gitextract_qdvf8_62/ ├── .codecov.yml ├── .coveragerc ├── .git-blame-ignore-revs ├── .github/ │ ├── CODEOWNERS │ ├── ISSUE_TEMPLATE.md │ ├── PULL_REQUEST_TEMPLATE.md │ ├── config.yml │ ├── dependabot.yml │ ├── mergeable.yml │ └── workflows/ │ ├── bleeding-edge.yaml │ ├── build-test.yaml │ ├── type-checking.yaml │ └── wheels.yaml ├── .gitignore ├── .gitmodules ├── .hgchurn ├── .hgtags ├── .mailmap ├── .pre-commit-config.yaml ├── .tours/ │ └── particle-indexing.tour ├── CITATION ├── CONTRIBUTING.rst ├── COPYING.txt ├── CREDITS ├── MANIFEST.in ├── README.md ├── clean.sh ├── conftest.py ├── doc/ │ ├── Makefile │ ├── README │ ├── activate │ ├── activate.csh │ ├── cheatsheet.tex │ ├── docstring_idioms.txt │ ├── extensions/ │ │ ├── README │ │ ├── config_help.py │ │ ├── pythonscript_sphinxext.py │ │ ├── yt_colormaps.py │ │ ├── yt_cookbook.py │ │ └── yt_showfields.py │ ├── helper_scripts/ │ │ ├── code_support.py │ │ ├── parse_cb_list.py │ │ ├── parse_dq_list.py │ │ ├── parse_object_list.py │ │ ├── run_recipes.py │ │ ├── show_fields.py │ │ ├── split_auto.py │ │ └── table.py │ └── source/ │ ├── _static/ │ │ └── custom.css │ ├── _templates/ │ │ ├── autosummary/ │ │ │ └── class.rst │ │ └── layout.html │ ├── about/ │ │ └── index.rst │ ├── analyzing/ │ │ ├── Particle_Trajectories.ipynb │ │ ├── _static/ │ │ │ ├── axes.c │ │ │ ├── axes.h │ │ │ ├── axes_calculator.pyx │ │ │ └── axes_calculator_setup.txt │ │ ├── astropy_integrations.rst │ │ ├── domain_analysis/ │ │ │ ├── XrayEmissionFields.ipynb │ │ │ ├── clump_finding.rst │ │ │ ├── cosmology_calculator.rst │ │ │ ├── index.rst │ │ │ └── xray_data_README.rst │ │ ├── fields.rst │ │ ├── filtering.rst │ │ ├── generating_processed_data.rst │ │ ├── index.rst │ │ ├── ionization_cube.py │ │ ├── mesh_filter.ipynb │ │ ├── objects.rst │ │ ├── parallel_computation.rst │ │ ├── particle_filter.ipynb │ │ ├── saving_data.rst │ │ ├── time_series_analysis.rst │ │ └── units.rst │ ├── conf.py │ ├── cookbook/ │ │ ├── amrkdtree_downsampling.py │ │ ├── annotate_timestamp_and_scale.py │ │ ├── annotations.py │ │ ├── average_value.py │ │ ├── calculating_information.rst │ │ ├── camera_movement.py │ │ ├── changing_label_formats.py │ │ ├── colormaps.py │ │ ├── complex_plots.rst │ │ ├── constructing_data_objects.rst │ │ ├── contours_on_slice.py │ │ ├── count.sh │ │ ├── custom_camera_volume_rendering.py │ │ ├── custom_colorbar_tickmarks.ipynb │ │ ├── custom_transfer_function_volume_rendering.py │ │ ├── customized_phase_plot.py │ │ ├── customized_profile_plot.py │ │ ├── derived_field.py │ │ ├── downsampling_amr.py │ │ ├── extract_fixed_resolution_data.py │ │ ├── find_clumps.py │ │ ├── fits_radio_cubes.ipynb │ │ ├── fits_xray_images.ipynb │ │ ├── geographic_xforms_and_projections.ipynb │ │ ├── global_phase_plots.py │ │ ├── hse_field.py │ │ ├── image_background_colors.py │ │ ├── image_resolution.py │ │ ├── index.rst │ │ ├── matplotlib-animation.py │ │ ├── multi_plot_3x2_FRB.py │ │ ├── multi_plot_slice_and_proj.py │ │ ├── multi_width_image.py │ │ ├── multiplot_2x2.py │ │ ├── multiplot_2x2_coordaxes_slice.py │ │ ├── multiplot_2x2_time_series.py │ │ ├── multiplot_export_to_mpl.py │ │ ├── multiplot_phaseplot.py │ │ ├── notebook_tutorial.rst │ │ ├── offaxis_projection.py │ │ ├── offaxis_projection_colorbar.py │ │ ├── opaque_rendering.py │ │ ├── overplot_grids.py │ │ ├── overplot_particles.py │ │ ├── particle_filter.py │ │ ├── particle_filter_sfr.py │ │ ├── particle_one_color_plot.py │ │ ├── particle_xvz_plot.py │ │ ├── particle_xy_plot.py │ │ ├── power_spectrum_example.py │ │ ├── profile_with_standard_deviation.py │ │ ├── rad_velocity.py │ │ ├── radial_profile_styles.py │ │ ├── render_two_fields.py │ │ ├── render_two_fields_tf.py │ │ ├── rendering_with_box_and_grids.py │ │ ├── show_hide_axes_colorbar.py │ │ ├── sigma_clip.py │ │ ├── simple_1d_line_plot.py │ │ ├── simple_contour_in_slice.py │ │ ├── simple_off_axis_projection.py │ │ ├── simple_off_axis_slice.py │ │ ├── simple_pdf.py │ │ ├── simple_phase.py │ │ ├── simple_plots.rst │ │ ├── simple_profile.py │ │ ├── simple_projection.py │ │ ├── simple_projection_methods.py │ │ ├── simple_projection_stddev.py │ │ ├── simple_projection_weighted.py │ │ ├── simple_radial_profile.py │ │ ├── simple_slice.py │ │ ├── simple_slice_matplotlib_example.py │ │ ├── simple_slice_with_multiple_fields.py │ │ ├── simple_volume_rendering.py │ │ ├── simulation_analysis.py │ │ ├── streamlines.py │ │ ├── streamlines_isocontour.py │ │ ├── sum_mass_in_sphere.py │ │ ├── surface_plot.py │ │ ├── tests/ │ │ │ └── test_cookbook.py │ │ ├── thin_slice_projection.py │ │ ├── time_series.py │ │ ├── time_series_profiles.py │ │ ├── tipsy_and_yt.ipynb │ │ ├── various_lens.py │ │ ├── velocity_vectors_on_slice.py │ │ ├── vol-annotated.py │ │ ├── vol-lines.py │ │ ├── vol-points.py │ │ ├── yt_gadget_analysis.ipynb │ │ ├── yt_gadget_owls_analysis.ipynb │ │ └── zoomin_frames.py │ ├── developing/ │ │ ├── building_the_docs.rst │ │ ├── creating_datatypes.rst │ │ ├── creating_derived_fields.rst │ │ ├── creating_frontend.rst │ │ ├── debugdrive.rst │ │ ├── deprecating_features.rst │ │ ├── developing.rst │ │ ├── extensions.rst │ │ ├── external_analysis.rst │ │ ├── index.rst │ │ ├── releasing.rst │ │ └── testing.rst │ ├── examining/ │ │ ├── Loading_Data_via_Functions.ipynb │ │ ├── Loading_Generic_Array_Data.ipynb │ │ ├── Loading_Generic_Particle_Data.ipynb │ │ ├── Loading_Spherical_Data.ipynb │ │ ├── index.rst │ │ ├── loading_data.rst │ │ └── low_level_inspection.rst │ ├── faq/ │ │ └── index.rst │ ├── help/ │ │ └── index.rst │ ├── index.rst │ ├── installing.rst │ ├── intro/ │ │ └── index.rst │ ├── quickstart/ │ │ ├── 1)_Introduction.ipynb │ │ ├── 2)_Data_Inspection.ipynb │ │ ├── 3)_Simple_Visualization.ipynb │ │ ├── 4)_Data_Objects_and_Time_Series.ipynb │ │ ├── 5)_Derived_Fields_and_Profiles.ipynb │ │ ├── 6)_Volume_Rendering.ipynb │ │ └── index.rst │ ├── reference/ │ │ ├── api/ │ │ │ └── api.rst │ │ ├── changelog.rst │ │ ├── code_support.rst │ │ ├── command-line.rst │ │ ├── configuration.rst │ │ ├── demeshening.rst │ │ ├── field_list.rst │ │ ├── index.rst │ │ └── python_introduction.rst │ ├── visualizing/ │ │ ├── FITSImageData.ipynb │ │ ├── TransferFunctionHelper_Tutorial.ipynb │ │ ├── Volume_Rendering_Tutorial.ipynb │ │ ├── callbacks.rst │ │ ├── colormaps/ │ │ │ ├── cmap_images.py │ │ │ └── index.rst │ │ ├── geographic_projections_and_transforms.rst │ │ ├── index.rst │ │ ├── interactive_data_visualization.rst │ │ ├── manual_plotting.rst │ │ ├── mapserver.rst │ │ ├── plots.rst │ │ ├── sketchfab.rst │ │ ├── streamlines.rst │ │ ├── unstructured_mesh_rendering.rst │ │ ├── visualizing_particle_datasets_with_firefly.rst │ │ └── volume_rendering.rst │ ├── yt3differences.rst │ └── yt4differences.rst ├── nose_answer.cfg ├── nose_ignores ├── nose_unit.cfg ├── pyproject.toml ├── setup.py ├── setupext.py ├── tests/ │ ├── DD0000/ │ │ ├── moving7_0000 │ │ ├── moving7_0000.boundary │ │ ├── moving7_0000.boundary.hdf │ │ ├── moving7_0000.grid0001 │ │ ├── moving7_0000.grid0002 │ │ ├── moving7_0000.grid0003 │ │ └── moving7_0000.hierarchy │ ├── DD0010/ │ │ ├── moving7_0010 │ │ ├── moving7_0010.boundary │ │ ├── moving7_0010.boundary.hdf │ │ ├── moving7_0010.cpu0000 │ │ ├── moving7_0010.hierarchy │ │ └── moving7_0010.procmap │ ├── README │ ├── ci_install.sh │ ├── local001.bak │ ├── local001.dir │ ├── matplotlibrc │ ├── nose_runner.py │ ├── pytest_runner.py │ ├── report_failed_answers.py │ ├── tests.yaml │ └── unpin_requirements.py └── yt/ ├── __init__.py ├── _maintenance/ │ ├── __init__.py │ ├── backports.py │ ├── deprecation.py │ ├── ipython_compat.py │ └── numpy2_compat.py ├── _typing.py ├── _version.py ├── analysis_modules/ │ ├── __init__.py │ ├── absorption_spectrum/ │ │ ├── __init__.py │ │ └── api.py │ ├── cosmological_observation/ │ │ ├── __init__.py │ │ └── api.py │ ├── halo_analysis/ │ │ ├── __init__.py │ │ └── api.py │ ├── halo_finding/ │ │ ├── __init__.py │ │ └── api.py │ ├── halo_mass_function/ │ │ ├── __init__.py │ │ └── api.py │ ├── level_sets/ │ │ ├── __init__.py │ │ └── api.py │ ├── particle_trajectories/ │ │ ├── __init__.py │ │ └── api.py │ ├── photon_simulator/ │ │ ├── __init__.py │ │ └── api.py │ ├── ppv_cube/ │ │ ├── __init__.py │ │ └── api.py │ ├── radmc3d_export/ │ │ ├── __init__.py │ │ └── api.py │ ├── spectral_integrator/ │ │ ├── __init__.py │ │ └── api.py │ ├── star_analysis/ │ │ ├── __init__.py │ │ └── api.py │ ├── sunrise_export/ │ │ ├── __init__.py │ │ └── api.py │ ├── sunyaev_zeldovich/ │ │ ├── __init__.py │ │ └── api.py │ └── two_point_functions/ │ ├── __init__.py │ └── api.py ├── api.py ├── arraytypes.py ├── config.py ├── data_objects/ │ ├── __init__.py │ ├── analyzer_objects.py │ ├── api.py │ ├── construction_data_containers.py │ ├── data_containers.py │ ├── derived_quantities.py │ ├── field_data.py │ ├── image_array.py │ ├── index_subobjects/ │ │ ├── __init__.py │ │ ├── grid_patch.py │ │ ├── octree_subset.py │ │ ├── particle_container.py │ │ ├── stretched_grid.py │ │ └── unstructured_mesh.py │ ├── level_sets/ │ │ ├── __init__.py │ │ ├── api.py │ │ ├── clump_handling.py │ │ ├── clump_info_items.py │ │ ├── clump_tools.py │ │ ├── clump_validators.py │ │ ├── contour_finder.py │ │ └── tests/ │ │ ├── __init__.py │ │ └── test_clump_finding.py │ ├── particle_filters.py │ ├── particle_trajectories.py │ ├── particle_unions.py │ ├── profiles.py │ ├── region_expression.py │ ├── selection_objects/ │ │ ├── __init__.py │ │ ├── boolean_operations.py │ │ ├── cut_region.py │ │ ├── data_selection_objects.py │ │ ├── disk.py │ │ ├── object_collection.py │ │ ├── point.py │ │ ├── ray.py │ │ ├── region.py │ │ ├── slices.py │ │ └── spheroids.py │ ├── static_output.py │ ├── tests/ │ │ ├── __init__.py │ │ ├── test_add_field.py │ │ ├── test_bbox.py │ │ ├── test_boolean_regions.py │ │ ├── test_center_squeeze.py │ │ ├── test_chunking.py │ │ ├── test_clone.py │ │ ├── test_compose.py │ │ ├── test_connected_sets.py │ │ ├── test_covering_grid.py │ │ ├── test_cut_region_chaining.py │ │ ├── test_cutting_plane.py │ │ ├── test_data_collection.py │ │ ├── test_data_containers.py │ │ ├── test_dataset_access.py │ │ ├── test_derived_quantities.py │ │ ├── test_disks.py │ │ ├── test_ellipsoid.py │ │ ├── test_exclude_functions.py │ │ ├── test_extract_regions.py │ │ ├── test_firefly.py │ │ ├── test_fluxes.py │ │ ├── test_image_array.py │ │ ├── test_io_geometry.py │ │ ├── test_numpy_ops.py │ │ ├── test_octree.py │ │ ├── test_ortho_rays.py │ │ ├── test_particle_filter.py │ │ ├── test_particle_trajectories.py │ │ ├── test_particle_trajectories_pytest.py │ │ ├── test_pickling.py │ │ ├── test_points.py │ │ ├── test_print_stats.py │ │ ├── test_profiles.py │ │ ├── test_projection.py │ │ ├── test_rays.py │ │ ├── test_refinement.py │ │ ├── test_regions.py │ │ ├── test_registration.py │ │ ├── test_slice.py │ │ ├── test_sph_data_objects.py │ │ ├── test_spheres.py │ │ ├── test_time_series.py │ │ └── test_units_override.py │ ├── time_series.py │ └── unions.py ├── default.mplstyle ├── extensions/ │ └── __init__.py ├── exthook.py ├── fields/ │ ├── __init__.py │ ├── angular_momentum.py │ ├── api.py │ ├── astro_fields.py │ ├── astro_simulations.py │ ├── cosmology_fields.py │ ├── derived_field.py │ ├── domain_context.py │ ├── field_aliases.py │ ├── field_detector.py │ ├── field_exceptions.py │ ├── field_functions.py │ ├── field_info_container.py │ ├── field_plugin_registry.py │ ├── field_type_container.py │ ├── fluid_fields.py │ ├── fluid_vector_fields.py │ ├── geometric_fields.py │ ├── interpolated_fields.py │ ├── local_fields.py │ ├── magnetic_field.py │ ├── my_plugin_fields.py │ ├── particle_fields.py │ ├── species_fields.py │ ├── tensor_fields.py │ ├── tests/ │ │ ├── __init__.py │ │ ├── test_ambiguous_fields.py │ │ ├── test_angular_momentum.py │ │ ├── test_field_access.py │ │ ├── test_field_access_pytest.py │ │ ├── test_field_name_container.py │ │ ├── test_fields.py │ │ ├── test_fields_plugins.py │ │ ├── test_fields_pytest.py │ │ ├── test_magnetic_fields.py │ │ ├── test_particle_fields.py │ │ ├── test_species_fields.py │ │ ├── test_sph_fields.py │ │ ├── test_vector_fields.py │ │ └── test_xray_fields.py │ ├── vector_operations.py │ └── xray_emission_fields.py ├── frontends/ │ ├── __init__.py │ ├── _skeleton/ │ │ ├── __init__.py │ │ ├── api.py │ │ ├── data_structures.py │ │ ├── definitions.py │ │ ├── fields.py │ │ ├── io.py │ │ └── misc.py │ ├── adaptahop/ │ │ ├── __init__.py │ │ ├── api.py │ │ ├── data_structures.py │ │ ├── definitions.py │ │ ├── fields.py │ │ ├── io.py │ │ └── tests/ │ │ ├── __init__.py │ │ └── test_outputs.py │ ├── ahf/ │ │ ├── __init__.py │ │ ├── api.py │ │ ├── data_structures.py │ │ ├── fields.py │ │ ├── io.py │ │ └── tests/ │ │ ├── __init__.py │ │ └── test_outputs.py │ ├── amrex/ │ │ ├── __init__.py │ │ ├── api.py │ │ ├── data_structures.py │ │ ├── definitions.py │ │ ├── fields.py │ │ ├── io.py │ │ ├── misc.py │ │ └── tests/ │ │ ├── __init__.py │ │ ├── test_field_parsing.py │ │ └── test_outputs.py │ ├── amrvac/ │ │ ├── __init__.py │ │ ├── api.py │ │ ├── data_structures.py │ │ ├── datfile_utils.py │ │ ├── definitions.py │ │ ├── fields.py │ │ ├── io.py │ │ └── tests/ │ │ ├── __init__.py │ │ ├── sample_parfiles/ │ │ │ ├── bw_3d.par │ │ │ └── tvdlf_scheme.par │ │ ├── test_outputs.py │ │ ├── test_read_amrvac_namelist.py │ │ └── test_units_override.py │ ├── api.py │ ├── arepo/ │ │ ├── __init__.py │ │ ├── api.py │ │ ├── data_structures.py │ │ ├── fields.py │ │ ├── io.py │ │ └── tests/ │ │ ├── __init__.py │ │ └── test_outputs.py │ ├── art/ │ │ ├── __init__.py │ │ ├── api.py │ │ ├── data_structures.py │ │ ├── definitions.py │ │ ├── fields.py │ │ ├── io.py │ │ └── tests/ │ │ ├── __init__.py │ │ └── test_outputs.py │ ├── artio/ │ │ ├── __init__.py │ │ ├── _artio_caller.pyx │ │ ├── api.py │ │ ├── artio_headers/ │ │ │ ├── LICENSE │ │ │ ├── artio.c │ │ │ ├── artio.h │ │ │ ├── artio_endian.c │ │ │ ├── artio_endian.h │ │ │ ├── artio_file.c │ │ │ ├── artio_grid.c │ │ │ ├── artio_internal.h │ │ │ ├── artio_mpi.c │ │ │ ├── artio_mpi.h │ │ │ ├── artio_parameter.c │ │ │ ├── artio_particle.c │ │ │ ├── artio_posix.c │ │ │ ├── artio_selector.c │ │ │ ├── artio_sfc.c │ │ │ ├── cosmology.c │ │ │ └── cosmology.h │ │ ├── data_structures.py │ │ ├── definitions.py │ │ ├── fields.py │ │ ├── io.py │ │ └── tests/ │ │ ├── __init__.py │ │ └── test_outputs.py │ ├── athena/ │ │ ├── __init__.py │ │ ├── api.py │ │ ├── data_structures.py │ │ ├── definitions.py │ │ ├── fields.py │ │ ├── io.py │ │ ├── misc.py │ │ └── tests/ │ │ ├── __init__.py │ │ └── test_outputs.py │ ├── athena_pp/ │ │ ├── __init__.py │ │ ├── api.py │ │ ├── data_structures.py │ │ ├── definitions.py │ │ ├── fields.py │ │ ├── io.py │ │ ├── misc.py │ │ └── tests/ │ │ ├── __init__.py │ │ └── test_outputs.py │ ├── boxlib/ │ │ ├── __init__.py │ │ ├── _deprecation.py │ │ ├── api.py │ │ ├── data_structures/ │ │ │ └── __init__.py │ │ ├── fields/ │ │ │ └── __init__.py │ │ ├── io/ │ │ │ └── __init__.py │ │ └── tests/ │ │ ├── __init__.py │ │ ├── test_boxlib_deprecation.py │ │ └── test_outputs.py │ ├── cf_radial/ │ │ ├── __init__.py │ │ ├── api.py │ │ ├── data_structures.py │ │ ├── fields.py │ │ ├── io.py │ │ └── tests/ │ │ ├── __init__.py │ │ ├── test_cf_radial_pytest.py │ │ └── test_outputs.py │ ├── chimera/ │ │ ├── __init__.py │ │ ├── api.py │ │ ├── data_structures.py │ │ ├── definitions.py │ │ ├── fields.py │ │ ├── io.py │ │ ├── misc.py │ │ └── tests/ │ │ ├── __init__.py │ │ └── test_outputs.py │ ├── cholla/ │ │ ├── __init__.py │ │ ├── api.py │ │ ├── data_structures.py │ │ ├── definitions.py │ │ ├── fields.py │ │ ├── io.py │ │ ├── misc.py │ │ └── tests/ │ │ ├── __init__.py │ │ └── test_outputs.py │ ├── chombo/ │ │ ├── __init__.py │ │ ├── api.py │ │ ├── data_structures.py │ │ ├── definitions.py │ │ ├── fields.py │ │ ├── io.py │ │ ├── misc.py │ │ └── tests/ │ │ ├── __init__.py │ │ └── test_outputs.py │ ├── eagle/ │ │ ├── __init__.py │ │ ├── api.py │ │ ├── data_structures.py │ │ ├── definitions.py │ │ ├── fields.py │ │ ├── io.py │ │ └── tests/ │ │ ├── __init__.py │ │ └── test_outputs.py │ ├── enzo/ │ │ ├── __init__.py │ │ ├── answer_testing_support.py │ │ ├── api.py │ │ ├── data_structures.py │ │ ├── definitions.py │ │ ├── fields.py │ │ ├── io.py │ │ ├── misc.py │ │ ├── simulation_handling.py │ │ └── tests/ │ │ ├── __init__.py │ │ └── test_outputs.py │ ├── enzo_e/ │ │ ├── __init__.py │ │ ├── api.py │ │ ├── data_structures.py │ │ ├── definitions.py │ │ ├── fields.py │ │ ├── io.py │ │ ├── misc.py │ │ └── tests/ │ │ ├── __init__.py │ │ ├── test_misc.py │ │ └── test_outputs.py │ ├── exodus_ii/ │ │ ├── __init__.py │ │ ├── api.py │ │ ├── data_structures.py │ │ ├── definitions.py │ │ ├── fields.py │ │ ├── io.py │ │ ├── misc.py │ │ ├── simulation_handling.py │ │ ├── tests/ │ │ │ ├── __init__.py │ │ │ └── test_outputs.py │ │ └── util.py │ ├── fits/ │ │ ├── __init__.py │ │ ├── api.py │ │ ├── data_structures.py │ │ ├── definitions.py │ │ ├── fields.py │ │ ├── io.py │ │ ├── misc.py │ │ └── tests/ │ │ ├── __init__.py │ │ └── test_outputs.py │ ├── flash/ │ │ ├── __init__.py │ │ ├── api.py │ │ ├── data_structures.py │ │ ├── definitions.py │ │ ├── fields.py │ │ ├── io.py │ │ ├── misc.py │ │ └── tests/ │ │ ├── __init__.py │ │ └── test_outputs.py │ ├── gadget/ │ │ ├── __init__.py │ │ ├── api.py │ │ ├── data_structures.py │ │ ├── definitions.py │ │ ├── fields.py │ │ ├── io.py │ │ ├── simulation_handling.py │ │ ├── testing.py │ │ └── tests/ │ │ ├── __init__.py │ │ ├── test_gadget_pytest.py │ │ └── test_outputs.py │ ├── gadget_fof/ │ │ ├── __init__.py │ │ ├── api.py │ │ ├── data_structures.py │ │ ├── fields.py │ │ ├── io.py │ │ └── tests/ │ │ ├── __init__.py │ │ └── test_outputs.py │ ├── gamer/ │ │ ├── __init__.py │ │ ├── api.py │ │ ├── cfields.pyx │ │ ├── data_structures.py │ │ ├── definitions.py │ │ ├── fields.py │ │ ├── io.py │ │ ├── misc.py │ │ └── tests/ │ │ ├── __init__.py │ │ └── test_outputs.py │ ├── gdf/ │ │ ├── __init__.py │ │ ├── api.py │ │ ├── data_structures.py │ │ ├── definitions.py │ │ ├── fields.py │ │ ├── io.py │ │ ├── misc.py │ │ └── tests/ │ │ ├── __init__.py │ │ ├── conftest.py │ │ ├── test_outputs.py │ │ └── test_outputs_nose.py │ ├── gizmo/ │ │ ├── __init__.py │ │ ├── api.py │ │ ├── data_structures.py │ │ ├── fields.py │ │ └── tests/ │ │ ├── __init__.py │ │ └── test_outputs.py │ ├── halo_catalog/ │ │ ├── __init__.py │ │ ├── api.py │ │ ├── data_structures.py │ │ ├── fields.py │ │ ├── io.py │ │ └── tests/ │ │ ├── __init__.py │ │ └── test_outputs.py │ ├── http_stream/ │ │ ├── __init__.py │ │ ├── api.py │ │ ├── data_structures.py │ │ └── io.py │ ├── moab/ │ │ ├── __init__.py │ │ ├── api.py │ │ ├── data_structures.py │ │ ├── definitions.py │ │ ├── fields.py │ │ ├── io.py │ │ ├── misc.py │ │ └── tests/ │ │ ├── __init__.py │ │ └── test_c5.py │ ├── nc4_cm1/ │ │ ├── __init__.py │ │ ├── api.py │ │ ├── data_structures.py │ │ ├── fields.py │ │ ├── io.py │ │ └── tests/ │ │ ├── __init__.py │ │ └── test_outputs.py │ ├── open_pmd/ │ │ ├── __init__.py │ │ ├── api.py │ │ ├── data_structures.py │ │ ├── definitions.py │ │ ├── fields.py │ │ ├── io.py │ │ ├── misc.py │ │ └── tests/ │ │ ├── __init__.py │ │ └── test_outputs.py │ ├── owls/ │ │ ├── __init__.py │ │ ├── api.py │ │ ├── data_structures.py │ │ ├── fields.py │ │ ├── io.py │ │ ├── owls_ion_tables.py │ │ ├── simulation_handling.py │ │ └── tests/ │ │ ├── __init__.py │ │ └── test_outputs.py │ ├── owls_subfind/ │ │ ├── __init__.py │ │ ├── api.py │ │ ├── data_structures.py │ │ ├── fields.py │ │ ├── io.py │ │ └── tests/ │ │ ├── __init__.py │ │ └── test_outputs.py │ ├── parthenon/ │ │ ├── __init__.py │ │ ├── api.py │ │ ├── data_structures.py │ │ ├── definitions.py │ │ ├── fields.py │ │ ├── io.py │ │ ├── misc.py │ │ └── tests/ │ │ ├── __init__.py │ │ └── test_outputs.py │ ├── ramses/ │ │ ├── __init__.py │ │ ├── api.py │ │ ├── data_structures.py │ │ ├── definitions.py │ │ ├── field_handlers.py │ │ ├── fields.py │ │ ├── hilbert.py │ │ ├── io.py │ │ ├── io_utils.pyx │ │ ├── particle_handlers.py │ │ └── tests/ │ │ ├── __init__.py │ │ ├── test_file_sanitizer.py │ │ ├── test_hilbert.py │ │ ├── test_outputs.py │ │ └── test_outputs_pytest.py │ ├── rockstar/ │ │ ├── __init__.py │ │ ├── api.py │ │ ├── data_structures.py │ │ ├── definitions.py │ │ ├── fields.py │ │ ├── io.py │ │ └── tests/ │ │ ├── __init__.py │ │ └── test_outputs.py │ ├── sdf/ │ │ ├── __init__.py │ │ ├── api.py │ │ ├── data_structures.py │ │ ├── definitions.py │ │ ├── fields.py │ │ ├── io.py │ │ └── misc.py │ ├── sph/ │ │ ├── __init__.py │ │ ├── api.py │ │ ├── data_structures.py │ │ ├── fields.py │ │ └── io.py │ ├── stream/ │ │ ├── __init__.py │ │ ├── api.py │ │ ├── data_structures.py │ │ ├── definitions.py │ │ ├── fields.py │ │ ├── io.py │ │ ├── misc.py │ │ ├── sample_data/ │ │ │ ├── __init__.py │ │ │ ├── hexahedral_mesh.py │ │ │ └── tetrahedral_mesh.py │ │ └── tests/ │ │ ├── __init__.py │ │ ├── test_callable_grids.py │ │ ├── test_outputs.py │ │ ├── test_stream_amrgrids.py │ │ ├── test_stream_hexahedral.py │ │ ├── test_stream_octree.py │ │ ├── test_stream_particles.py │ │ ├── test_stream_species.py │ │ ├── test_stream_stretched.py │ │ ├── test_stream_unstructured.py │ │ └── test_update_data.py │ ├── swift/ │ │ ├── __init__.py │ │ ├── api.py │ │ ├── data_structures.py │ │ ├── fields.py │ │ ├── io.py │ │ └── tests/ │ │ ├── __init__.py │ │ └── test_outputs.py │ ├── tipsy/ │ │ ├── __init__.py │ │ ├── api.py │ │ ├── data_structures.py │ │ ├── definitions.py │ │ ├── fields.py │ │ ├── io.py │ │ └── tests/ │ │ ├── __init__.py │ │ └── test_outputs.py │ └── ytdata/ │ ├── __init__.py │ ├── api.py │ ├── data_structures.py │ ├── fields.py │ ├── io.py │ ├── tests/ │ │ ├── __init__.py │ │ ├── test_data_reload.py │ │ ├── test_old_outputs.py │ │ ├── test_outputs.py │ │ └── test_unit.py │ └── utilities.py ├── funcs.py ├── geometry/ │ ├── __init__.py │ ├── _selection_routines/ │ │ ├── always_selector.pxi │ │ ├── boolean_selectors.pxi │ │ ├── compose_selector.pxi │ │ ├── cut_region_selector.pxi │ │ ├── cutting_plane_selector.pxi │ │ ├── data_collection_selector.pxi │ │ ├── disk_selector.pxi │ │ ├── ellipsoid_selector.pxi │ │ ├── grid_selector.pxi │ │ ├── halo_particles_selector.pxi │ │ ├── indexed_octree_subset_selector.pxi │ │ ├── octree_subset_selector.pxi │ │ ├── ortho_ray_selector.pxi │ │ ├── point_selector.pxi │ │ ├── ray_selector.pxi │ │ ├── region_selector.pxi │ │ ├── selector_object.pxi │ │ ├── slice_selector.pxi │ │ └── sphere_selector.pxi │ ├── api.py │ ├── coordinates/ │ │ ├── __init__.py │ │ ├── api.py │ │ ├── cartesian_coordinates.py │ │ ├── coordinate_handler.py │ │ ├── cylindrical_coordinates.py │ │ ├── geographic_coordinates.py │ │ ├── polar_coordinates.py │ │ ├── spec_cube_coordinates.py │ │ ├── spherical_coordinates.py │ │ └── tests/ │ │ ├── __init__.py │ │ ├── test_axial_pixelization.py │ │ ├── test_cartesian_coordinates.py │ │ ├── test_cylindrical_coordinates.py │ │ ├── test_geographic_coordinates.py │ │ ├── test_polar_coordinates.py │ │ ├── test_sanitize_center.py │ │ ├── test_sph_pixelization.py │ │ ├── test_sph_pixelization_pytestonly.py │ │ └── test_spherical_coordinates.py │ ├── fake_octree.pyx │ ├── geometry_enum.py │ ├── geometry_handler.py │ ├── grid_container.pxd │ ├── grid_container.pyx │ ├── grid_geometry_handler.py │ ├── grid_visitors.pxd │ ├── grid_visitors.pyx │ ├── oct_container.pxd │ ├── oct_container.pyx │ ├── oct_geometry_handler.py │ ├── oct_visitors.pxd │ ├── oct_visitors.pyx │ ├── particle_deposit.pxd │ ├── particle_deposit.pyx │ ├── particle_geometry_handler.py │ ├── particle_oct_container.pyx │ ├── particle_smooth.pxd │ ├── particle_smooth.pyx │ ├── selection_routines.pxd │ ├── selection_routines.pyx │ ├── tests/ │ │ ├── __init__.py │ │ ├── fake_octree.py │ │ ├── test_ewah_write_load.py │ │ ├── test_geometries.py │ │ ├── test_grid_container.py │ │ ├── test_grid_index.py │ │ ├── test_particle_deposit.py │ │ ├── test_particle_octree.py │ │ └── test_pickleable_selections.py │ ├── unstructured_mesh_handler.py │ └── vectorized_ops.h ├── loaders.py ├── py.typed ├── sample_data/ │ ├── __init__.py │ └── api.py ├── sample_data_registry.json ├── startup_tasks.py ├── test_fake_amr_ds_particle_positions_within_domain.py ├── testing.py ├── tests/ │ ├── __init__.py │ ├── test_external_frontends.py │ ├── test_funcs.py │ ├── test_load_archive.py │ ├── test_load_errors.py │ ├── test_load_sample.py │ ├── test_testing.py │ └── test_version.py ├── units/ │ ├── __init__.py │ ├── _numpy_wrapper_functions.py │ ├── dimensions.py │ ├── equivalencies.py │ ├── physical_constants.py │ ├── tests/ │ │ ├── __init__.py │ │ └── test_magnetic_code_units.py │ ├── unit_lookup_table.py │ ├── unit_object.py │ ├── unit_registry.py │ ├── unit_symbols.py │ ├── unit_systems.py │ └── yt_array.py ├── utilities/ │ ├── __init__.py │ ├── amr_kdtree/ │ │ ├── __init__.py │ │ ├── amr_kdtools.py │ │ ├── amr_kdtree.py │ │ └── api.py │ ├── answer_testing/ │ │ ├── __init__.py │ │ ├── answer_tests.py │ │ ├── api.py │ │ ├── framework.py │ │ ├── level_sets_tests.py │ │ └── testing_utilities.py │ ├── api.py │ ├── chemical_formulas.py │ ├── command_line.py │ ├── configuration_tree.py │ ├── configure.py │ ├── cosmology.py │ ├── cython_fortran_utils.pxd │ ├── cython_fortran_utils.pyx │ ├── decompose.py │ ├── definitions.py │ ├── exceptions.py │ ├── file_handler.py │ ├── flagging_methods.py │ ├── fortran_utils.py │ ├── grid_data_format/ │ │ ├── __init__.py │ │ ├── conversion/ │ │ │ ├── __init__.py │ │ │ ├── conversion_abc.py │ │ │ └── conversion_athena.py │ │ ├── docs/ │ │ │ ├── IRATE_notes.txt │ │ │ └── gdf_specification.txt │ │ ├── scripts/ │ │ │ ├── convert_distributed_athena.py │ │ │ └── convert_single_athena.py │ │ ├── tests/ │ │ │ ├── __init__.py │ │ │ └── test_writer.py │ │ └── writer.py │ ├── hierarchy_inspection.py │ ├── initial_conditions.py │ ├── io_handler.py │ ├── lib/ │ │ ├── __init__.py │ │ ├── _octree_raytracing.hpp │ │ ├── _octree_raytracing.pxd │ │ ├── _octree_raytracing.pyx │ │ ├── allocation_container.pxd │ │ ├── allocation_container.pyx │ │ ├── alt_ray_tracers.pyx │ │ ├── amr_kdtools.pxd │ │ ├── amr_kdtools.pyx │ │ ├── api.py │ │ ├── autogenerated_element_samplers.pxd │ │ ├── autogenerated_element_samplers.pyx │ │ ├── basic_octree.pyx │ │ ├── bitarray.pxd │ │ ├── bitarray.pyx │ │ ├── bounded_priority_queue.pxd │ │ ├── bounded_priority_queue.pyx │ │ ├── bounding_volume_hierarchy.pxd │ │ ├── bounding_volume_hierarchy.pyx │ │ ├── contour_finding.pxd │ │ ├── contour_finding.pyx │ │ ├── cosmology_time.pyx │ │ ├── cykdtree/ │ │ │ ├── __init__.py │ │ │ ├── c_kdtree.cpp │ │ │ ├── c_kdtree.hpp │ │ │ ├── c_utils.cpp │ │ │ ├── c_utils.hpp │ │ │ ├── kdtree.pxd │ │ │ ├── kdtree.pyx │ │ │ ├── plot.py │ │ │ ├── tests/ │ │ │ │ ├── __init__.py │ │ │ │ ├── scaling.py │ │ │ │ ├── test_kdtree.py │ │ │ │ ├── test_plot.py │ │ │ │ └── test_utils.py │ │ │ ├── utils.pxd │ │ │ ├── utils.pyx │ │ │ └── windows/ │ │ │ └── stdint.h │ │ ├── cyoctree.pyx │ │ ├── depth_first_octree.pyx │ │ ├── distance_queue.pxd │ │ ├── distance_queue.pyx │ │ ├── element_mappings.pxd │ │ ├── element_mappings.pyx │ │ ├── embree_mesh/ │ │ │ ├── __init__.py │ │ │ ├── mesh_construction.pxd │ │ │ ├── mesh_construction.pyx │ │ │ ├── mesh_intersection.pxd │ │ │ ├── mesh_intersection.pyx │ │ │ ├── mesh_samplers.pxd │ │ │ ├── mesh_samplers.pyx │ │ │ ├── mesh_traversal.pxd │ │ │ └── mesh_traversal.pyx │ │ ├── endian_swap.h │ │ ├── field_interpolation_tables.pxd │ │ ├── fixed_interpolator.cpp │ │ ├── fixed_interpolator.hpp │ │ ├── fixed_interpolator.pxd │ │ ├── fnv_hash.pxd │ │ ├── fnv_hash.pyx │ │ ├── fortran_reader.pyx │ │ ├── fp_utils.pxd │ │ ├── geometry_utils.pxd │ │ ├── geometry_utils.pyx │ │ ├── grid_traversal.pxd │ │ ├── grid_traversal.pyx │ │ ├── healpix_interface.pxd │ │ ├── image_samplers.pxd │ │ ├── image_samplers.pyx │ │ ├── image_utilities.pyx │ │ ├── interpolators.pyx │ │ ├── lenses.pxd │ │ ├── lenses.pyx │ │ ├── marching_cubes.h │ │ ├── marching_cubes.pyx │ │ ├── mesh_triangulation.h │ │ ├── mesh_triangulation.pyx │ │ ├── mesh_utilities.pyx │ │ ├── misc_utilities.pyx │ │ ├── octree_raytracing.py │ │ ├── origami.pyx │ │ ├── origami_tags.c │ │ ├── origami_tags.h │ │ ├── particle_kdtree_tools.pxd │ │ ├── particle_kdtree_tools.pyx │ │ ├── particle_mesh_operations.pyx │ │ ├── partitioned_grid.pxd │ │ ├── partitioned_grid.pyx │ │ ├── pixelization_constants.cpp │ │ ├── pixelization_constants.hpp │ │ ├── pixelization_routines.pyx │ │ ├── platform_dep.h │ │ ├── platform_dep_math.hpp │ │ ├── points_in_volume.pyx │ │ ├── primitives.pxd │ │ ├── primitives.pyx │ │ ├── quad_tree.pyx │ │ ├── ragged_arrays.pyx │ │ ├── tests/ │ │ │ ├── __init__.py │ │ │ ├── test_allocation_container.py │ │ │ ├── test_alt_ray_tracers.py │ │ │ ├── test_bitarray.py │ │ │ ├── test_bounding_volume_hierarchy.py │ │ │ ├── test_element_mappings.py │ │ │ ├── test_fill_region.py │ │ │ ├── test_geometry_utils.py │ │ │ ├── test_nn.py │ │ │ ├── test_ragged_arrays.py │ │ │ └── test_sample.py │ │ ├── tsearch.c │ │ ├── tsearch.h │ │ ├── vec3_ops.pxd │ │ ├── volume_container.pxd │ │ └── write_array.pyx │ ├── linear_interpolators.py │ ├── lodgeit.py │ ├── logger.py │ ├── math_utils.py │ ├── mesh_code_generation.py │ ├── mesh_types.yaml │ ├── metadata.py │ ├── minimal_representation.py │ ├── nodal_data_utils.py │ ├── object_registries.py │ ├── on_demand_imports.py │ ├── operator_registry.py │ ├── orientation.py │ ├── parallel_tools/ │ │ ├── __init__.py │ │ ├── controller_system.py │ │ ├── io_runner.py │ │ ├── parallel_analysis_interface.py │ │ └── task_queue.py │ ├── parameter_file_storage.py │ ├── particle_generator.py │ ├── performance_counters.py │ ├── periodic_table.py │ ├── physical_constants.py │ ├── physical_ratios.py │ ├── png_writer.py │ ├── rpdb.py │ ├── sdf.py │ ├── tests/ │ │ ├── __init__.py │ │ ├── cosmology_answers.yml │ │ ├── test_amr_kdtree.py │ │ ├── test_chemical_formulas.py │ │ ├── test_config.py │ │ ├── test_coordinate_conversions.py │ │ ├── test_cosmology.py │ │ ├── test_cython_fortran_utils.py │ │ ├── test_decompose.py │ │ ├── test_flagging_methods.py │ │ ├── test_hierarchy_inspection.py │ │ ├── test_interpolators.py │ │ ├── test_minimal_representation.py │ │ ├── test_on_demand_imports.py │ │ ├── test_particle_generator.py │ │ ├── test_periodic_table.py │ │ ├── test_periodicity.py │ │ ├── test_selectors.py │ │ └── test_set_log_level.py │ ├── tree_container.py │ └── voropp.pyx └── visualization/ ├── __init__.py ├── _colormap_data.py ├── _commons.py ├── _handlers.py ├── api.py ├── base_plot_types.py ├── color_maps.py ├── eps_writer.py ├── fits_image.py ├── fixed_resolution.py ├── fixed_resolution_filters.py ├── geo_plot_utils.py ├── image_writer.py ├── line_plot.py ├── mapserver/ │ ├── __init__.py │ ├── html/ │ │ ├── Leaflet.Coordinates-0.1.5.css │ │ ├── Leaflet.Coordinates-0.1.5.src.js │ │ ├── __init__.py │ │ ├── map.js │ │ └── map_index.html │ └── pannable_map.py ├── particle_plots.py ├── plot_container.py ├── plot_modifications.py ├── plot_window.py ├── profile_plotter.py ├── streamlines.py ├── tests/ │ ├── __init__.py │ ├── test_base_plot_types.py │ ├── test_callbacks.py │ ├── test_callbacks_geographic.py │ ├── test_color_maps.py │ ├── test_commons.py │ ├── test_eps_writer.py │ ├── test_export_frb.py │ ├── test_filters.py │ ├── test_fits_image.py │ ├── test_geo_projections.py │ ├── test_image_comp_2D_plots.py │ ├── test_image_comp_geo.py │ ├── test_image_writer.py │ ├── test_invalid_origin.py │ ├── test_line_annotation_unit.py │ ├── test_line_plots.py │ ├── test_mesh_slices.py │ ├── test_normal_plot_api.py │ ├── test_offaxisprojection.py │ ├── test_offaxisprojection_pytestonly.py │ ├── test_particle_plot.py │ ├── test_plot_modifications.py │ ├── test_plotwindow.py │ ├── test_profile_plots.py │ ├── test_raw_field_slices.py │ ├── test_save.py │ ├── test_set_zlim.py │ └── test_splat.py └── volume_rendering/ ├── UBVRI.py ├── __init__.py ├── _cuda_caster.cu ├── api.py ├── blenders.py ├── camera.py ├── camera_path.py ├── create_spline.py ├── image_handling.py ├── lens.py ├── off_axis_projection.py ├── old_camera.py ├── render_source.py ├── scene.py ├── tests/ │ ├── __init__.py │ ├── test_camera_attributes.py │ ├── test_composite.py │ ├── test_lenses.py │ ├── test_mesh_render.py │ ├── test_off_axis_SPH.py │ ├── test_points.py │ ├── test_save_render.py │ ├── test_scene.py │ ├── test_sigma_clip.py │ ├── test_simple_vr.py │ ├── test_varia.py │ ├── test_vr_cameras.py │ ├── test_vr_orientation.py │ └── test_zbuff.py ├── transfer_function_helper.py ├── transfer_functions.py ├── utils.py ├── volume_rendering.py └── zbuffer_array.py