gateChecker.ts
│       │   └── index.ts
│       ├── index.ts
│       ├── orchestration/
│       │   ├── agentOrchestrator.ts
│       │   ├── documentLinker.ts
│       │   └── index.ts
│       ├── orchestrator.ts
│       ├── phases.ts
│       ├── plans/
│       │   ├── index.ts
│       │   ├── planLinker.ts
│       │   └── types.ts
│       ├── prevcConfig.ts
│       ├── roles.ts
│       ├── scaling.ts
│       ├── skills/
│       │   ├── frontmatter.ts
│       │   ├── index.ts
│       │   ├── skillRegistry.ts
│       │   ├── skillTemplates.ts
│       │   └── types.ts
│       ├── status/
│       │   ├── statusManager.test.ts
│       │   ├── statusManager.ts
│       │   └── templates.ts
│       └── types.ts
├── templates/
│   └── packages/
│       ├── cli.README.md
│       ├── harness.README.md
│       └── mcp.README.md
└── tsconfig.json