gitextract_ugvk6jc2/

├── CLAUDE.md
├── CMakeLists.txt
├── Dockerfile
├── LICENSE
├── R/
│   └── archive_non_functional/
│       ├── create-databases.R
│       ├── gen_quals.R
│       ├── svaba-annotate.R
│       ├── svaba-asqg2pdf.R
│       ├── svaba-bam-qcplot.R
│       ├── svaba-benchmark.R
│       ├── svaba-bps-to-maflite.R
│       ├── svaba-circos.R
│       ├── svaba-create-pon.R
│       ├── svaba-event-plot.R
│       ├── svaba-histogram.R
│       ├── svaba-nozzle.R
│       ├── svaba-sig.R
│       └── svaba-vcf-to-maflite.R
├── README.md
├── docs/
│   ├── README.md
│   ├── alignments_viewer.html
│   ├── app.js
│   ├── bps_explorer.html
│   ├── bps_viewer.html
│   ├── comparison.html
│   ├── index.html
│   ├── learn_explorer.html
│   ├── r2c_explorer.html
│   ├── runtime_explorer.html
│   └── styles.css
├── notes
├── opt/
│   ├── jemalloc_test.sh
│   ├── memprof.sh
│   ├── memprof_osx.sh
│   ├── memusg.sh
│   ├── profiler.sh
│   └── runtime.R
├── scripts/
│   ├── combine_blacklists.sh
│   ├── extract_by_qname.sh
│   ├── extract_discordants.sh
│   ├── extract_pairs_by_seq.sh
│   ├── filter_contig_supporting_reads.sh
│   ├── gcloud_teardown.sh
│   ├── mosdepth_lowmapq_blacklist.sh
│   ├── plot_learn.sh
│   ├── r2c_for_contig.sh
│   ├── search_sequence.sh
│   ├── sort_and_dedupe_bps_old.sh
│   ├── sort_bps.sh
│   ├── svaba_cloud.sh
│   ├── svaba_local_function.sh
│   ├── svaba_postprocess.sh
│   └── update_svaba_image.sh
├── src/
│   ├── SGA/
│   │   ├── Algorithm/
│   │   │   ├── ClusterProcess.cpp
│   │   │   ├── ClusterProcess.h
│   │   │   ├── ConnectProcess.cpp
│   │   │   ├── ConnectProcess.h
│   │   │   ├── DPAlignment.cpp
│   │   │   ├── DPAlignment.h
│   │   │   ├── ErrorCorrectProcess.cpp
│   │   │   ├── ErrorCorrectProcess.h
│   │   │   ├── ExtensionDP.cpp
│   │   │   ├── ExtensionDP.h
│   │   │   ├── FMMergeProcess.cpp
│   │   │   ├── FMMergeProcess.h
│   │   │   ├── GapFillProcess.cpp
│   │   │   ├── GapFillProcess.h
│   │   │   ├── HaplotypeBuilder.cpp
│   │   │   ├── HaplotypeBuilder.h
│   │   │   ├── KmerOverlaps.cpp
│   │   │   ├── KmerOverlaps.h
│   │   │   ├── LRAlignment.cpp
│   │   │   ├── LRAlignment.h
│   │   │   ├── Makefile.am
│   │   │   ├── Makefile.in
│   │   │   ├── OverlapAlgorithm.cpp
│   │   │   ├── OverlapAlgorithm.h
│   │   │   ├── OverlapBlock.cpp
│   │   │   ├── OverlapBlock.h
│   │   │   ├── OverlapTools.cpp
│   │   │   ├── OverlapTools.h
│   │   │   ├── QCProcess.cpp
│   │   │   ├── QCProcess.h
│   │   │   ├── ReadCluster.cpp
│   │   │   ├── ReadCluster.h
│   │   │   ├── SearchHistory.cpp
│   │   │   ├── SearchHistory.h
│   │   │   ├── SearchSeed.cpp
│   │   │   ├── SearchSeed.h
│   │   │   ├── StatsProcess.cpp
│   │   │   ├── StatsProcess.h
│   │   │   ├── StringGraphGenerator.cpp
│   │   │   ├── StringGraphGenerator.h
│   │   │   ├── StringThreader.cpp
│   │   │   ├── StringThreader.h
│   │   │   ├── VariationBuilderCommon.cpp
│   │   │   └── VariationBuilderCommon.h
│   │   ├── Bigraph/
│   │   │   ├── Bigraph.cpp
│   │   │   ├── Bigraph.h
│   │   │   ├── Edge.cpp
│   │   │   ├── Edge.h
│   │   │   ├── EdgeDesc.cpp
│   │   │   ├── EdgeDesc.h
│   │   │   ├── GraphCommon.h
│   │   │   ├── Makefile.am
│   │   │   ├── Makefile.in
│   │   │   ├── Vertex.cpp
│   │   │   └── Vertex.h
│   │   ├── SGA/
│   │   │   ├── Makefile.am
│   │   │   ├── Makefile.in
│   │   │   ├── OverlapCommon.cpp
│   │   │   ├── OverlapCommon.h
│   │   │   ├── SGACommon.h
│   │   │   ├── index.cpp
│   │   │   ├── index.h
│   │   │   ├── overlap.cpp
│   │   │   └── overlap.h
│   │   ├── SQG/
│   │   │   ├── ASQG.cpp
│   │   │   ├── ASQG.h
│   │   │   ├── Makefile.am
│   │   │   ├── Makefile.in
│   │   │   ├── SQG.cpp
│   │   │   └── SQG.h
│   │   ├── StringGraph/
│   │   │   ├── CompleteOverlapSet.cpp
│   │   │   ├── CompleteOverlapSet.h
│   │   │   ├── GraphSearchTree.h
│   │   │   ├── Makefile.am
│   │   │   ├── Makefile.in
│   │   │   ├── RemovalAlgorithm.cpp
│   │   │   ├── RemovalAlgorithm.h
│   │   │   ├── SGAlgorithms.cpp
│   │   │   ├── SGAlgorithms.h
│   │   │   ├── SGSearch.cpp
│   │   │   ├── SGSearch.h
│   │   │   ├── SGUtil.cpp
│   │   │   ├── SGUtil.h
│   │   │   ├── SGVisitors.cpp
│   │   │   ├── SGVisitors.h
│   │   │   ├── SGWalk.cpp
│   │   │   └── SGWalk.h
│   │   ├── SuffixTools/
│   │   │   ├── BWT.h
│   │   │   ├── BWTAlgorithms.cpp
│   │   │   ├── BWTAlgorithms.h
│   │   │   ├── BWTCABauerCoxRosone.cpp
│   │   │   ├── BWTCABauerCoxRosone.h
│   │   │   ├── BWTCARopebwt.cpp
│   │   │   ├── BWTCARopebwt.h
│   │   │   ├── BWTDiskConstruction.cpp
│   │   │   ├── BWTDiskConstruction.h
│   │   │   ├── BWTIndexSet.h
│   │   │   ├── BWTInterval.h
│   │   │   ├── BWTIntervalCache.cpp
│   │   │   ├── BWTIntervalCache.h
│   │   │   ├── BWTReader.cpp
│   │   │   ├── BWTReader.h
│   │   │   ├── BWTReaderAscii.cpp
│   │   │   ├── BWTReaderAscii.h
│   │   │   ├── BWTReaderBinary.cpp
│   │   │   ├── BWTReaderBinary.h
│   │   │   ├── BWTTraverse.cpp
│   │   │   ├── BWTTraverse.h
│   │   │   ├── BWTWriter.cpp
│   │   │   ├── BWTWriter.h
│   │   │   ├── BWTWriterAscii.cpp
│   │   │   ├── BWTWriterAscii.h
│   │   │   ├── BWTWriterBinary.cpp
│   │   │   ├── BWTWriterBinary.h
│   │   │   ├── FMMarkers.h
│   │   │   ├── GapArray.cpp
│   │   │   ├── GapArray.h
│   │   │   ├── HitData.h
│   │   │   ├── InverseSuffixArray.cpp
│   │   │   ├── InverseSuffixArray.h
│   │   │   ├── Makefile.am
│   │   │   ├── Makefile.in
│   │   │   ├── Occurrence.cpp
│   │   │   ├── Occurrence.h
│   │   │   ├── PopulationIndex.cpp
│   │   │   ├── PopulationIndex.h
│   │   │   ├── QuickBWT.cpp
│   │   │   ├── QuickBWT.h
│   │   │   ├── RLBWT.cpp
│   │   │   ├── RLBWT.h
│   │   │   ├── RLUnit.h
│   │   │   ├── RankProcess.cpp
│   │   │   ├── RankProcess.h
│   │   │   ├── SACAInducedCopying.cpp
│   │   │   ├── SACAInducedCopying.h
│   │   │   ├── SAReader.cpp
│   │   │   ├── SAReader.h
│   │   │   ├── SAWriter.cpp
│   │   │   ├── SAWriter.h
│   │   │   ├── SBWT.cpp
│   │   │   ├── SBWT.h
│   │   │   ├── STCommon.cpp
│   │   │   ├── STCommon.h
│   │   │   ├── STGlobals.h
│   │   │   ├── SampledSuffixArray.cpp
│   │   │   ├── SampledSuffixArray.h
│   │   │   ├── SparseGapArray.h
│   │   │   ├── SuffixArray.cpp
│   │   │   ├── SuffixArray.h
│   │   │   ├── SuffixCompare.cpp
│   │   │   └── SuffixCompare.h
│   │   └── Util/
│   │       ├── Alphabet.cpp
│   │       ├── Alphabet.h
│   │       ├── BWT4Codec.h
│   │       ├── BWTCodec.h
│   │       ├── Bamreader.cpp
│   │       ├── BitChar.cpp
│   │       ├── BitChar.h
│   │       ├── BitVector.cpp
│   │       ├── BitVector.h
│   │       ├── BloomFilter.cpp
│   │       ├── BloomFilter.h
│   │       ├── ClusterReader.cpp
│   │       ├── ClusterReader.h
│   │       ├── Contig.cpp
│   │       ├── Contig.h
│   │       ├── CorrectionThresholds.cpp
│   │       ├── CorrectionThresholds.h
│   │       ├── DNACodec.h
│   │       ├── DNADouble.h
│   │       ├── DNAString.cpp
│   │       ├── DNAString.h
│   │       ├── EncodedString.h
│   │       ├── HashMap.h
│   │       ├── Interval.cpp
│   │       ├── Interval.h
│   │       ├── IntervalTree.h
│   │       ├── KmerDistribution.cpp
│   │       ├── KmerDistribution.h
│   │       ├── Makefile.am
│   │       ├── Makefile.in
│   │       ├── Match.cpp
│   │       ├── Match.h
│   │       ├── Metrics.h
│   │       ├── MultiAlignment.cpp
│   │       ├── MultiAlignment.h
│   │       ├── MultiOverlap.cpp
│   │       ├── MultiOverlap.h
│   │       ├── NoCodec.h
│   │       ├── Pileup.cpp
│   │       ├── Pileup.h
│   │       ├── PrimerScreen.cpp
│   │       ├── PrimerScreen.h
│   │       ├── Profiler.h
│   │       ├── Quality.cpp
│   │       ├── Quality.h
│   │       ├── QualityCodec.h
│   │       ├── QualityTable.cpp
│   │       ├── QualityTable.h
│   │       ├── QualityVector.cpp
│   │       ├── QualityVector.h
│   │       ├── Read2Contig.h
│   │       ├── ReadInfoTable.cpp
│   │       ├── ReadInfoTable.h
│   │       ├── ReadTable.cpp
│   │       ├── ReadTable.h
│   │       ├── ReadTableNew.cpp
│   │       ├── ReadTableNew.h
│   │       ├── ReadTableS.h
│   │       ├── SGAStats.cpp
│   │       ├── SGAStats.h
│   │       ├── SeqCoord.cpp
│   │       ├── SeqCoord.h
│   │       ├── SeqReader.cpp
│   │       ├── SeqReader.h
│   │       ├── SimpleAllocator.h
│   │       ├── SimplePool.h
│   │       ├── StdAlnTools.cpp
│   │       ├── StdAlnTools.h
│   │       ├── Timer.h
│   │       ├── Util.cpp
│   │       ├── Util.h
│   │       ├── VCFUtil.cpp
│   │       ├── VCFUtil.h
│   │       ├── VariantIndex.cpp
│   │       ├── VariantIndex.h
│   │       ├── Verbosity.h
│   │       ├── bamreader.h
│   │       ├── bucketSort.cpp
│   │       ├── bucketSort.h
│   │       ├── gzstream.C
│   │       ├── gzstream.h
│   │       ├── mkqs.h
│   │       ├── old.AlignedContig.h
│   │       ├── stdaln.c
│   │       └── stdaln.h
│   ├── svaba/
│   │   ├── AlignedContig.cpp
│   │   ├── AlignedContig.h
│   │   ├── AlignmentFragment.cpp
│   │   ├── AlignmentFragment.h
│   │   ├── BamStats.cpp
│   │   ├── BamStats.h
│   │   ├── BreakPoint.cpp
│   │   ├── BreakPoint.h
│   │   ├── ContigAlignmentScore.cpp
│   │   ├── ContigAlignmentScore.h
│   │   ├── DBSnpFilter.cpp
│   │   ├── DBSnpFilter.h
│   │   ├── DiscordantCluster.cpp
│   │   ├── DiscordantCluster.h
│   │   ├── DiscordantRealigner.cpp
│   │   ├── DiscordantRealigner.h
│   │   ├── Histogram.cpp
│   │   ├── Histogram.h
│   │   ├── KmerFilter.cpp
│   │   ├── KmerFilter.h
│   │   ├── LearnBamParams.cpp
│   │   ├── LearnBamParams.h
│   │   ├── ReadToContigAligner.h
│   │   ├── STCoverage.cpp
│   │   ├── STCoverage.h
│   │   ├── SvabaASQG.cpp
│   │   ├── SvabaASQG.h
│   │   ├── SvabaAssemble.cpp
│   │   ├── SvabaAssemble.h
│   │   ├── SvabaAssemblerConfig.h
│   │   ├── SvabaAssemblerEngine.cpp
│   │   ├── SvabaAssemblerEngine.h
│   │   ├── SvabaBamWalker.cpp
│   │   ├── SvabaBamWalker.h
│   │   ├── SvabaDebug.h
│   │   ├── SvabaFileLoader.cpp
│   │   ├── SvabaFileLoader.h
│   │   ├── SvabaLogger.cpp
│   │   ├── SvabaLogger.h
│   │   ├── SvabaModels.cpp
│   │   ├── SvabaModels.h
│   │   ├── SvabaOptions.cpp
│   │   ├── SvabaOptions.h
│   │   ├── SvabaOutputWriter.cpp
│   │   ├── SvabaOutputWriter.h
│   │   ├── SvabaOverlapAlgorithm.cpp
│   │   ├── SvabaOverlapAlgorithm.h
│   │   ├── SvabaPostprocess.cpp
│   │   ├── SvabaPostprocess.h
│   │   ├── SvabaRead.cpp
│   │   ├── SvabaRead.h
│   │   ├── SvabaRegionProcessor.cpp
│   │   ├── SvabaRegionProcessor.h
│   │   ├── SvabaSharedConfig.h
│   │   ├── SvabaThreadUnit.cpp
│   │   ├── SvabaThreadUnit.h
│   │   ├── SvabaUtils.cpp
│   │   ├── SvabaUtils.h
│   │   ├── refilter.cpp
│   │   ├── refilter.h
│   │   ├── run_svaba.cpp
│   │   ├── svaba.cpp
│   │   ├── test_svaba.cpp
│   │   ├── threadpool.h
│   │   ├── tovcf.cpp
│   │   ├── vcf.cpp
│   │   └── vcf.h
│   └── svabautils/
│       ├── AssemblyBamWalker.cpp
│       ├── AssemblyBamWalker.h
│       ├── BamSplitter.cpp
│       ├── BamSplitter.h
│       ├── Fractions.cpp
│       ├── Fractions.h
│       ├── Makefile.am
│       ├── Makefile.in
│       ├── PowerLawSim.cpp
│       ├── PowerLawSim.h
│       ├── ReadSim.cpp
│       ├── ReadSim.h
│       ├── SeqFrag.cpp
│       ├── SeqFrag.h
│       ├── SimGenome.cpp
│       ├── SimGenome.h
│       ├── SimTrainerWalker.cpp
│       ├── SimTrainerWalker.h
│       ├── assembly2vcf.cpp
│       ├── assembly2vcf.h
│       ├── benchmark.cpp
│       ├── benchmark.h
│       ├── configure
│       ├── configure.ac
│       ├── snowmanutils.cpp
│       ├── snowtools.cpp
│       ├── splitcounter.cpp
│       └── splitcounter.h
├── svaba_jemalloc
└── tracks/
    ├── README.md
    ├── genome.hg38.sorted.bed
    ├── hg38.bed
    ├── hg38.blacklist.sorted.bed
    ├── hg38.combined_blacklist.bed
    ├── hg38.high_runtime.bed
    ├── hg38.manual.blacklist.bed
    ├── hg38.nonstd_chr.blacklist.bed
    ├── hg38.rmsk.simple_repeat.bed
    ├── hg38_arms_excl_centromeres.bed
    ├── lowmap30perc.bed
    ├── lowmap50perc.bed
    ├── lowmap70perc.bed
    └── region_generator.R