gitextract_few3gk_j/

├── .Rbuildignore
├── .gitattributes
├── .github/
│   ├── .gitignore
│   ├── ISSUE_TEMPLATE/
│   │   └── issue_template.md
│   └── workflows/
│       ├── check-bioc.yml
│       └── pkgdown.yaml
├── .gitignore
├── DESCRIPTION
├── LICENSE.md
├── NAMESPACE
├── NEWS.md
├── R/
│   ├── AllClasses.R
│   ├── AllGenerics.R
│   ├── DA-aldex.R
│   ├── DA-all.R
│   ├── DA-ancom.R
│   ├── DA-ancombc.R
│   ├── DA-comparing.R
│   ├── DA-deseq2.R
│   ├── DA-edgeR.R
│   ├── DA-lefse.R
│   ├── DA-limma-voom.R
│   ├── DA-metagenomeSeq.R
│   ├── DA-simple-statistic.R
│   ├── DA-sl.R
│   ├── DA-test-multiple-groups.R
│   ├── DA-test-two-groups.R
│   ├── abundances-methods.R
│   ├── aggregate-taxa.R
│   ├── assignment-methods.R
│   ├── confounder.R
│   ├── data.R
│   ├── extract-methods.R
│   ├── import-biobakery-lefse_in.R
│   ├── import-dada2.R
│   ├── import-picrust2.R
│   ├── import-qiime2.R
│   ├── lefse-utilities.R
│   ├── microbiomeMarker.R
│   ├── normalization.R
│   ├── plot-abundance.R
│   ├── plot-cladogram.R
│   ├── plot-comparing.R
│   ├── plot-effect-size.R
│   ├── plot-heatmap.R
│   ├── plot-postHocTest.R
│   ├── plot-sl-roc.R
│   ├── post-hoc-test.R
│   ├── reexports.R
│   ├── subset-marker.R
│   ├── summarize-taxa.R
│   ├── sysdata.rda
│   ├── test-utilities.R
│   ├── transform.R
│   └── utilities.R
├── README.Rmd
├── README.md
├── _pkgdown.yml
├── codecov.yml
├── data/
│   ├── caporaso.rda
│   ├── cid_ying.rda
│   ├── ecam.rda
│   ├── enterotypes_arumugam.rda
│   ├── kostic_crc.rda
│   ├── oxygen.rda
│   ├── pediatric_ibd.rda
│   └── spontaneous_colitis.rda
├── data-raw/
│   ├── available_ranks.R
│   └── data.R
├── inst/
│   ├── CITATION
│   └── extdata/
│       ├── dada2_samdata.txt
│       ├── dada2_seqtab.rds
│       ├── dada2_taxtab.rds
│       ├── picrust2_metadata.tsv
│       ├── refseq.qza
│       ├── sample-metadata.tsv
│       ├── table.qza
│       ├── taxonomy.qza
│       └── tree.qza
├── man/
│   ├── abundances-methods.Rd
│   ├── aggregate_taxa.Rd
│   ├── assign-marker_table.Rd
│   ├── assign-otu_table.Rd
│   ├── compare_DA.Rd
│   ├── confounder.Rd
│   ├── data-caporaso.Rd
│   ├── data-cid_ying.Rd
│   ├── data-ecam.Rd
│   ├── data-enterotypes_arumugam.Rd
│   ├── data-kostic_crc.Rd
│   ├── data-oxygen.Rd
│   ├── data-pediatric_ibd.Rd
│   ├── data-spontaneous_colitis.Rd
│   ├── effect_size-plot.Rd
│   ├── extract-methods.Rd
│   ├── extract_posthoc_res.Rd
│   ├── figures/
│   │   └── sticker.R
│   ├── get_treedata_phyloseq.Rd
│   ├── import_dada2.Rd
│   ├── import_picrust2.Rd
│   ├── import_qiime2.Rd
│   ├── marker_table-class.Rd
│   ├── marker_table-methods.Rd
│   ├── microbiomeMarker-class.Rd
│   ├── microbiomeMarker-package.Rd
│   ├── microbiomeMarker.Rd
│   ├── nmarker-methods.Rd
│   ├── normalize-methods.Rd
│   ├── phyloseq2DESeq2.Rd
│   ├── phyloseq2edgeR.Rd
│   ├── phyloseq2metagenomeSeq.Rd
│   ├── plot.compareDA.Rd
│   ├── plot_abundance.Rd
│   ├── plot_cladogram.Rd
│   ├── plot_heatmap.Rd
│   ├── plot_postHocTest.Rd
│   ├── plot_sl_roc.Rd
│   ├── postHocTest-class.Rd
│   ├── postHocTest.Rd
│   ├── reexports.Rd
│   ├── run_aldex.Rd
│   ├── run_ancom.Rd
│   ├── run_ancombc.Rd
│   ├── run_deseq2.Rd
│   ├── run_edger.Rd
│   ├── run_lefse.Rd
│   ├── run_limma_voom.Rd
│   ├── run_marker.Rd
│   ├── run_metagenomeseq.Rd
│   ├── run_posthoc_test.Rd
│   ├── run_simple_stat.Rd
│   ├── run_sl.Rd
│   ├── run_test_multiple_groups.Rd
│   ├── run_test_two_groups.Rd
│   ├── subset_marker.Rd
│   ├── summarize_taxa.Rd
│   ├── summary.compareDA.Rd
│   └── transform_abundances.Rd
├── tests/
│   ├── testthat/
│   │   ├── _snaps/
│   │   │   ├── ancom.md
│   │   │   ├── edgeR.md
│   │   │   ├── lefse.md
│   │   │   ├── limma-voom.md
│   │   │   ├── multiple-groups-test.md
│   │   │   └── two-group-test.md
│   │   ├── data/
│   │   │   ├── ancom-zero.csv
│   │   │   ├── ancom-zero_neg_lb.csv
│   │   │   ├── data_tax_duplicate.rds
│   │   │   └── generate_cladogram_annotation.rds
│   │   ├── test-abundances.R
│   │   ├── test-aldex.R
│   │   ├── test-ancom.R
│   │   ├── test-ancombc.R
│   │   ├── test-assignment.R
│   │   ├── test-barplot.R
│   │   ├── test-comparing.R
│   │   ├── test-confounder.R
│   │   ├── test-edgeR.R
│   │   ├── test-extract.R
│   │   ├── test-import-picrust2.R
│   │   ├── test-import-qiime2.R
│   │   ├── test-lefse-input.R
│   │   ├── test-lefse.R
│   │   ├── test-limma-voom.R
│   │   ├── test-metagenomeSeq.R
│   │   ├── test-microbiomeMaker-methods.R
│   │   ├── test-microbiomeMarker-class.R
│   │   ├── test-multiple-groups-test.R
│   │   ├── test-normalization.R
│   │   ├── test-sl.R
│   │   ├── test-summarize-tax.R
│   │   ├── test-transform.R
│   │   ├── test-two-group-test.R
│   │   ├── test-utilities.R
│   │   ├── test_cladogram.R
│   │   └── test_fix_duplicate_tax.R
│   └── testthat.R
└── vignettes/
    ├── .gitignore
    ├── microbiomeMarker-vignette.Rmd
    └── vignette.bib