gitextract_tk31jno4/

├── .flake8
├── .github/
│   ├── CODEOWNERS
│   ├── ISSUE_TEMPLATE/
│   │   └── bug_report.md
│   └── workflows/
│       ├── beta_release.yml
│       ├── release.yml
│       ├── style.yml
│       └── tests.yml
├── .gitignore
├── .pre-commit-config.yaml
├── LICENSE.txt
├── MANIFEST.in
├── README.md
├── analysis_scripts/
│   ├── kmeans.py
│   ├── plot_loss.py
│   ├── plot_z1.py
│   ├── plot_z2.py
│   ├── plot_z_pca.py
│   ├── run_umap.py
│   └── tsne.py
├── cryodrgn/
│   ├── __init__.py
│   ├── analysis.py
│   ├── analysis_drgnai.py
│   ├── beta_schedule.py
│   ├── command_line.py
│   ├── commands/
│   │   ├── README.md
│   │   ├── __init__.py
│   │   ├── abinit.py
│   │   ├── abinit_het_old.py
│   │   ├── abinit_homo_old.py
│   │   ├── analyze.py
│   │   ├── analyze_landscape.py
│   │   ├── analyze_landscape_full.py
│   │   ├── backproject_voxel.py
│   │   ├── dashboard.py
│   │   ├── direct_traversal.py
│   │   ├── downsample.py
│   │   ├── eval_images.py
│   │   ├── eval_vol.py
│   │   ├── filter.py
│   │   ├── graph_traversal.py
│   │   ├── parse_ctf_csparc.py
│   │   ├── parse_ctf_star.py
│   │   ├── parse_pose_csparc.py
│   │   ├── parse_pose_star.py
│   │   ├── parse_star.py
│   │   ├── pc_traversal.py
│   │   ├── train_dec.py
│   │   ├── train_nn.py
│   │   └── train_vae.py
│   ├── commands_utils/
│   │   ├── README.md
│   │   ├── __init__.py
│   │   ├── add_psize.py
│   │   ├── analyze_convergence.py
│   │   ├── clean.py
│   │   ├── concat_pkls.py
│   │   ├── filter_cs.py
│   │   ├── filter_mrcs.py
│   │   ├── filter_pkl.py
│   │   ├── filter_star.py
│   │   ├── flip_hand.py
│   │   ├── fsc.py
│   │   ├── gen_mask.py
│   │   ├── invert_contrast.py
│   │   ├── make_movies.py
│   │   ├── parse_relion.py
│   │   ├── phase_flip.py
│   │   ├── plot_classes.py
│   │   ├── plot_fsc.py
│   │   ├── select_clusters.py
│   │   ├── select_random.py
│   │   ├── translate_mrcs.py
│   │   ├── view_cs_header.py
│   │   ├── view_header.py
│   │   ├── view_mrcs.py
│   │   ├── write_cs.py
│   │   └── write_star.py
│   ├── config.py
│   ├── ctf.py
│   ├── dashboard/
│   │   ├── __init__.py
│   │   ├── app.py
│   │   ├── bench_plot_interfaces.py
│   │   ├── command_builder_cli_help.py
│   │   ├── command_builder_data.py
│   │   ├── context.py
│   │   ├── data.py
│   │   ├── explorer_volumes.py
│   │   ├── mpl_style.py
│   │   ├── plots.py
│   │   ├── preload.py
│   │   ├── templates/
│   │   │   ├── base.html
│   │   │   ├── command_builder.html
│   │   │   ├── index.html
│   │   │   ├── latent_3d.html
│   │   │   ├── no_images.html
│   │   │   ├── pair_grid.html
│   │   │   ├── pair_grid_need_more_cols.html
│   │   │   ├── scatter_explorer.html
│   │   │   └── trajectory_creator.html
│   │   └── trajectory.py
│   ├── dataset.py
│   ├── fft.py
│   ├── healpy_grid.json
│   ├── lattice.py
│   ├── lie_tools.py
│   ├── losses.py
│   ├── make_healpy.py
│   ├── masking.py
│   ├── metrics.py
│   ├── models.py
│   ├── models_ai.py
│   ├── mrcfile.py
│   ├── pose.py
│   ├── pose_search.py
│   ├── pose_search_ai.py
│   ├── shift_grid.py
│   ├── shift_grid3.py
│   ├── so3_grid.py
│   ├── source.py
│   ├── starfile.py
│   ├── templates/
│   │   ├── cryoDRGN_ET_viz_template.ipynb
│   │   ├── cryoDRGN_analyze_landscape_template.ipynb
│   │   ├── cryoDRGN_figures_template.ipynb
│   │   ├── cryoDRGN_filtering_template.ipynb
│   │   └── cryoDRGN_viz_template.ipynb
│   └── utils.py
├── pyproject.toml
├── sweep.sh
├── testing/
│   ├── diff_cryodrgn_pkl.py
│   ├── test_abinit.sh
│   ├── test_entropy.py
│   ├── test_pose_search_rag12_128.py
│   ├── test_pose_search_real_128.py
│   ├── test_pose_search_syn_64.py
│   ├── test_sta.sh
│   └── test_translate.py
└── tests/
    ├── conftest.py
    ├── data/
    │   ├── 50S-vol.mrc
    │   ├── FinalRefinement-OriginalParticles-PfCRT.star
    │   ├── ay19102021_L3_position6_ribo_it09_bin8_1.82A.mrcs
    │   ├── cryosparc_J2_particles_exported.cs
    │   ├── cryosparc_P12_J24_001_particles.cs
    │   ├── ctf1.pkl
    │   ├── ctf2.pkl
    │   ├── empiar_10076_7.cs
    │   ├── empiar_10076_7.mrc
    │   ├── empiar_10076_7.star
    │   ├── hand-vol.mrc
    │   ├── hand.5.mrcs
    │   ├── hand.mrcs
    │   ├── hand_11_particles.npy
    │   ├── hand_rot.pkl
    │   ├── hand_rot_trans.pkl
    │   ├── hand_tilt.mrcs
    │   ├── het_config.yaml
    │   ├── het_weights.pkl
    │   ├── im_shifted.npy
    │   ├── ind100-rand.pkl
    │   ├── ind100.pkl
    │   ├── ind4.pkl
    │   ├── ind5.pkl
    │   ├── ind_39_sta_testing_bin8.pkl
    │   ├── pose.cs.pkl
    │   ├── pose.star.pkl
    │   ├── relion31.6opticsgroups.star
    │   ├── relion31.mrcs
    │   ├── relion31.star
    │   ├── relion31.v2.star
    │   ├── relion5.star
    │   ├── spike-vol.mrc
    │   ├── sta_ctf.pkl
    │   ├── sta_pose.pkl
    │   ├── sta_testing.star
    │   ├── sta_testing_bin8.star
    │   ├── test_ctf.100.pkl
    │   ├── test_ctf.pkl
    │   ├── toy.star
    │   ├── toy_angles.pkl
    │   ├── toy_datadir/
    │   │   ├── toy_images_a.mrcs
    │   │   └── toy_images_b.mrcs
    │   ├── toy_projections.mrc
    │   ├── toy_projections.mrcs
    │   ├── toy_projections.star
    │   ├── toy_projections.txt
    │   ├── toy_projections_0-999.mrcs
    │   ├── toy_projections_13.star
    │   ├── toy_projections_2.txt
    │   ├── toy_projections_dir.star
    │   ├── toy_rot_trans.pkl
    │   ├── toy_rot_zerotrans.pkl
    │   ├── toy_trans.pkl
    │   ├── toy_trans.zero.pkl
    │   ├── toymodel_small_nocenter.mrc
    │   ├── zvals_het-2_1k.pkl
    │   └── zvals_het-8_4k.pkl
    ├── quicktest.sh
    ├── test_add_psize.py
    ├── test_backprojection.py
    ├── test_clean.py
    ├── test_dashboard_core.py
    ├── test_dashboard_extended.py
    ├── test_dataset.py
    ├── test_direct_traversal.py
    ├── test_downsample.py
    ├── test_entropy.py
    ├── test_eval_images.py
    ├── test_fft.py
    ├── test_filter_mrcs.py
    ├── test_filter_pkl.py
    ├── test_flip_hand.py
    ├── test_fsc.py
    ├── test_graph_traversal.py
    ├── test_integration.py
    ├── test_invert_contrast.py
    ├── test_masks.py
    ├── test_mrc.py
    ├── test_parse.py
    ├── test_pc_traversal.py
    ├── test_phase_flip.py
    ├── test_read_filter_write.py
    ├── test_reconstruct_abinit.py
    ├── test_reconstruct_abinit_old.py
    ├── test_reconstruct_fixed.py
    ├── test_reconstruct_tilt.py
    ├── test_relion.py
    ├── test_select_clusters.py
    ├── test_select_random.py
    ├── test_source.py
    ├── test_translate.py
    ├── test_utils.py
    ├── test_view_cs_header.py
    ├── test_view_header.py
    ├── test_view_mrcs.py
    ├── test_writestar.py
    └── unittest.sh