gitextract_q28lv__2/

├── .github/
│   ├── config/
│   │   ├── check_env.sh
│   │   ├── linux_win_env.yml
│   │   ├── macos_env.yml
│   │   ├── matplotlibrc_agg
│   │   └── matplotlibrc_qtagg
│   ├── fetch_test.txt
│   └── workflows/
│       ├── deploy_pypi.yml
│       ├── mac.yml
│       ├── ubuntu.yml
│       └── win.yml
├── .gitignore
├── .pylintrc
├── .readthedocs.yml
├── .style.yapf
├── Dockerfile
├── LICENSE
├── MANIFEST.in
├── Makefile
├── README.md
├── conda_env/
│   ├── cpu.yml
│   ├── cuda118.yml
│   ├── cuda121.yml
│   ├── devtools/
│   │   ├── extra_env.yml
│   │   └── rtd_env.yml
│   └── osx.yml
├── docker/
│   ├── cpu/
│   │   └── Dockerfile
│   ├── cuda10/
│   │   └── Dockerfile
│   ├── cuda11/
│   │   └── Dockerfile
│   └── cuda9/
│       └── Dockerfile
├── docs/
│   ├── Makefile
│   ├── make.bat
│   └── source/
│       ├── _static/
│       │   ├── css/
│       │   │   └── container.css
│       │   └── placehoder
│       ├── _templates/
│       │   ├── layout.html
│       │   └── placehoder
│       ├── api.rst
│       ├── books.rst
│       ├── changes.rst
│       ├── conf.py
│       ├── contact.rst
│       ├── contribution.rst
│       ├── copyright.rst
│       ├── features.rst
│       ├── index.rst
│       ├── installation.rst
│       ├── modules.rst
│       ├── setup.rst
│       ├── tutorial.rst
│       ├── tutorials/
│       │   ├── 1-dataset.rst
│       │   ├── 2-descriptor.rst
│       │   ├── 3-visualization.rst
│       │   ├── 4-random_nn_model_and_training.ipynb
│       │   ├── 5-pre-trained_model_library.ipynb
│       │   ├── 6-transfer_learning.ipynb
│       │   └── 7-inverse-design.ipynb
│       ├── xenonpy.contrib.extend_descriptors.descriptor.rst
│       ├── xenonpy.contrib.extend_descriptors.rst
│       ├── xenonpy.contrib.ismd.rst
│       ├── xenonpy.contrib.rst
│       ├── xenonpy.datatools.rst
│       ├── xenonpy.descriptor.rst
│       ├── xenonpy.inverse.iqspr.rst
│       ├── xenonpy.inverse.rst
│       ├── xenonpy.mdl.rst
│       ├── xenonpy.model.nn.rst
│       ├── xenonpy.model.rst
│       ├── xenonpy.model.training.dataset.rst
│       ├── xenonpy.model.training.extension.rst
│       ├── xenonpy.model.training.rst
│       ├── xenonpy.model.utils.rst
│       ├── xenonpy.rst
│       ├── xenonpy.utils.math.rst
│       ├── xenonpy.utils.rst
│       └── xenonpy.visualization.rst
├── hooks/
│   └── build
├── licences/
│   └── .gitkeep
├── mi_book/
│   ├── README.md
│   ├── common_setting.ipynb
│   ├── exercise_11.ipynb
│   ├── exercise_12.ipynb
│   ├── exercise_13.ipynb
│   ├── exercise_14.ipynb
│   ├── exercise_15.ipynb
│   ├── exercise_18.ipynb
│   ├── exercise_19.ipynb
│   ├── exercise_2-10.ipynb
│   ├── exercise_20.ipynb
│   ├── exercise_21.ipynb
│   ├── exercise_22.ipynb
│   ├── output/
│   │   └── .gitkeep
│   ├── retrieve_materials_project.ipynb
│   └── tools.ipynb
├── requirements.txt
├── samples/
│   ├── CSP_with_element_substitution.ipynb
│   ├── calculate_descriptors.ipynb
│   ├── custom_descriptor_calculator.ipynb
│   ├── data/
│   │   └── Dataset_I.csv
│   ├── dataset_and_preset.ipynb
│   ├── iQSPR.ipynb
│   ├── iSMD.ipynb
│   ├── kernel_neural_network.ipynb
│   ├── mp_ids.txt
│   ├── nn_model_build.ipynb
│   ├── pre-trained_model_library.ipynb
│   ├── predict_hypermaterials/
│   │   ├── OTHERS_data.csv
│   │   ├── QC_AC_data.csv
│   │   ├── model_training_and_vitural_screening.ipynb
│   │   ├── tools.ipynb
│   │   └── training_data.csv
│   ├── process_dataset_usgs.ipynb
│   ├── random_nn_model_and_training.ipynb
│   ├── sample_data_building.ipynb
│   ├── set1/
│   │   ├── data1.csv
│   │   ├── data1.msg
│   │   ├── data1.pd.xz
│   │   └── data1.pkl.z
│   ├── set2/
│   │   ├── data2.csv
│   │   ├── data2.msg
│   │   ├── data2.pd.xz
│   │   └── data2.pkl.z
│   ├── tools.ipynb
│   ├── transfer_learning.ipynb
│   └── visualization.ipynb
├── setup.cfg
├── setup.py
├── tests/
│   ├── contrib/
│   │   ├── descriptor/
│   │   │   └── test_mordred.py
│   │   └── ismd/
│   │       ├── test_reactant_pool.py
│   │       └── test_reactor.py
│   ├── datatools/
│   │   ├── ids.txt
│   │   ├── test_dataset.py
│   │   ├── test_preset.py
│   │   ├── test_scaler.py
│   │   └── test_splitter.py
│   ├── descriptor/
│   │   ├── 1.cif
│   │   ├── 2.cif
│   │   ├── test_base_desc.py
│   │   ├── test_crystal_graph.py
│   │   ├── test_elemental.py
│   │   ├── test_fingerprint.py
│   │   ├── test_frozen_feature.py
│   │   └── test_structures.py
│   ├── inverse/
│   │   ├── polymer_test_data.csv
│   │   ├── test_base_inverse.py
│   │   └── test_iqspr.py
│   ├── mdl/
│   │   └── test_mdl.py
│   ├── models/
│   │   ├── test_base_runner.py
│   │   ├── test_checker.py
│   │   ├── test_extension.py
│   │   ├── test_sequential.py
│   │   ├── test_trainer.py
│   │   ├── test_utils.py
│   │   └── test_wrapped.py
│   └── utils/
│       ├── test_gadget.py
│       ├── test_parameter_gen.py
│       └── test_product.py
└── xenonpy/
    ├── __doc__.py
    ├── __init__.py
    ├── __main__.py
    ├── _conf.py
    ├── conf.yml
    ├── contrib/
    │   ├── README.md
    │   ├── __init__.py
    │   ├── extend_descriptors/
    │   │   ├── README.md
    │   │   ├── __init__.py
    │   │   └── descriptor/
    │   │       ├── __init__.py
    │   │       ├── frozen_featurizer_descriptor.py
    │   │       ├── mordred_descriptor.py
    │   │       └── organic_comp_descriptor.py
    │   ├── ismd/
    │   │   ├── README.md
    │   │   ├── __init__.py
    │   │   ├── reactant_pool.py
    │   │   └── reactor.py
    │   └── sample_codes/
    │       ├── Binary_likelihood/
    │       │   └── binary_likelihood.ipynb
    │       ├── Fragment_Ngram/
    │       │   └── Fragment_Ngram.ipynb
    │       ├── README.md
    │       ├── Random_NN_structure/
    │       │   └── randNN_structures.ipynb
    │       ├── combine_fragments/
    │       │   └── combine_fragments.py
    │       └── iQSPR_V/
    │           ├── iQSPR_F.py
    │           ├── iQSPR_V.py
    │           └── iQSPR_VF.py
    ├── datatools/
    │   ├── __init__.py
    │   ├── dataset.py
    │   ├── mp_ids.txt
    │   ├── preset.py
    │   ├── splitter.py
    │   └── transform.py
    ├── descriptor/
    │   ├── __init__.py
    │   ├── base.py
    │   ├── cgcnn.py
    │   ├── compositions.py
    │   ├── fingerprint.py
    │   ├── frozen_featurizer.py
    │   └── structure.py
    ├── inverse/
    │   ├── __init__.py
    │   ├── base.py
    │   └── iqspr/
    │       ├── __init__.py
    │       ├── estimator.py
    │       ├── iqspr.py
    │       ├── iqspr4df.py
    │       └── modifier.py
    ├── mdl/
    │   ├── __init__.py
    │   ├── base.py
    │   ├── descriptor.py
    │   ├── mdl.py
    │   ├── method.py
    │   ├── model.py
    │   ├── modelset.py
    │   └── property.py
    ├── model/
    │   ├── __init__.py
    │   ├── cgcnn.py
    │   ├── extern.py
    │   ├── nn/
    │   │   ├── __init__.py
    │   │   ├── layer.py
    │   │   └── wrap.py
    │   ├── sequential.py
    │   ├── training/
    │   │   ├── __init__.py
    │   │   ├── base.py
    │   │   ├── checker.py
    │   │   ├── clip_grad.py
    │   │   ├── dataset/
    │   │   │   ├── __init__.py
    │   │   │   ├── array.py
    │   │   │   └── cgcnn.py
    │   │   ├── extension/
    │   │   │   ├── __init__.py
    │   │   │   ├── persist.py
    │   │   │   ├── tensor_convert.py
    │   │   │   └── validator.py
    │   │   ├── loss.py
    │   │   ├── lr_scheduler.py
    │   │   ├── optimizer.py
    │   │   └── trainer.py
    │   └── utils/
    │       ├── __init__.py
    │       └── metrics.py
    ├── utils/
    │   ├── __init__.py
    │   ├── math/
    │   │   ├── __init__.py
    │   │   └── product.py
    │   ├── parameter_gen.py
    │   ├── useful_cls.py
    │   └── useful_func.py
    └── visualization/
        ├── __init__.py
        └── heatmap.py